В ночь с 17 на 18 ноября 1918 года были взяты под стражу члены Директории Авксентьев и Зензинов, а также арестован ряд зловредных эсериков. Активными участниками этих событий были полковник Волков, войсковые старшины Красильников и Катанаев. «Вице-адмирал поставил условием своего прихода к власти личную безопасность арестованных членов Директории». Впоследствии их выпроводили за границу. Совет Министров под председательством П.В. Вологодского тайным голосованием (подавляющим большинством) избрал Верховным Правителем России вице-адмирала А.В. Колчака. Указом того же Совета Министров «вице-адмирал Колчак производится в адмиралы». Известие обо всем произошедшем застало генерала В.Г. Болдырева в Уфе. Переговорив по телефону с генералами, он понял, что изменить ничего не удастся. «Послал телеграмму Каппелю, поздравил его с генералом». Затем «в десять часов вечера с глубокой тоской и тревогой выехал в Челябинск». Разные мысли роились в голове все еще Верховного Главнокомандующего: «Война или уход от власти _ других путей не было». 19 ноября 1918 г. генерал Болдырев вызвал на связь Омск.
Генерал Болдырев: У аппарата Верховный Главнокомандующий генерал Болдырев.
Адмирал Колчак: У аппарата адмирал Колчак. Вы просили меня к аппарату?
Генерал Болдырев: Здравствуйте, адмирал…
Василий Георгиевич пытается выяснить, что же произошло в подробностях и особенно уточнить вопрос о Русском Верховном Главнокомандующем. Адмирал Колчак сообщил, что «когда выяснился вопрос о Директории, Вологодский с Виноградовым признали невозможным её дальнейшее существование». Он рассказал, что собравшийся Совет Министров принял всю полноту власти и после дебатов было решено объявить единоличную Верховную Власть. А.В. Колчак также сказал, что был бы согласен с кандидатурой Болдырева, но тайное голосование высказалось за него, причём было заявлено о «недопустимости отказа», и адмирал «принял этот тяжелый крест как необходимость и долг перед Родиной». В ответ генерал Болдырев стал возмущаться тем, что ни Совет Министров, ни Колчак, ни генералы не предприняли никаких мер «к восстановлению прав потерпевших и ликвидации преступных деяний по отношению членов Всероссийского правительства». Да, пусть эта власть несовершенна, но она законна. Кроме того, его, генерала Болдырева, при этом полностью проигнорировали, воспользовавшись отсутствием его в Омске. Василий Георгиевич считал сделанное гибельным для Белого Дела, «непоправимым ударом суверенности народа», разрушением антибольшевистской коалиции. Болдырев требовал немедленного восстановления Директории, доведения его мнения до Совета Министров, ссылался на беседу с генералом Дитерихсом. В ответ адмирал Колчак заявил, что находит «неприличным Ваше замечание о принятии тех или иных мер в отношении совершившихся событий». Он обвинил Директорию в развязывании гражданской войны в Белом тылу. И в заключение просто поставил Болдырева перед свершившимся фактом.
Генерал Болдырев: До свидания.
Адмирал Колчак: Всего доброго.
21 ноября в своем дневнике генерал-лейтенант Болдырев записывает: «среди общих разговоров остановились и на личной судьбе». Думали что произойдёт попытка ареста. В его поезде были 52 офицера с пулемётами, которые были готовы оказать вооруженное сопротивление. Но ничего не произошло. Поезд прибыл в Омск, где генерала встретил штаб-офицер Ставки и «доложил, что адмирал очень просит меня к нему заехать». Встреча состоялась в кабинете генерала Розанова. «Теперь здесь всюду охрана» Колчак «в новых адмиральских погонах. Друзья позаботились». Поговорили. Когда разговор коснулся «трудностей общего положения», Болдырев оказал: «Вы подписали чужой вексель, да еще фальшивый, расплата по нему может погубить не только Вас, но и дело, начатое в Сибири. Адмирал вспыхнул, но сдержался. Расстались любезно…» Куда там! Болдырев уезжает в Японию. Там он находится до января 1920 года, ведёт переговоры с военными и правительственными представителями этой страны, знакомится с организацией обучения в военных училищах и в Академии. Пишет ряд трудов, в том числе «Краткие соображения по вопросу о борьбе с большевизмом в России», передает их представителям Антанты, «Большевизм есть мировое зло и борьба с ним дело всех стран», говорит он. Из Японии во Владивосток он приезжает 16.01.1920. 31 января пало Правительство генерал-лейтенанта С.И. Розанова, в прошлом начальника штаба генерала Болдырева. И вот тут начинаются загадки: генерал Болдырев занимает должность Главнокомандующего Войсками в полубольшевистской Приморской Областной Земской Управе. По словам А.В. Попова Василий Георгиевич «тесно сотрудничает с Лазо……возглавляет комиссию о реорганизации (фактически расформировании) армии, ведёт переговоры с остатками колчаковских войск генерала В.О. Каппеля (к тому времени уже покойного) о принятии их на службу». Но и поддерживает связь с сибирскими областниками. Подписал «Русско-японское соглашение о нейтральной зоне». Когда в ответ на зверства красных партизан в Николаевске, японский воинский контингент занимает 4–6 апреля 1920 г. Владивосток, события начинают развиваться быстро. Войска этого так называемого «правительства» разоружаются, наиболее одиозные фигуры (Лазо, Луцкий) были расстреляны. Болдырев же при японцах, был в полной безопасности, смог впоследствии возобновить свою «деятельность». Был пущен слух, что он якобы укрывал на своей квартире двух большевиков от японцев. 12 августа 1920 года Чехословацкое правительство награждает генерал-лейтенанта Болдырева «Боевым Крестом». С японским же Командованием у Василия Георгиевича по-прежнему (впрочем, как и всегда) были отличные отношения, он вообще расчитывал на помощь Японии в борьбе с большевиками, в чем расходился во мнении с адмиралом Колчаком. Затем к власти пришло Правительство братьев С.Д. и Н.Д. Меркуловых. Вновь организованная Белоповстанческая армия вышибает большевиков из Приморья. Генерал-лейтенант Болдырев при Меркуловых был с 18.06.1921 и по 11.06.1922 Председателем Русско-Японской Согласитель ной комиссии, а также членом Президиума и Товарищем Председателя Народного Собрания. После передачи братьями Меркуловыми в июне 1922 года власти генералу М.К. Дитерихсу, чем занимался при нём Болдырев, пока не известно.