Однако через несколько месяцев Эренбургу все же удалось переубедить руководство ЕАК, и оно в августе 1944-го обратилось к Щербакову с просьбой издать «Черную книгу» и по-русски для советских читателей. Однако власти были явно не в восторге от такого развития событий и предпочли отделаться от настырных просителей уклончивым и ни к чему не обязывающим ответом: «Сделайте книгу, и если она будет хорошей, она будет напечатана». Раздосадованный Эренбург какое-то время продолжал настаивать на своем, но потом, осознав тщетность своих усилий, вынужден был, к удовлетворению чиновников из Агитпропа ЦК, махнуть рукой на русское издание «Черной книги». Произошло это следующим образом. В октябре без ведома Эренбурга (хотя тот и был введен ранее в состав международной редколлегии «Черной книги») ЕАК направил в США первый весьма сырой вариант книги (525 документов), включавший в себя и материал, подготовленный писателем. Хотя потом Эренбургу и объяснили, что сделано это было по срочной просьбе советского посла в Вашингтоне Громыко, опасавшегося, что близкое к завершению американское издание «Черной книги» может выйти в свет без советских материалов, тем не менее он воспринял действия ЕАК как личное оскорбление, заявив, что «не может быть двух «Черных книг» — для внутреннего рынка и для экспорта». Для урегулирования возникшего конфликта Лозовский вынужден был сформировать в феврале 1945 года специальную комиссию под председательством С.Л. Брегмана, отношение которого к Эренбургу и его концепции «Черной книги» позже выразилось в той фразе, что в подготовленной им рукописи «выпячивает литературщина и нет принципиальных фактов».
В начале марта Лозовский сообщил Эренбургу, что комиссия, учитывая разногласия, возникшие между ним и ЕАК, пришла к заключению о необходимости публикации как бы двух «Черных книг»: одна будет представлять собой сборник документов, подготовленный под эгидой ЕАК, а другая (под редакцией Эренбурга) — беллетризированные писательские очерки на тему о геноциде еврейского народа, причем приоритетное значение должно было иметь издание первой. Реакция Эренбурга на этот проект была взрывной и решительной. Он подал в отставку с поста председателя литературной комиссии, передав свои полномочия Гроссману. То, что идея двух книг была надуманной и направленной главным образом против Эренбурга, стало ясно уже через несколько месяцев, когда в июле было принято решение вернуться к варианту единого издания. После этого развернулась форсированная доработка рукописи: заканчивались приготовления к Нюрнбергскому процессу, на который главный обвинитель от Советского Союза должен был поехать с завершенной книгой, чтобы использовать ее в качестве документа, обличающего преступления нацистского режима.
В начале 1946 года копии рукописи были направлены в десять стран мира, в том числе США, Англию, Францию, Италию, Австралию и Палестину. А весной в Нью-Йорке вышел в свет английский вариант «Черной книги», правда, без первоначально предусмотренного предисловия А. Эйнштейна, так как советские представители в международной редколлегии в лице Михоэлса, Фефера и Гроссмана, исполняя волю Кремля, выступили против публикации текста, в котором, в частности, присутствовали мысли ученого о том, что «евреев следует рассматривать как нацию…» и что «ни один народ, вовлеченный в катастрофу последних нескольких лет, не понес в процентном отношении таких потерь, как евреи».