Натолкнувшись на сопротивление Троцкого, Сталин перестал с ним общаться и стал бомбардировать Ленина телеграммами, обвиняя председателя Реввоенсовета в том, что он запрещает партийному руководству вмешиваться в дела военных специалистов, которые в реальности контрреволюционеры, и тем самым «губит фронт»: «Прошу, пока не поздно, унять Троцкого и поставить его в рамки, ибо боюсь, что сумасбродные приказы Троцкого, если они будут повторяться, отдавая все дело фронта в руки заслуживающих полного недоверия так называемых военных специалистов из буржуазии, внесут разлад между армией и командным составом и погубят фронт окончательно… Я уже не говорю о том, что Троцкий старается учить меня партийной дисциплине, забыв, очевидно, что партийная дисциплина выражается не в формальных приказах, но прежде всего в классовых интересах пролетариата».
Ворошилов фактически отказался подчиняться приказам Троцкого и слушался только Сталина. Эта преданность помогла Клименту Ефремовичу сделать фантастическую карьеру и сохраниться в годы чисток.
Вместе с Ворошиловым Сталин требовал от Ленина: «Необходимо обсудить в ЦК партии вопрос о поведении Троцкого, третирующего виднейших членов партии в угоду предателям из военных специалистов в ущерб интересам фронта и революции».
Троцкий, в свою очередь, тоже жаловался Ленину, писал, что дела под Царицыном идут из рук вон плохо, что оттуда не поступают даже донесения и что «Ворошилов может командовать полком, но не армией в пятьдесят тысяч человек».
ЦК Сталина не поддержал, и Ворошилову пришлось подчиняться приказам Троцкого. 2 октября ЦК партии постановил: «Вызвать тов. Сталина к прямому проводу и указать ему, что подчинение Реввоенсовету абсолютно необходимо. В случае несогласия Сталин может приехать в Москву и апеллировать к ЦК, который и может вынести окончательное решение».
Более того, Троцкий настоял на том, чтобы Сталина вообще отозвали из Царицына. За ним поехал сам Свердлов, зная болезненное самолюбие Сталина. В пути они все встретились. Свердлов стал осторожно предлагать Троцкому поговорить со Сталиным, которого он увозил из Царицына. Встреча состоялась, но перемирием не закончилась.
— Неужели вы хотите всех их выгнать? — спрашивал Сталин Троцкого, имея в виду свое царицынское окружение. — Они хорошие ребята.
— Эти хорошие ребята погубят революцию, которая не может ждать, пока они выйдут из ребяческого возраста, — твердо ответил ему председатель Реввоенсовета.
Ворошилов стал доказывать Троцкому, что он прав, когда исполняет только те приказы, которые он признает правильными. Председатель Реввоенсовета холодно сказал, что, если Ворошилов не обяжется точно и безусловно выполнять приказы и оперативные задания, он отправится под конвоем в Москву для предания трибуналу. Климент Ефремович, глядя Троцкому в глаза, понял, что тот не шутит. Ворошилов хмуро ответил, что он будет верен дисциплине, но отныне он вошел в число самых непримиримых врагов Троцкого.
В конце 1918 года Ворошилов, Ефим Афанасьевич Щаденко, Александр Яковлевич Пархоменко и еще ряд командиров 10-й армии обратились к Ленину с просьбой убрать члена Реввоенсовета армии Алексея Ивановича Окулова, назначенного Троцким. Письмо заканчивалось словами: «Если товарищ Окулов не будет немедленно отозван отсюда, мы, нижеподписавшиеся, слагаем с себя всякую ответственность за гибель порученного нам дела и просим освободить нас от наших обязанностей».
Встревоженные Ленин и Свердлов переслали письмо Троцкому, добавив: «Ввиду крайне обострившихся отношений Ворошилова и Окулова считаем необходимым замену Окулова другим». Но Троцкий думал иначе, и Ленин вновь с ним согласился. Ворошилов потерял пост командарма, а его враг Окулов получил повышение и был назначен членом Реввоенсовета республики.
В январе 1919 года был создан Украинский фронт. Сталин предложил назначить командующим Ворошилова. Троцкий категорически не согласился: предстоит борьба с опасным врагом, и нужен серьезный военачальник. Этот вопрос перешел на рассмотрение в ЦК, который решил «провести в жизнь полное отстранение Ворошилова от военной работы».
Командующим Украинским фронтом стал Владимир Александрович Антонов-Овсеенко, который руководил захватом Зимнего дворца и арестом членов Временного правительства. Антонов-Овсеенко был поклонником Троцкого. А Ворошилову достался незначительный тогда пост наркома внутренних дел Украины. И Ленин еще сообщил украинскому ЦК: «Вы можете назначать командующим кого угодно, только не Ворошилова».