В итоге, в декабре 1918 г. критика деятельности ВЧК достигла апогея. Президиум ВЦИК 26 декабря 1918 г. назначил специальную ревизионную комиссию для проверки работы ВЧК[171]. 8 января 1919 г. Л.Б. Каменев направил В.И. Ленину проект резолюции о реформе революционных трибуналов и чрезвычайных комиссий, который предусматривал немедленную ликвидацию ВЧК и всех ее местных органов. Практически одновременно в ВЧК был принят проект о ВЧК и губЧК, который был представлен В.И. Ленину[172]. Оба проекта были вынесены на решение партии. ЦК выразил доверие ЧК, а Ф.Э. Дзержинскому удалось отстоять компромиссный проект о реорганизации ЧК и ревтрибуналов. Однако было принято решение об упразднении уездных ЧК[173].
Вся ответственность за деятельность ВЧК была возложена на ее Коллегию, как в центре, так и на местах. Ее постановления могли быть обжалованы в СНК и ВЦИК, которым ВЧК отчитывалась ежемесячно. Причем, в отличие от губЧК постановления ВЧК не приостанавливались. В случае спорных вопросов местные исполкомы должны были обращаться в ВЧК[174].
Произошли изменения и в организации работы линейных отделов ВЧК. Основным структурным подразделением в ВЧК и в ее органах становится Секретно-оперативный отдел, из которого впоследствии была выделена оперативная часть. Такие изменения ознаменовали повсеместный переход на негласные методы работы.
Упразднение уездных ЧК не пошло на пользу их деятельности. Эта реформа повлекла за собой массу дополнительных хлопот и увеличение нагрузки на чекистов, что само по себе осложнялось условиями Гражданской войны и становлением нового государственного аппарата. В связи с упразднением уездных ЧК всем командирам батальонов войск ВЧК было приказано приступить к стягиванию всех частей, расположенных по уездам, в города. При этом предписывалось забирать имущество, как движимое, так и не движимое[175]. Изменилась и штатная структура губЧК, на которых, в связи с ликвидацией уездных ЧК, была возложена «вся ответственность за борьбу с контрреволюцией, спекуляцией и преступлениями по должности на территории губернии». Кроме того, сам механический процесс ликвидации сопровождался целым комплексом работ, включающих и передачу ценностей, вещей и дел[176]. С учетом того, что к концу 1918 г. в Советской России насчитывалось 356 уездных ЧК, их упразднение несколько затянулось. Более того, в конце апреля 1919 г. на местах продолжали поступать указания об образовании уездных ЧК. Этот процесс во многом был связан с потребностями чекистов в борьбе с контрреволюцией, спекуляцией и саботажем, поэтому уездные ЧК, как элементы организации чекистских органов на местах, просуществовали довольно долго. Более того, в начале 1920 г. ВЧК возвращается к проблеме организации своих подразделений в уездах[177]. Основным подразделением на местах становится политическое бюро, штатная расстановка которого предусматривала 3 категории. Политическое бюро 1-й категории имело в штате 5 уполномоченных, в то время как 3-й категории — всего 2.
В новых условиях основные усилия руководства ВЧК по организации управления ведомством сводились к повышению его эффективности и исполнительской дисциплины. Трудностей в этой сфере хватало как в Центре, так и на местах. Большой проблемой для ВЧК была организация делопроизводства из-за отсутствия сплошной нумерации документов ВЧК. Как результат, Комиссия выдавала справки, не соответствовавшие действительности[178].
Одной из судьбоносных реформ ВЧК стала окончательная передача в ее структуру органов контрразведки. Это решение было продиктовано в первую очередь практикой борьбы с шпионажем, которая показала связь иностранных разведок с контрреволюционными организациями. Ведь на ВЧК, в отличие от Военного контроля, помимо борьбы со шпионажем, была возложена и функция борьбы с контрреволюцией. Кроме того, наличие двух независимых контрразведывательных органов не шло на пользу их деятельности. В результате в декабре 1918 г. на базе Военного контроля и армейских ЧК был создан Военный отдел, который, согласно постановлению ВЦИК от 1 января 1919 г., был преобразован в Особый отдел (ОО) ВЧК.
К середине января 1919 г. процесс слияния Военного контроля с фронтовыми и армейскими ЧК был завершен. Большую роль в этом процессе сыграла Комиссия по реорганизации органов Военного контроля и армейских чрезвычайных комиссий. В результате в ОО перешли лучшие специалисты Военного контроля, а также были переданы и теоретические разработки по тактике противодействия разведывательно-подрывной деятельности иностранных спецслужб.