В конце 1921 г. по материалам отделения были привлечены к уголовной ответственности 356 человек. Из них за шпионаж — 21, участие в контрреволюционных организациях — 67, за службу в карателях — 20, преступления по должности — 29, спекуляцию — 8, дезертирство — 5, скрытие офицерского звания — 34 и «контрреволюцию» — 169 человек.
По мере создания органов военного управления и образования Западно-Сибирского и Восточно-Сибирского военных округов становилось все более очевидным, что сложившийся порядок контрразведывательного обеспечения войск через особые отделы местных органов ЧК-ГПУ не отвечает новым требованиям. В связи с этим на базе особых отделов Омской и Новониколаевской ГубЧК во второй половине 1921 г. был создан Особый отдел ВЧК Западно-Сибирского военного округа (ЗСВО). В октябре 1922 г. в связи с отсутствием в ГОГПУ отделения по борьбе с бандитизмом функции такового на территории губернии были возложены на соответствующий отдел ОО ЗСВО (Отбанд). Отбанду по этой линии были подчинены уполномоченные ГОГПУ в уездах. Секретному отделению СОЧ поручалось передать в Отбанд все имеющиеся разработки «бандитского характера», а дальнейшее вести совместно. В конце 1922 г. ОО ЗСВО выбыл в Новониколаевск.
Изменение направления деятельности чекистских органов, организация их работы в новых условиях протекали непросто. С одной стороны, приспособление аппарата «исключительно к политическому розыску и переход к систематическому освещению деятельности отдельных лиц и учреждений» нередко вызывали непонимание среди сотрудников, начинавших свою работу еще в Губчека. «Старый метод ЧК, ставший почти традиционным, — отмечалось в одном из отчетов Омского ГОГПУ, — оказался не скоро изживаем. Замечалось даже среди сотрудников недовольство «послаблением», ибо чекистская работа до реорганизации сводилась к тому, что на каждый разинутый против советской власти роток немедленно был накинут платок и никакой системы в осведомительной работе не требовалось». Даже в нечекистской среде ЧК долго еще противопоставлялась ГПУ. Так, в речи одного из выступавших на торжественном заседании по случаю шестилетнего юбилея органов ВЧКГПУ, состоявшемся 23 декабря 1923 г. в омском драмтеатре, прозвучала мысль о том, что врагам рабочего класса рано успокаивать себя мыслью, что «ЧК переименована в ГПУ, изменила свои суровые методы на более мягкие. В нужный момент, — говорил докладчик, — в пять минут ГПУ может снова сделаться ЧК».
С другой стороны, сокращение штата при образовании губотдела ГПУ существенно отразилось на организации всей оперативной работы. В марте 1922 г. из ГОГПУ были, например, уволены 62 сотрудника. Проводилась в то время среди сотрудников органов госбезопасности и мобилизация призывных возрастов. Так, в феврале 1922 г. из чекистских аппаратов губернии были призваны в РККА 28 человек. Калачинское политбюро вследствие этой мобилизации лишилось всех оперативных сотрудников, заменить которых было некем.
Вплотную подошли в этот момент чекистские аппараты и к вопросу подбора кадров. Упрощенное его решение в предыдущий период негативно отразилось на их деятельности. Переход же к новым принципам работы усилил среди оставшихся сотрудников желание уйти со службы: «…Работа перешла с боевой революционной ноги к кропотливой разработке поступающих материалов, что поставило сотрудников в положение апатии».
Под серьезный удар поставило работу сибирских органов ГПУ вспыхнувшее в 1921–1922 гг. движение «красного» бандитизма. Суть его заключалась в том, что с окончанием Гражданской войны и началом НЭПа значительные группы бывших партизан фактически остались не у дел. Выбитые из колеи прошлой жизни и не приспособленные к новым условиям, многие из них стали объединяться под лозунгом «Бей гадов», устраивать самочинные расправы с попавшими в их поле зрения якобы антисоветскими элементами, терроризировать население. Краснобандитским движением в той или иной степени были охвачены практически все партийные и советские ячейки в уездах Сибири. Сиббюро ЦК РКП(б) отмечало, что в идеологии «красных» бандитов «содержатся уже элементы недовольства советской властью, недостаточно решительно, по их мнению, борющейся с врагами народа». Со своей стороны, Омский ГОГПУ отмечал, что, целиком опираясь на коммунистические ячейки в своей работе, в этот период он потерял основные источники информации.