В этом был отчасти виноват и сам Никон. В борьбе с боярством он на практике не нашел верных средств для достижения своего идеала. Прямолинейность Патриарха в отстаивании полной независимости церковных властей от светских, полемические перегибы в толковании смысла симфонии как духовного превосходства священства над царством с переносом этого подчинения также и в область государственного управления, властные манеры Никона и титул "Великого Государя" (такой же, как у Царя), чуть ли не папистское подчеркивание в себе земного "образа Христа" (а в других архиереях лишь "образа апостолов") — все это создавало удобную почву для такого обвинения. К тому же юный Царь повзрослел и хотел сам править более активно, а Никон не желал расставаться со своими государственными полномочиями, считая их уже за норму. Он напоминал, что согласился на избрание Патриархом, лишь заставив Царя, и бояр дать ему торжественную клятву "послушати во всем", — чем также трактовал свой патриарший сан в духе, близком к папизму.
Таким образом, с точки зрения идеала симфонии, если у Иоанна Грозного в яростной борьбе против эгоистичного боярства были срывы в сторону превознесения Царя над Церковью, то у Никона в аналогичной борьбе — в сторону превознесения Патриарха над Царем и вторжения в его полномочия. Это в чем-то психологически роднит Грозного и Никона при кажущейся противоположности их действий. Особенно жаль, что Никон не смог соблюсти симфонию с «тишайшим» Алексеем Михайловичем, имевшим должные качества для этого, но вынужденным вступить в конфликт с Патриархом.
Интриги боярства довели развитие отношений Никона с Царем до разрыва, когда Патриарх использовал последнее драматическое средство увещевания: добровольно удалился из Москвы, с патриаршей кафедры (вспомним и уход Грозного из Москвы)… Разумеется, этот нервный поступок был не к лицу Патриарху; он не проявил тут ни должного пастырского терпения, ни мудрости (надеясь, что его призовут назад, хотя он уже тяготил Царя). После этого руки у бояр оказались развязаны; при этом они использовали помощь тайного католика и авантюриста П. Лигарида, прибывшего в 1662 г. на Русь и сделавшего все возможное для низложения Никона. (В Москве Лигарид выдал себя за "митрополита Газского", хотя к тому времени уже был отлучен от Церкви Иерусалимским Патриархом как разоблаченный обманщик.)
В 1666 г. состоялся неканоничный суд над Патриархом Никоном по подложным документам, низложивший его до простого монаха. На суде присутствовали Царь и главные бояре, высшие представители Русской Церкви (15 епископов, включая двух митрополитов), 29 архимандритов, 11 иностранных епископов, а также Антиохийский и Александрийский Патриархи (к тому моменту запрещенные в служении Константинопольским Патриархом именно за эту поездку в Москву на суд, но скрывшие это; за участие в низложении Никона они получили множество ценных подарков). И все это устроил по подложной грамоте "экзарха Вселенского Патриарха" — лжемитрополит Лигарид, возвысившийся при Алексее Михайловиче до главного советника по церковным делам и участвовавший в рукоположении русских архиереев (в суде участвовали шесть таких епископов)…
Вскоре выяснилась подложность рекомендаций анафематствованного Лигарида, но Царь постарался замять скандал, ничего, однако, не изменив в судьбе Никона. Правда, Царь чувствовал, что тоже перегнул палку, и перед смертью попросил прощения у Никона. Тот простил бывшего "собинного друга" Алексея Михайловича, но не простил как Патриарх — Царя… Лишь при Феодоре Алексеевиче в 1682 г., через год после смерти Никона, в Москву была привезена грамота Восточных Патриархов с его "реабилитацией"…
Патриарх Никон видел в случившемся с ним унижение Церкви и предрекал за это наказания Божии. Зызыкин полагает, что они не замедлили себя ждать уже после его ухода в монастырь: смерть большей части царских детей, военные поражения и уступки территории на западе и юге, измены украинских гетманов, восстание Разина, ранняя смерть самого Алексея в 47 лет, его наследника Феодора в 21 год… И дальнейшая судьба династии Романовых оказалась несчастливой, поскольку и Петр I внес в эти несчастья свою огромную лепту…
Главных же попустительных наказаний Божиих за этот конфликт между Патриархом и Царем, в том числе и за грехи самого Никона, было два: церковный раскол и антицерковные реформы Петра I.
Раскол связывают с исправлением священных книг и обрядов, но эту причину можно было бережно уврачевать. Он разросся потому, что либеральное боярство использовало старообрядцев (хотя и совершенно противоположных боярскому мировоззрению) в борьбе против консервативного Патриарха и придало им силу.
Исправление ошибок в богослужебных книгах было необходимо, ибо в них встречались даже бессмыслицы, возникшие при переписке. Это дело было начато еще предшественниками Никона, и сам он намеревался действовать вполне осмотрительно: через длительное изучение проблемы, ее рассмотрение Собором 1654 г., был запрос мнения Константинопольского Патриарха…
Но замах правщиков оказался большим, чем требовалось: они из подражательства поздним греческим обычаям начали исправлять те древние формы Православия, которые ранее были заимствованы Русью у тех же греков и не нуждались в исправлении — слово Исус, двоеперстие (изображенное и на иконах), направление крестных ходов посолонь, одеяния священников и т. п. В приглашенных из Киева и Греции правщиках москвичи почувствовали и западное влияние, и высокомерие — что, в свою очередь, нередко сталкивалось с узостью (доходившей до невежества) русских противников любых, даже необходимых исправлений. Эта подозрительность питалась и недоверием к Флорентийской и Брестской униям, затронувшим именно греков и малороссов, — многие боялись, что готовится нечто подобное и в Москве.
Однако у Никона потребность в изменениях исходила из стремления Москвы как единственного православного царства упорядочить богослужение всего православного мира, чтобы реально возглавить его. Тем более что разночтения в книгах уже вызвали волнения среди афонских монахов; в присоединившейся Малороссии также был новый греческий обряд. Восточные Патриархи побуждали к этому русского Царя, напоминая также древние пророчества о том, что русским предстоит освободить от мусульман Константинополь. (Таковы предсказания Мефодия Патарского в редакциях IV–VII вв., византийского Императора Льва Мудрого в IX–X вв., надпись на гробнице Императора Константина Великого, истолкованная в 1421 г. сенатором Г. Схоларием; подобные предсказания имели и грузины, и сами турки. — См.: "Россия перед вторым пришествием", гл. 20.)
И в сравнении с национальной гордостью старообрядцев, духовное величие Никона проявилось в том, что "он отверг формы национального русского благочестия как высший критерий истинности и истину вселенскую предпочел при всей своей горячей любви к родине. Он мыслил Русскую Церковь… в единении с прочими Поместными Церквами, как часть целого, но старался возвысить эту часть до того, чтобы она на деле, а не по старообрядческому самомнению была светочем, озаряющим и все другие, и Москва как Третий Рим стала действительной столицей Православия, не только по унаследованному титулу" (Зызыкин). Вот почему Никон настаивал на исправлении книг, что было лишь частью его большого плана православного просвещения, устройства школ, массового книгопечатания.
Вина Патриарха Никона, не владевшего греческим языком, состояла в излишнем доверии к грекам и в требовании беспрекословного послушания себе, без терпеливого переубеждения несогласных. Однако не с Никоном, а с его преемниками надо связывать преследования раскольников. Раскол набрал силу после ухода с патриаршей кафедры Никона, уже шедшего на уступки старообрядцам. Да и еще на Соборе 1666 г. русские архиереи пришли к верному мнению, что, утверждая новый обряд, не следует объявлять еретическим старый, постепенно он и сам отомрет, ибо разногласия несущественны.