Пифагорейская иерархия соответствовала разным степеням инициации членов секты. Основное разделение было на две группы: акусматики и математики. Первые слушали наставления учителя, но не имели доступа к более полному изложению их оснований. Вторые, напротив, изучали вышеуказанные основания и были допущены к тайнам их истолкования. Эти загадочные наставления давались в весьма аллегорической форме и назывались акусматами, и посвященные первого уровня должны были заучивать их наизусть. Традиция говорит, что Пифагор заимствовал этот характерный для сект метод обучения в Египте, но достоверно известно, что пифагорейские максимы очень напоминали сентенции, получаемые от дельфийского оракула.
К этому самому общему, хорошо известному делению добавлялась разветвленная система ступеней посвящения, связанных с властью и соответствующих близости к вершинам логического знания. В свою очередь, степень внутренней власти в секте была связана с соблюдением суровых правил и еще более суровым образом жизни.
Согласно традиции, посвященные слушали проповеди учителя из-за занавеса, который окружал его, скрывая от глаз учеников. Ученики назывались экзотериками, так как находились вне круга учителя. Новые члены сообщества должны были в ходе инициации преодолеть различные испытания, состоявшие в соблюдении обета молчания и ведении чистой жизни, что включало в себя вегетарианство, ношение белых одежд и медитацию. Со временем испытательный период заканчивался, и они могли войти во внутренний круг, становясь эзотериками.
Вступление в братство было очень сложным процессом, который начинался с физических и моральных испытаний. Некоторые источники говорят, что испытательный период занимал три года, после чего кандидат приступал к первой ступени инициации — принимал обет молчания. Пифагорейское молчание брало начало в ритуалах мистерий, обряды которых запрещалось разглашать, и было подготовительной практикой перед посвящением в тайны, которые должно было раскрыть обучение в секте. Обет молчания и самоконтроль были двумя моральными дисциплинами, которыми более всего восхищались на протяжении всего периода античности.
В пифагорейской иерархии выделяют еще две группы, управителей и политиков, хотя различие между ними не очень ясно. Первые ведали помещениями и имуществом сообщества, так как, вступая в братство, новый его член отдавал все свое имущество в общее пользование. Политики же, напротив, отвечали за отношения группы с внешним миром.
Но самое серьезное разделение было между членами секты и остальным обществом. Братство очень враждебно относилось к тем, кто покидал его, а также к тем, кто желал вступить в него, не заслуживая этого. Отступников считали умершими. Выйти из группы было легко, и таким «дезертирам» даже в двойном размере возмещали все, что они внесли в общее имущество при поступлении в секту, но с этого момента они словно переставали существовать для сообщества. Члены братства, отличавшиеся крайней географической мобильностью, имели массу связей в самых крупных городах Южной Италии и Сицилии, где существовала широкая сеть пифагорейских пристанищ. Братья использовали различные тайные пароли, чтобы узнавать друг друга в разных точках античного мира, и таким образом помогали друг другу в моменты опасности. Традиция полна историй о пифагорейцах в нужде, которым помогали товарищи, распознавшие их тайные сигналы.
Как пифагорейцы приносили жертву Аполлону, так и мы продолжаем это делать, отказываясь от съедения чего- нибудь, что имеет душу.
Диоген Лаэртский, цитата из «Алкмеона» в главе, посвященной Пифагору, из труда «Жизнь и учение самых известных философов» пифагорейские табу
Часто говорят, что пифагорейцы были вегетарианцами, но некоторые авторы уверяют, что Пифагор избегал употребления в пищу только некоторых частей животных: внутренностей, тестикул и гениталий, костного мозга, лап и головы. Споры об этом идут по сей день: в любом случае, доказанным фактом является то, что члены секты соблюдали весьма строгие пищевые запреты, связанные с доктриной о бессмертии души.
Пищевые ограничения на разных уровнях иерархии различались. Посвященные нижнего уровня могли есть любое мясо, кроме мяса пахотных быков и баранины. Потребление рыбы регулировалось гораздо более строгими правилами. Самым же известным и характерным пищевым табу был запрет на употребление бобов. Этот запрет объяснялся целым рядом причудливых причин, которые каким-то образом увязывали его с реинкарнацией: бобы странным образом соотносились с человеческим мясом, и их вкушение могло быть приравнено к акту каннибализма. Не менее специфичны и легенды о питании самого Пифагора.