Следствием августовского (1918 г.) постановления Совнаркома стали изменения в кадровом составе железнодорожного подразделения. Заведующим подотделом стал М.Н. Смирнов, членами коллегии — А.Н. Горбунцев, С.А. Коротков и В.Л. Мазия (секретарь подотдела). Трое из четверых членов новой коллегии до своего перехода в августе в ВЧК имели прямое отношение к системе наркомата путей сообщения. Двое из них — М.Н. Смирнов, ставший заведующим подотделом, и С.А. Коротков — были членами исполкомов соответственно Александровской и Самаро-Златоустовской железных дорог, а третий — А.Н. Горбунцев служил непосредственно в Народном комиссариате путей сообщения (НКПС)[106].
Помимо основных отделов, занимавшихся борьбой с противниками большевистской власти, должностными преступлениями и т. д., во второй организационный период в системе ВЧК создавались отделы, предназначенные для решения некоторых важных задач, стоящих перед столичными властями. Так, с 21 августа 1918 г. при ВЧК начал функционировать отдел стратегического уплотнения (заведующий Э.И. Карповиц). В его функции входило обследование и реквизиция помещения верхних этажей, признанных новой властью важными в стратегическом отношении. Отдел наблюдал за ходом выселения из реквизированных у буржуазии квартир и заселении их «советским» элементом по ордерам президиума Моссовета и центральной жилкомиссии. Кроме того, у подразделения были полномочия накладывать штрафы или реквизировать имущество лиц, не исполняющих распоряжения ВЧК.
Летом 1918 г. при ВЧК был создан отдел, занимающийся контролем столичных складов, возглавлявшийся неким А.Г. Антоновым — личностью с весьма неясной биографией. Наконец, в начале сентября 1918 г. при ВЧК был создан отдел, руководивший создающимися районными ЧК. Повсеместная организация районных ЧК в Москве началась летом 1918 г. Они должны были в условиях разгоравшейся по всей стране Гражданской войны принять на себя некоторые столичные функции ВЧК. К 30 августа 1918 г. районные чрезвычайные комиссии (РЧК) приступили к работе почти во всех районах Москвы. Они содержались на средства ВЧК, которой направляли крупные и групповые дела, тогда как мелкие дела, наоборот, передавались из центрального аппарата в РЧК[107]. Отдел районных ЧК возглавил бывший член коллегии Уральской областной ЧК и комендант дома Ипатьева, руководивший расстрелом царской семьи, Я.М.(Х.) Юровский.
С первых месяцев существования ВЧК перед ее руководством встала проблема создания внутри нее подразделения, призванного осуществлять контроль за деятельностью самого карательного органа. 13 мая 1918 г. на заседании ВЧК была организована контрольная комиссия, первоначальными функцими которой стали наблюдение за внутренним порядком охраны и ведение выдачей пропусков в здание ВЧК. Ее председателем был назначен комендант ВЧК Л.М. Заковский. Однако на этом же заседании говорилось, что функциями организованной комиссии должна была стать и борьба со злоупотреблениями сотрудников, а также предотвращение различных конфликтов. Дзержинскому и членам ВЧК Г.Д. Заксу и И.С. Кизельштейну (представителю Совнаркома Москвы и области) было поручено обратиться во ВЦИК, а также в ЦК большевистской и левоэсеровской партий с просьбой о делегировании в контрольную комиссию надежных и работоспособных партийных товарищей. Наконец, 20 мая 1918 г. Президиум ВЧК, обсудив вопрос об организации ревизионной комиссии, принял решение соединить с функциями контрольной.
В принятой 11 июня 1918 г. на 1-й Всероссийской чекистской конференции резолюции говорилось, что контрольно-ревизионная коллегия ставит своей задачей борьбу со всякими злоупотреблениями, чинами, отдельными лицами, имеющими то или иное соприкосновение с комиссией и учреждениями, входящими в состав ВЧК. Она должна была состоять из трех представителей ВЧК. Коллегия во внутренней своей работе была автономна. Ей предоставлялось право самой набирать штат своих служащих: секретаря, бухгалтера, машинисток и т. д. Однако когда реально она начала функционировать, нам неизвестно. Первые достоверные данные о ее работе относятся к концу сентября 1918 г.[108] Возглавил контрольно-ревизионную коллегию член ВЧК В.И. Савинов. Он являлся сотрудником ВЧК почти с самого ее основания, с марта 1918 г. входил в состав ее членов и до назначения в контрольно-ревизионную коллегию был заместителем начальника и заведующим секретной частью спекулятивного отдела. От Московского комитета партии в коллегию вошел бывший военком Сокольнического района Ф.Д. Медведь. К сентябрю 1918 г. контрольно-ревизионная коллегия при ВЧК состояла уже из пяти членов[109].