В 1654 г. возник Приказ тайных дел. Современники подчеркивали, что этим учреждением руководил сам царь. Подьячих Приказа тайных дел приставляли к воеводам во время военных действий и вводили в состав русских посольств: «…и те подьячие над послы и воеводы подсматривают и царю, приехав, сказывают». В исторической литературе долгое время господствовало мнение, что Приказ тайных дел занимался в основном государственными преступлениями. Некоторые историки (В.Н. Татищев, А.Л. Шлецер) видели в нем подобие испанской инквизиции, другие (Н.И. Костомаров, И.Д. Беляев) считали его прообразом тайной полиции. Но уже Н.М. Карамзин, С.М. Соловьев, В.О. Ключевский называли этот приказ личной царской канцелярией с элементами надзора над административными органами.
Специальное исследование И.Я. Гурлянда показало, что Приказ тайных дел был создан царем Алексеем Михайловичем перед военным походом и оставлен в Москве, чтобы разбирать челобитные на царское имя. Постепенно обязанности приказа расширились: управление царскими имениями и промышленными заведениями, разведка рудных запасов, придворный обиход, «царская летняя потеха» (соколиная охота) и др. В качестве личной канцелярии царя Приказ тайных дел был одним из важнейших учреждений, а тайный дьяк был «дьяком в государевом имени», что, очевидно, означало право подписывать указы от имени царя. Однако дела о государственных преступлениях не занимали главного места в многообразной деятельности этого органа. Приказ тайных дел не был приспособлен для ведения следствия и «не имел своего застенка, этой непременной принадлежности розыска того времени, особенно по государственным преступлениям». После смерти царя Алексея Михайловича Приказ тайных дел был упразднен, но политический розыск остался неприкосновенным.
Правление Петра Великого (1682–1725 гг.) было эпохой реформ по западному образцу. Однако, изменив российские порядки почти во всех сферах жизни, Петр I не тронул приемов розыска, выработанных во времена его отца и деда. Великий преобразователь ограничился незначительными уточнениями законодательного характера.
Воинский устав 1716 г. и Морской устав 1720 г. ввели различные виды смертной казни в зависимости от тяжести преступления. Артикул 19-й Воинского устава назначил четвертование за измену или «покушение на жизнь монарха, а артикул 137-й предусматривал повешение за бунт против властей. Но все это лишь закрепило уже сложившуюся практику. Характерно, что Воинский устав предназначался не только для военнослужащих. В конце XVIII и даже в начале XIX в. при подготовке приговора произвольно выписывались артикулы, имевшие порой весьма отдаленное отношение к делу. Распространение запрещенных книг могли подвести под артикул о дезертирстве или сдаче неприятелю крепостных стен.
Воинский устав исправил отдельные упущения Земского собора 1649 г. В Уложении не было особой статьи об оскорблении монарха. Поэтому 20-й артикул Воинского устава уточнял: «Кто против его величества особы хулительными словами погрешит, его действо и намерение презирать и непристойным образом о том рассуждать будет, оный имеет живота лишен быть и отсечением головы казнен».
Оставив неприкосновенной практику «слова и дела», Петр I упорядочил применение этой грозной формулы. Указ от 25 января 1715 г. предписывал сообщать самому царю о важнейших делах, которые подразделялись на три пункта: 1) о замысле против царя или измене, 2) об измене, 3) о казнокрадстве. В январе 1718 г. царь уточнил, что будет принимать сообщения только по первым двум пунктам. Что же касается третьего пункта, то он по-прежнему оставался в ведении органов политического сыска. Но уже в декабре 1718 г. царский указ передал дела о казнокрадстве Юстиц-коллегии. Преемникам Петра Великого оставалось только подтверждать, что государственными преступлениями считаются дела «в первых двух пунктах».
Законодательство начала XVIII в. подразумевало под заговором и изменой также неуважение к монарху. Деятельность Петра Великого настолько расходилась со старомосковскими канонами, что широко распространились слухи о незаконном происхождении царя (настоящего наследника престола якобы подменили другим младенцем в Немецкой слободе). Недовольные толки вызвал и второй брак Петра, с «немкой», как тогда говорили, темного происхождения. Органы политического сыска жестоко преследовали распространителей подобных слухов и вообще тех, чье отношение к царю выглядело двусмысленным. Например, в 1720 г. певчий Савельев был замечен за тем, что махал тростью перед портретом царя. Доносчик сообщил о самом факте, не давая никакой оценки или объяснения. Сам Савельев оправдывался, что хотел лишь согнать мух с портрета. Тем не менее он был нещадно бит батогами.