И Фукс дал такой повод. Его отец переехал в Лейпциг в Восточную Германию, и Фукс спросил своего хорошего друга Генри Арнольда, не компрометирует ли это его. Возможно, Фукс искал способ уехать из Харвелла и начать новую жизнь, вдали от атомных секретов и разведки. Но Арнольд увидел в этом возможность допросить Фукса.
Он сказал Клаусу, что кто-то из службы безопасности хотел поговорить с ним о переезде отца и о том, как это может сказаться на работе, которой Фукс занимался в Харвелле. 21 декабря 1949 года в Харвелл приехал Уильям Скадрон, опытный и талантливый специалист по допросам. Скадрон напомнил Лэмферу известного кинодетектива Коломбо: «Абсолютно неопрятный на вид, с интеллектом, который иногда оставался скрыт до того самого момента, когда следовало указать на нестыковки в показаниях подозреваемого». Арнольд отвел Скадрона в кабинет Фукса и оставил их наедине.
Скадрон предложил Фуксу поговорить о нем и о его карьере. Фукса терзали приступы сомнений, поэтому ему было проще поговорить о своих политических устремлениях в студенческие годы. Но через час с четвертью, после аккуратной беседы, перескакивая с предмета на предмет, Скадрон вышел на интересовавшую его тему. Фукс стал рассказывать о том, как занимался работами, связанными с газовой диффузией, будучи в составе британской миссии в Нью-Йорке. И вот тогда Скадрон прервал его. «Не выходили ли вы на контакт с советскими официальными лицами или их представителями, когда были в Нью-Йорке? — спросил он. — И не сообщали ли вы этим лицам информацию о вашей работе?»
Фукс пробурчал, что так не думает, но слишком медленная реакция убедила Скадрона в его вине. Допрос продолжался до вечера. Вернувшись в штаб-квартиру МИ-5, Скадрон сообщил, что, по его мнению, Фукс виновен, но, если дать ему подумать, он может пойти на чистосердечное признание.
На Рождество Фукс отправился в Бирмингем вместе с Пайерлсом и его женой. После его возвращения в Харвелл Скадрон снова допросил Фукса 30 декабря, и еще раз — через две недели.
22 января 1950 года Фукс попросил Арнольда о встрече, назначив ее в обед в местном пабе, и они договорились увидеться на следующий день. Как ни странно, Фукс открыто говорил о своих политических взглядах и признался Арнольду в том, что теперь разочарован в том строе, который установился в СССР. Фукс признался, что ему есть о чем еще рассказать Скадрону. Арнольд прямо спросил Фукса, передавал ли он информацию СССР. Фукс сознался.
Следующим утром Скадрон снова был в Харвелле, но Фукс отказывался сделать официальное признание. Они поехали в «Корону и чертополох», гостиницу на реке неподалеку от Абингдона, где пообедали. На обратном пути Фукс принял решение. «Что вы хотите знать?» — спросил он. Скадрон хотел знать, когда Фукс начал выдавать атомные секреты и как долго этим занимался. «Я начал в 1942 году. Последняя подобная встреча у меня была в прошлом году», — ответил Фукс. Скадрон был потрясен. Он-то думал, что речь идет о единственном акте шпионажа в Нью-Йорке. Он начинал понимать, что все это было гораздо серьезнее, чем кто-либо мог себе представить.
27 января Фукс приехал в Лондон, пошел в Министерство обороны и написал полное признание. Когда Скадрон попросил его более подробно сообщить, какую именно информацию он передал СССР, Фукс отказался. Он обосновал это тем, что у Скадрона нет соответствующей степени допуска к секретной информации.
В ходе последующих бесед с Майклом Перрином, заместителем директора проекта «Трубные сплавы», имевшим нужную степень допуска, Фукс признался, что сообщил СССР базовую информацию о конструкции бомбы «Супер».
МИ-5 не имела права на его арест. 2 февраля Леонард Берт, руководитель Особого отдела, теперь уже весьма опытный в деле ареста шпионов-атомщиков, взял Фукса под стражу в кабинете Перрина в Шелл-Мекс-Хауз в лондонском районе Стрэнд. Фуксу вменили в вину выдачу информации, которая могла быть полезна неприятелю, и в нарушении Закона о государственных тайнах.
Фукс отказывался сделать официальное признание, считая, что уже сообщенные факты избавят его от последствий и он сможет продолжить работу в Харвелле. Теперь его мир обрушился.