Вторая проблема заключалась в решении вопроса: при каком ведомстве было целесообразнее создавать органы контрразведки — или при Департаменте полиции МВД, или при Военном министерстве. В пользу Департамента полиции во внимание бралось одно главное обстоятельство — это наличие в их структурах сотрудников, обладавших профессиональными знаниями и умениями конспиративной агентурно-оперативной работы. В пользу военного ведомства бралось во внимание то, что их специалисты знали организацию русской армии и ее основные секреты, а также имели четкое представление об иностранных армиях и их разведках, то есть знали, что следует охранять и от кого. Именно эти последние обстоятельства и имели решающее значение. Поэтому и первый специальный орган контрразведки (Разведочное отделение в 1903 г.), и система органов контрразведки (КРО) в 1911 г. были созданы при военном ведомстве.
Третья проблема — это определение территории (района деятельности), на которой должна действовать контрразведка.
Определение района деятельности органов контрразведки определялся в зависимости от тех задач, которые государство ставило перед контрразведкой. Так, при создании в 1903 г. первого специального органа контрразведки — Разведочного отделения, основной его задачей являлось наблюдение и разработка сотрудников иностранных дипломатических миссий, занимавшихся сбором разведывательной информации, и разработка российских подданных, имевших с ними подозрительные контакты. А поскольку дипломатические миссии были аккредитованы и находились исключительно в столице Российской империи Санкт-Петербурге, то и районом деятельности Разведочного отделения был определен Петербург и его окрестности.
Активность иностранных разведок в преддверии Первой мировой войны стала приобретать глобальный характер. Иностранный шпионаж начинает охватывать всю территорию России. Это побудило царское правительство в 1911 г. создать систему органов контрразведки, и районом деятельности российской контрразведки уже становится не только вся территория России, но и выполнение определенных задач и за границей.
Четвертая проблема — это социально-государственное положение (статус) контрразведки с точки зрения того, должны это быть легальные органы, известные широкой общественности, или нелегальные, о существовании которых никаких сведений официально не должно было сообщаться.
Самый первый орган контрразведки, Разведочное отделение, с самого начала было задуман как негласное учреждение, так как считалось, что иначе терялся бы главный шанс на успешность его деятельности, именно тайна его существования. Такой же подход сохранялся при создании и деятельности КРО накануне и в начале войны. Негласный характер деятельности органов контрразведки можно рассматривать как парадигму частного характера, которой придерживались руководство и специалисты Военного министерства в вопросах выработки принципов организации контрразведывательной деятельности.
Но последующая практика во время I-й мировой войны показала, что негласность существования органов контрразведки стала приносить больше негативных последствий, чем пользы. Даже большая часть русских офицеров в действующей армии была часто не в курсе того, что где-то рядом с ними могут работать сотрудники военной контрразведки и их агентура. Имели место случаи, когда агентов КРО, возвращавшихся из-за линии фронта и попадавших в поле зрения офицеров строевых частей на передовой, ни при каких обстоятельствах не хотели принимать «за своих», даже если они заявляли о том, что выполняли задание того или иного КРО, ибо строевые офицеры впервые слышали об этих органах. После таких случаев завеса негласности и секретности деятельности КРО понемногу начала спадать. Руководители контрразведки стали рассчитывать на то, что сам по себе патриотический характер деятельности контрразведки, если о ней будет известно общественности, усилит ее связь с населением и сможет дать положительные плоды в выявлении и пресечении подрывной деятельности иностранных спецслужб.
Пятая проблема — это проблема кадрового обеспечения органов контрразведки на стадии их образования и последующих этапах их деятельности.
Когда встал вопрос об образовании системы КРО при военных округах, по мнению П. А. Столыпина, в штабах военных округов не было квалифицированных кадров, знающих достаточно хорошо «техническую сторону розыска». С точки зрения премьера, эффективное взаимодействие с военными могли бы осуществлять районные охранные отделения и сотрудники корпуса жандармов. В этой связи на должности руководителей всех КРО, создававшихся по «Положению» 1911 г. были назначены офицеры из числа охранных отделений или корпуса жандармов. Во время войны в контрразведку стали приходить офицеры армии и флота, имевшие склонность к оперативной работе, что имело положительные результаты, так как они лучше знали тонкости военного дела и лучше представляли объекты угроз, к которым проявляли интерес иностранные разведки.