На тези срещи присъствал и един друг френски философ, математик, учен, свещеник – Пиер Гасенди. Той поддържал схващането, че светът се състои от атоми – теория, предложена за пръв път в западната култура през V в.пр.н.е. от Левкип и Демокрит. Атомите били описвани като неразрушими, неизменни и заобиколени от пустота. Различните видове атоми имали своите специфични размери и форми и всичките били в постоянно движение. Атомите можели да се свързват помежду си, а Гасенди нарекъл така получените структури молекули – те имат различна форма и различни характерни свойства. Всички макроскопични вещества в света са изградени от различни атоми. Гасенди не намирал това убеждение ни най-малко за еретично. Бог бил създал атомите, както и всичко друго.
При все това Гасенди се разминал с целта, когато постулирал два типа души. Едната била изградена от атоми, закачена за нервната система и мозъка и способна да усеща, да изпитва удоволствие и болка и да взема решения. Имало обаче едно нещо, в което Гасенди бил сигурен – никакви атоми в никаква комбинация не можели да размишляват за себе си или да възприемат нещо отвъд онова, което се доставя от сетивата. Така той заключил, че хората трябва да имат и друга душа, разумна душа, която била безплътна. Тази душа обаче не била самостоятелна. Той смятал, че тя била срасната с тялото в течение на живота и зависела от него за информация от външния свят. Въпреки това при смъртта душата се оказвала безсмъртна и отлитала.
Тук на сцената излиза младият Рене Декарт, философ, математик и рационалист, който също посещавал сбирките на Мерсен и изцяло подкрепял идеята, че физическият свят е изграден от частици и функционира като машина. Издокарано конте, падащо си по тафта, пера и саби, той обичал да се перчи с труфилата си из Париж, който по онова време имал своя вариант на европейската Дисниленд атракция „Светът е малък“ в лицето на френските кралски градини. Въпросната атракция се състояла от хидравлични автомати, които се движели, издавали звуци и свирели на музикални инструменти. Тези автомати били хитроумно задвижвани от налягането, упражнявано върху плочките по пътеките на градината, когато по тях вървели хора. Автоматите, днес по-известни като роботи, всъщност били нещо доста обичайно по онова време. Несъмнено повечето посетители на градината са оставали запленени от тях.
Декарт обаче бил философ – човек, за когото разходката в парка никога не е просто разходка в парка (оттам и тафтата и перата). Той знаел, че тези човекоподобни роботи били машини, движени от неодушевени външни сили. И все пак привидно те правели разумни волеви движения. Той стигнал до мисълта, че определени аспекти на нашите тела са съвсем същите. Нашите рефлекси са тъкмо това – външен стимул от средата предизвиква случването на нещо в нервната система, което води до предварително програмиран двигателен отговор. Не е нужен ръководител на действието. Няма необходимост от душа. Декарт също така съобразил, че не е необходимо рефлексивният отговор да е двигателен – той би могъл вместо това да е емоционален или познавателен, като например спомен. Тръгнел ли човек веднъж по тази конкретна мисловна пътечка, теоретичните възможности за поведение, предизвикано от някаква рефлексивна реакция на външен стимул, били безгранични. Но те били и детерминистични – стимулът х винаги ще произвежда реакцията y. Декарт одобрявал тази идея по отношение на машините и животните, но дали тя била приложима и към хората? Никаква свободна воля? Никакви волеви избори? Никаква лична отговорност за действията ни? Никакъв морал или грехове? Ние самите машини? Това било твърде много.
Отдръпвайки се от бездната на подобно екзистенциално отчаяние, Декарт започнал да развива своята епохална идея. Но вредата за изучаването на биологията вече била нанесена. Видният теоретик на биологията Робърт Роузен изтъква, че макар никой да не може да каже що е жив организъм, лесно е да се каже на какво прилича той. Роузен отбелязва, че Декарт бил схванал нещата наопаки: „Той преобърнал отношенията между тези автомати и организмите, които те симулирали, с главата надолу. Той просто бил наблюдавал, че при съответните условия автоматите понякога изглеждат живи. От което заключил, че самият живот е подобен на автомат6. Така била родена метафората с машината, може би главната концептуална сила в биологията дори и днес“3. Роден бил и напълно детерминистичният свят, който следва от нея.