После смерти художника его картины еще долго показывались в Ден Боше, в том числе в часовне Братства Богоматери и в нескольких алтарях собора Святого Иоанна. Как описывает Жан-Батист Грамае в 1610 году, эта церковь была украшена пятьюдесятью алтарными картинами, «которые ничуть не уступали скульптурам Праксителя и изображениям Апеллеса». Самая ценная из них располагалась в верхних хорах — Священный алтарь Святой девы Марии, Святой Екатерины и Святой Варвары. Роспись верхних хоров и большого алтаря Богоматери (в часовне Братства), созданная Босхом, сохранилась до наших дней. На картинах показано сотворение мира за шесть дней, а также легенда об Авигее, которая скромно вручает свои дары Давиду в качестве извинения за нанесенное ее мужем оскорбление. На маленьком алтаре художник изобразил поклонение волхвов. Алтарь архангела Михаила изображает осаду Ветилуи, убийство Олоферна, драки и распри ассирийской армии, победу Юдифи, а также триумф Мардохея и Есфири и радость освобожденных еврейских народов.[89]
Несколькими годами позже, в декабре 1615 года часть этих картин подверглась критике в связи с одним официальным визитом. Обнаженные фигуры на изображении сотворения мира были признаны чересчур откровенными.[90] В финансовых документах города числится платеж от 4 января 1671 года служителю церкви Святого Иоанна, которому заплатили 75 гульденов за створки главного алтаря.[91] Что было потом — неизвестно. Городской совет купил работы Босха, которые все-таки пережили противостояние с иконоборчеством, что свидетельствует о том, что их художественная ценность была не меньше религиозного значения. Главный алтарь Доминиканского монастыря в Брюсселе в XVII веке был украшен запрестольными образами Босха, и раз в год там проводилась служба за упокой души художника. Эта работа тоже бесследно исчезла, но существует запись о том, как Мишель ван Опховен тщетно пытался купить ее за 100 гульденов после своего назначения первым епископом Ден Боша 22 июня 1626 года.[92] Через несколько лет работа пропала.
Сегодня существует мнение, что картины в алтаре Богоматери, которые Грамае назвал «отображающими неординарное искусство Иеронима», сохранились.[93] На одной из них показан Иоанн Креститель в пустынной местности в лесу (иллюстрация 6), на другой — Иоанн Богослов, которого во времена Босха считали автором Книги откровений (иллюстрация 7). Логично предположить, что эти картины были створками алтаря, так как на их обратной стороне тоже есть изображения (иллюстрация 8).[94] Возможно, эти работы, написанные в серых и голубых тонах в технике гризайль, когда-то были внешней частью створок, прикрывающей раку с мощами. В центре картины изображен пеликан, которого окружает овальный пейзаж открытой, но туманной местности, а вокруг него расположена серия сцен из Страстей Христовых.
Во времена Средневековья Страдания Христа часто символизировала фигура пеликана. Так, «Физиолог», ранний христианский сборник сведений о животных, представил ошибочное описание пеликана и религиозную интерпретацию его поведения.[95] Считалось, что это птица в порыве гнева убила свое потомство, а через три дня, раскаявшись, разорвала себе клювом грудь, чтобы оживить своих детей кровью. Также поступил и Христос, подарив вечную жизнь человечеству, принеся себя в жертву.
Медальон с изображением Страстей Христа и пеликан изображены на темном фоне, и при ближайшем рассмотрении на картине оживают ужасные существа. На внутренней части створки нарисован Святой Иоанн, сосланный на остров Патмос, здесь Босх изображает святое писание как пророческое видение происходящего. Одно из этих откровений — «жена, облеченная в солнце, под ногами ее луна, а на главе ее венец из двенадцати звезд» (Откровение 12:1). В соответствии с принятой в те дни теологической интерпретацией этого видения, Босх таким образом демонстрирует явление Богоматери в виде небесного сияния. Ангел указывает на это Иоанну который прекращает писать. Его взгляд устремлен вверх, поэтому он не видит, что происходит у него под ногами. Орел в левой части картины (птица, символизирующая Иоанна Богослова) смотрит на похожее на демона существо, изображенное в правой части картины. Оно подняло напоминающие обрубки руки, выпустив крюк, возможно, чтобы украсть письменные принадлежности Богослова, лежащие на земле. В ряде голландских картин с изображением этого святого запечатлены демонические существа, застигнутые за этим постыдным занятием.[96]