По ходатайству командиров корпусов и начальников отдельных отрядов в их штабы КРО выделяли для ведения контрразведки одного или нескольких агентов. Они поступали в подчинение офицеров, ведавших разведкой, но оставались в ведении командировавших их начальников КРО. В дальнейшем в ходе войны принятие таких мер привело к созданию корпусных контрразведывательных пунктов. Так, штаб Северного фронта 17 мая 1916 г. отдал распоряжение для КРО армии о выделении в каждый корпус одного старшего агента, опытного в деле контрразведки, желательно чиновника, и не менее трех младших агентов[27].
Для постановки контрразведки в корпусах штабы фронтов и армий разрабатывали специальные инструкции. В них указывали цели, задачи, организацию, компетенцию и другие вопросы, связанные с деятельностью контрразведывательных органов[28].
Определенная работа по борьбе с иностранными разведками проводилась также в дивизиях и полках. Ответственность за контрразведку в этих соединениях и частях несли их командиры, а непосредственными исполнителями, как правило, выступали дивизионные и полковые коменданты[29].
В районах крепостей за контрразведку отвечали коменданты и начальники штабов крепостей. Общие указания для них по контрразведке поступали от соответствующих штабов фронтов или отдельных армий.
Для выявления шпионов в поездах железных дорог, на пароходах, на тыловых армейских и корпусных путях передвижения войск действовали посты подвижных наблюдательных агентов, подчинявшиеся начальникам местных КРО.
Все контрразведывательные отделения на ТВД, за исключением КРО военных округов, формировались и состояли при разведывательных отделениях отделов или управлений генерал-квартирмейстерской службы. Начальники КРО подчинялись соответствующим начальникам разведывательных отделений. Следует отметить, что «Наставление» 1915 г. по сравнению с «Положением о контрразведывательных отделениях» значительно усилило подчиненность KРО разведывательным отделениям штабов армий и фронтов. Это усиление проявилось по всем линиям деятельности КРО и преследовало цель улучшить контакт и взаимодействие разведывательных органов с военной контрразведкой по борьбе с иностранными разведками. КРО военных округов на театре военных действий состояли при военно-цензурных отделениях штабов округов. Соответственно начальники КРО военных округов на ТВД подчинялись непосредственно и. д. старшего адъютанта военно-цензурного отделения.
Организация контрразведки вне театра военных действий строилась на основании действующего Положения о контрразведывательных отделениях 1911 г. с теми изменениями, которые были вызваны установлением порядка регистрации, предусмотренного «Наставлением» 1915 г.
Совершенствование и развитие во время войны системы и структуры военной контрразведки сделало необходимым более четко решать и вопросы взаимодействия между различными государственными органами в борьбе с подрывной деятельностью противника. В органах военной контрразведки ответственными за взаимодействие выступали начальники КРО. «Наставление» предоставило им более широкие права по взаимодействию с другими учреждениями и ведомствами в предупреждении и пресечении различных государственных преступлений.
Рассмотрев основные положения «Наставления по контрразведке в военное время», можно сделать вывод, что после июня 1915 г. действовало два основных нормативных акта, регулировавших борьбу с иностранными разведками. Деятельность контрразведывательных органов военных округов вне ТВД регулировалась «Положением о контрразведывательных отделениях» 1911 г. Оно определяло структуру и частично компетенцию контрразведки ГУГШ. Цели, задачи, права и обязанности, порядок взаимодействия контрразведывательных органов на театре военных действий между собой и с другими органами, их штаты и структура регламентировались «Наставлением по контрразведке в военное время», утвержденным 6 июня 1915 г. Поэтому структура всей военной контрразведки России в это время строилась на основании этих двух нормативных актов.
«Наставление по контрразведке в военное время», предоставив штабам фронтов и отдельных армий право организовывать по усмотрению последних контрразведывательные органы в корпусах и наиболее важных населенных пунктах, способствовало тем самым созданию в ходе войны довольно гибкой и разветвленной системы военной контрразведки. Русская контрразведка в этот период с успехом разоблачала не только действия отдельных шпионов и шпионских групп, но даже была осведомлена о составе самих разведывательных органов австро-германских войск, о чем свидетельствуют списки личного состава этих органов, имевшиеся в Генеральном штабе России[30].