Высказываются различные предположения о побудительных мотивах Петра III. Некоторые исследователи полагали, считая императора человеком недалеким, что эта мысль пришла ему в голову под влиянием высокообразованного канцлера М.И. Воронцова. Возможно, однако, что Тайная канцелярия вызвала недовольство Петра III (известного своим преклонением перед прусскими порядками) тем, что в 1762 г. вела следствие о немецком шпионаже в русской армии. Так или иначе, но эту меру одобряли и люди, скептически относившиеся к новому императору. Автор известных воспоминаний А.Т. Болотов писал: «Превеликое удовольствие учинено было и сим всем россиянам, и все они благословляли его за сие дело».
Но фактически ведомство политического сыска было не ликвидировано, а видоизменено. Еще до опубликования своего манифеста об уничтожении Тайной канцелярии Петр III выразил пожелание создать Тайную экспедицию при Сенате. Характерно, что Екатерина II (1762–1796 гг.), охотно толковавшая при подготовке дворцового переворота о безумных поступках своего супруга, подтвердила ряд решений Петра III после его низложения и насильственной смерти. В октябре 1762 г. она почти дословно повторила манифест о ликвидации Тайной канцелярии и тут же создала Тайную экспедицию.
В принципе, передача дел о государственных преступлениях одному из подразделений Сената могла бы ввести политический розыск в рамки законности. Но просвещенный абсолютизм Екатерины II не заходил так далеко, чтобы упустить контроль над этой важнейшей отраслью.
Тайная экспедиция почти не зависела от Сената. В нее в полном составе перешли все чиновники упраздненной Тайной канцелярии. Сама экспедиция размещалась в Петропавловской крепости, а ее московская контора — на Лубянке. Возглавил Тайную экспедицию Степан Иванович Шешковский. Ему довелось дышать воздухом застенка буквально с детства. Отец Шешковского, мелкий чиновник, пристроил 11-летнего сына писцом в московскую контору Тайной канцелярии. Потом Шешковский служил в других учреждениях, но в конце концов вернулся в Тайную канцелярию — на сей раз в Петербурге. При Шувалове он был секретарем канцелярии, а в экспедиции дослужился до чина тайного советника. Подобную карьеру, учитывая его недворянское происхождение, можно объяснить только особыми заслугами. Недаром Екатерина II питала огромное доверие к начальнику Тайной экспедиции.
В царствование Екатерины II продолжалась практика создания временных следственных комиссий. Они расследовали особо важные дела, например попытку подпоручика В.Я. Мировича освободить из Шлиссельбургской крепости Иоанна Антоновича. Двадцатичетырехлетний секретный узник, который провел в одиночном заключении 23 года, так и не узнал ни о своем настоящем имени, ни об императорском титуле. Офицеры охраны, действуя в соответствии с тайными инструкциями, убили бывшего императора. Мирович был предан суду и казнен.
Обстоятельства чумного бунта в Москве в 1771 г. расследовал фаворит императрицы граф Г.Г. Орлов. В 1775 г. для расправы с участниками крестьянского движения под предводительством Емельяна Пугачева были созданы две комиссии, подчиненные генералу П.С. Потемкину. Этим комиссиям оказывали помощь специалисты из Тайной экспедиции. Екатерина II писала Потемкину: «В Москву теперь я отправляю Шешковского в Тайную экспедицию, который особливый дар имеет с простыми людьми и всегда весьма удачно разбирал и до точности доводил труднейшие разбирательства». Шешковский допрашивал предводителя крестьянской войны днем и ночью. Вместе со священником он сопровождал Емельяна Пугачева на казнь. Следует отметить, что императрицу особенно интересовал вопрос, почему бунтовщик выдавал себя за ее покойного мужа Петра III.
Во второй половине XVIII в. Россия постепенно расставалась с пережитками средневековья. При Екатерине II «слово и дело», как и было обещано в манифесте Петра III, утратило всякое значение. Первое время доносчики пытались заменить запрещенное выражение словом «секрет». Но за подобные выкрики строго наказывали. Екатерина II торжественно провозгласила отказ от пыток.
Однако сдвиги в общественном сознании происходили с большим трудом. Об отмене пыток сожалело даже высшее духовенство. Так, членов Верховного суда возмутила бесстрастность Мировича — «примечена в нем окаменелость, человечество превосходящая». Обер-прокурор Синода передал мнение церковных иерархов: «Некоторые из духовенства приговаривают злодея пытать». Императрица защищала свое нововведение, хотя ей самой не всегда удавалось выдержать роль просвещенной монархини. Сохранились рассказы о том, как она приказала Шешковскому увезти с маскарада заядлую сплетницу генеральшу М.Д. Кожину. Начальник Тайной экспедиции должен был «слегка телесно наказать» женщину и доставить ее на бал-маскарад «со всею благопристойностью».