Коллегия ОГПУ из органа коллективного рассмотрения наиболее важных вопросов оперативно-служебной деятельности фактически превращалась в судебный орган. Другим внесудебным органом стало Особое совещание при ОГПУ, образованное в 1924 г. для осуществления административных высылок, ссылок и заключения в ИТЛ. В 1926–1927 гг. Президиум ЦИК СССР начал предоставлять Особому совещанию новые чрезвычайные права, вплоть до вынесения высшей меры наказания.
Исследователи истории советских органов государственной безопасности отмечают, что в 1920-е гг. во многих правовых актах высших органов государственной власти и управления широкое распространение получили такие термины, как «социально чуждые элементы», «социально опасные элементы», «враждебная среда» и др. «Такое понимание, — отмечал В.В. Коровин, — уже само по себе противоречило законности, в эти категории фактически попадала та часть населения города и деревни, которая до Октябрьской революции входила в слои интеллигенции, офицерства, торгово-промышленной буржуазии, зажиточных крестьян… Ужесточение карательной политики советского государства, расширение сферы деятельности органов ОГПУ, существование политического сыска, органов внесудебной расправы, массовой агентурно-осведомительной сети и т. д. — все это свидетельствовало не о крепости, а о слабости общественно-политической системы советской власти».
В период подготовки и проведения реорганизации органов госбезопасности 1922 г. сложная оперативная обстановка сложилась на транспорте. Даже самые радикальные меры в условиях глубочайшей разрухи, выхода из строя половины подвижного состава и нехватки топлива не в состоянии были обеспечить нормальную его работу. Небывалые метели, прошедшие зимой1920–1922 гг., снежные заносы окончательно парализовали его работу.
Способствовали крушению транспорта и многочисленные пожары конца 1921–начала 1922 г. Так, в ночь с 11-го на 12 ноября 1921 г. произошел большой пожар в Омских главных мастерских, который до основания уничтожил механический, котельный, паровозо-сборный цеха и силовую станцию. Для ликвидации катастрофического положения в январе 1922 г. в Сибирь был направлен уполномоченный ВЦИК, СТО и НКПС, председатель ВЧК Ф.Э. Дзержинский. На сибирских железных дорогах было введено военное положение, на помощь транспорту мобилизованы силы местных партийных, советских и хозяйственных органов. Бывший начальник следственного отдела ПП ВЧК по Сибири В. Чайванов вспоминал: «Прибыв в г. Омск, Феликс Эдмундович привлек к этому делу… много чекистов… То были дни героического труда сибиряков. Вместе с населением работали и чекисты, показывая пример самоотверженности и революционного энтузиазма».
Нашел время Ф.Э. Дзержинский и для того, чтобы вникнуть в работу чрезвычайных комиссий Сибири. Сразу же по приезду в Омск он сообщил в ВЧК: «Состав сотрудников ТЧК чрезвычайно слабый — полупартизанский, большой процент больных тифом». В отчете о работе своей экспедиции он указывал: «Срочность работы по вывозу продуктов, массовое хищение грузов и топлива, отдельные контрреволюционные попытки разрушить транспорт поставили перед экспедицией вопрос о необходимости в срочном порядке усилить деятельность сибирских ТЧК. Для этого, прежде всего, был усилен личный состав ТЧК. Прибывшие из Европейской России работники направлены на наиболее важные линии, участки» …
В эти годы в Омске существовало также районное отделение водной транспортной ЧК на реке Иртыше (РОВТЧК), преобразованное в линейную водную ТЧК (ЛВТЧК). Оно обслуживало органы управления водным транспортом, Омский, Павлодарский и Семипалатинский участки, многочисленные пристани и затоны на Иртыше, специализированное учебное заведение — Омскую профтехническую школу водников, а также прилегающие к Иртышу населенные пункты, вело наблюдение за имеющимися в непосредственной близости к реке военными частями, охраной важных объектов. ЛВТЧК вела общечекистскую работу по информированию центра и местных партийных и советских органов, ее сотрудники следили за аварийной безопасностью судов в затонах, состоянием средств пожаротушения и материальной части плавсредств и т. д.