Во время захода в Трондхейм экспедиция, готовясь к предстоящему рейсу и ожидая поступления очередной денежной субсидии от тетушки, простояла еще неделю. Там со шхуны сбежал механик, а к команде присоединился гарпунер Денисов.
В Александровске на экспедицию обрушились новые неприятности. Сначала заболел один из штурманов – Бауман, и его пришлось высадить на берег для лечения. Кроме того, оказалось, что Николай Андреев не сдержал своего обещания – не только сам не прибыл туда, но и не прислал врача. Экспедиция была на грани срыва. Но ситуацию удалось разрешить благополучно – Ерминия, которой необыкновенно понравилось морское путешествие вокруг Скандинавии, телеграфировала родным о своем желании продолжить арктическое плавание: «Трех участников лишились могу быть полезна хочу идти Владивосток умоляю пустить теплые вещи будут целую пишу отвечайте скорее всегда ваша Мима». Получив в ответ согласие, она решила остаться на судне и заменить в экспедиции врача. Ей также поручили заведовать продовольствием и заниматься фотографированием.
Первым начинанием Ерминии стала раздача всем членам команды карандашей и толстых тетрадей (сейчас мы их называем общими) для ведения дневников во время путешествия. Тем самым она обеспечила нам документальную базу экспедиции, на которой и строится это повествование.
Погрузка припасов и воды была закончена лишь к началу сентября, что было критически поздно для начала арктического рейса. Перед выходом из Александровска Брусилов заключил «новое условие с частью старой оставшейся и вновь набранной командой на переход от города Александровска до города Владивостока». По контракту матросы «Святой Анны» кроме основного жалованья от 10 до 30 рублей в месяц получали каждый 0,5 % с общей выручки от промысла. В более привилегированном положении находились гарпунеры, получавшие, помимо жалованья, 50–60 рублей в месяц и 1,5–2 % с суммы промысла. Эти условия понравились не всем, поэтому в последний момент несколько человек из команды покинули судно и Брусилову пришлось спешно набирать новых матросов, еще менее опытных.
Таким образом, окончательно в состав команды «Святой Анны» вошли 24 человека. Это были, кроме самого Георгия Брусилова, Валериана Альбанова и Ерминии Жданко, гарпунеры Вячеслав Шленский и Михаил Денисов, боцман Иван Потапов, старший рулевой Петр Максимов, матросы Александр Конрад, Густав Мельбард, Иоганн Параприц, Евгений Шпаковский, Ольгер Нильсен, Иван Луняев, Прохор Баев, Иван Пономарев, Александр Шахмин, Павел Смиренников, Гавриил Анисимов, Александр Архиреев, машинисты Яков Фрейберг и Владимир Губанов, кочегар Максим Шабатура, повар Игнатий Калмыков и стюард Ян Регальд.
Пятнадцатого сентября, перед выходом в Карское море, «Святая Анна» ненадолго остановилась на острове Вайгач в становище Хабарово. Именно оттуда участники экспедиции передали последние письма родным на стоявшие там пароходы телеграфной экспедиции «Нимрод» и «Вассиан». В своем письме Брусилов писал: «…плавания осталось всего две недели, а зима – очень спокойное время, не грозящее никакими опасностями». Правда, в это же время Ерминия писала родным, что плавание закончится, скорее всего, летом следующего, 1913 года. Эти письма пришли в Архангельск лишь в конце октября 1912 года и стали последними сведениями об уходящей в дальнее плавание экспедиции. Следующие известия о ней появились лишь летом 1914 года.
Ледовая обстановка в южной части Карского моря летом и осенью 1912 года была крайне неблагоприятной. Почти месяц шхуна пробивалась к берегам Ямала, а в нескольких десятках километров севернее мыса Харасавэй вмерзла в неподвижный береговой припай.
В течение двух недель судно стояло вблизи берега на широте 71°45'. Участники экспедиции, понимая, что выйти на чистую воду в ближайшие месяцы не удастся, начали готовиться к зимовке. Предполагалось даже построить на берегу баню, для отопления которой можно было бы использовать плавник, в изобилии имевшийся на суше. Однако 28 октября сильным южным ветром большое ледяное поле, в которое вмерзла «Святая Анна», оторвало от припая. Так начался многолетний непредсказуемый дрейф судна в совершенно неизведанные районы Арктики.
Положение «Святой Анны» в первую зиму 1912/13 года не внушало опасений. Известно было, что еще зимой 1882/83 года во время проведения Первого международного полярного года в южной части Карского моря зимовали датская шхуна «Димфна» и голландское парусно-моторное судно «Варна». Из-за повреждений корпуса «Варна» затонула, но ее экипаж перешел на борт «Димфны», а в сентябре 1883 года датское судно, освободившись из ледового плена, благополучно вернулось на родину. Во время дрейфа эти захваченные льдом суда не покидали Карское море, и казалось, что прочный корпус «Святой Анны» вполне способен противостоять напору карских льдов.