Екълс се заел да изучава метода на невронна връзка в синапса. Първоначално бил убеден, че връзката е електрическа. През този период той се запознал с философа Карл Попър и бил насърчен от него да провери строго хипотезата си. Попър подчертавал, че силата на една хипотеза се основава на неуспеха на щателното изследване да я опровергае, а не на доказателствата, които видимо я подкрепят. В резултат на упоритата проверка на хипотезата Екълс променил мнението си и решил, че синаптичният пренос е химичен. Това завъртане кръгом накарало отколешния му приятел сър Хенри Дейл да напише: „Забележителен поврат наистина! Човек почти неизбежно си припомня Савел на пътя към Дамаск, когато блеснала внезапна светлина и пердето паднало от очите му“.11 През следващото десетилетие Екълс продължил с осветляването на механизмите, участващи в активирането и потискането на синапсите на двигателните неврони в гръбначния мозък, а после насочил мерника си към таламуса, хипокампа и малкия мозък. През годината преди папската конференция Екълс получил Нобелова награда за физиология или медицина. Няколко години по-рано бил почетен с рицарско звание за същото изследване. Той беше легенда на времето си, а за онези от нас, които го познаваха, той бе невероятно интелигентен, безкрайно енергичен и велик учен. Беше възпитан като католик и беше заявен дуалист. Прагматистът Уилям Джеймс не би бил изненадан, че неговото убеждение беше правило за действие, и той прекара живота си в търсене на механизми, чрез които умът контролира тялото.
В есе от 1951 г. в списание „Нейчър“, озаглавено „Хипотези, свързани с проблема за мозъка и ума“, Екълс заявява, че „много хора на науката намират в дуализма и във взаимодействието най-приемливите изходни постулати за един научен подход към проблема за ума и мозъка. При такъв подход възниква въпросът: какви научни хипотези могат да бъдат формулирани, които да имат някакво отношение към неподдатливия досега проблем за връзката между мозъка и ума?“.12 По-нататък той предлага такава хипотеза. Макар да смята, че всеки възприятиен опит е резултат на специфичен модел на невронна активация и че споменът се причинява от засилването на синаптичната ефективност, поради някаква причина той мисли, че опитът и паметта са „неасимилируеми в системата на материята и енергията“. Екълс предполага, че активираната мозъчна кора има „чувствителност, по-различна по вид от всеки физически инструмент“ и че „умът постига връзка с мозъка, упражнявайки пространствено-времеви полета на влияние, които добиват ефективност посредством тази уникална... функция на активната мозъчна кора“. Уау! Това е в основата си вуду на високопарен език. Екълс заменя Декартовата епифиза с мистериозно чувствителната активирана мозъчна кора. Всъщност двеста години след Декарт той продължава неговата дуалистична традиция, въпреки че прекарва по шейсет часа на седмица в работа върху неврони и записване на неврони и по принцип възприема напълно детерминистките цели. Това е направо смайващо.
Част от длъжностната характеристика на Екълс като оглавяващ научната седмица била да подбере останалите участници и да публикува дискусиите, в резултат на което се появила жалонната книга „Мозък и съзнателен опит“. Единственият уклон, в който би могъл да бъде упрекнат Екълс, било прекомерното присъствие на физиолози, но всички те имали повече от един профил. Той наистина успял да привлече водещите учени в съответните области, обхващащи неврофизиология, невроанатомия, психология, фармакология, патология, биопсихология, неврохирургия, химия, комуникации, кибернетика, биофизика и поведение на животните. Академията в своята цел да изучава физическите, математическите и природните науки, била обявила само едно ограничение – никакви философи. Екълс не бил доволен от това, но сред групата имало и както ги нарекъл един коментатор, „непрофесионални философи от немалка величина“. Коментаторът по-нататък заключил, че „като отделен том, занимаващ се с най-новия напредък в разбирането ни за мозъчната кора, [„Мозък и съзнателно преживяване“] вероятно няма равен“.13
Преди срещата участниците получили от Академията указания, в които съзнанието било описано като „психофизиологическо понятие за способността за възприятие, за осъзнаването на възприятието и за умението да се действа и реагира съответно“. Както се изрази пред мен Роджър Спери, моят наставник и бъдещ Нобелов лауреат, когато се завърна в Калтек: „Папата каза: „Мозъкът е ваш, но умът е наш“. Разговорите били разделени най-общо между три аспекта на съзнанието – възприятие, действие и воля.