Особенно заметную роль в его судьбе сыграло участие в ленинградском следствии по делу об убийстве С. М. Кирова. Прибывшие в Ленинград в составе партийно-правительственной группы чекисты выполняли в следственной бригаде вполне определенные обязанности. Так, заместитель наркома НКВД СССР Я. С. Агранов вел общее руководство следствием и временно ис-поднял обязанности начальника УНКВД по Ленинградской области. Начальник Оперативного отдела ГУГБ НКВД К. В. Паукер ревизовал систему личной охраны убитого партийного руководителя. Люшков (Молчанов оставался в Москве) должен был заниматься политической подоплекой преступления. А именно эта сторона дела более всего интересовала Сталина и заместителя председателя КПК при ЦК ВКП(б) Н. И. Ежова, «курировавшего» следствие и направлявшего его в русло деятельности «зиновьевской оппозиции». По-видимому, Люшков, так же как и Агранов, сразу понял и принял замысел Сталина и Ежова обвинить в убийстве оппозицию. Это не сразу сделал Ягода, что в конечном счете повлияло на решение Сталиным его судьбы. Правильно «сориентировавшийся» в данной ситуации Люшков был сразу замечен и завоевал симпатии Ежова, в недалеком будущем — секретаря ЦК ВКП(б) и наркома внутренних дел СССР. Упоминание Я. С. Аграновым имени Люшкова на февральско-мартовском (1937) Пленуме ЦК как чекиста, и в дальнейшем с готовностью сотрудничавшего с Ежовым, это косвенно подтверждает.
Тем временем на Украине в среде прежних коллег-чекистов Люшкова назревали драматические события. По возвращении В. А. Балицкого и его сотрудников из Москвы где-то в конце 1933 года произошел конфликт между Балицким и его «правой рукой» Леплевским. Причиной к разладу, возможно, стала неспособность Балицкого «закрепиться» в Москве, в результате чего «его люди» тоже потеряли свои посты.
Близкие лично Леплевскому сотрудники Джирин и Инсаров стали вести среди работников ГПУ Украины разговоры, заявляя, что все успехи ОГПУ в оперативной работе являются результатом оперативности Леплевско-го. Эти разговоры дошли до Балицкого, который немедленно удалил Леплевского с Украины.
Развитие событий приобрело прямо-таки драматическую окраску: во время отъезда Леплевского на вокзале никого из провожающих не было, кроме Амирова-Пиев-ского. Леплевский к нему обратился в озлобленном тоне со следующими словами: я, мол, уезжаю с Украины, но еще сюда вернусь и рассчитаюсь со всеми. Так, совсем в «миргородской манере», жестоко поссорились два бывших украинских покровителя Люшкова.
На XVII съезде ВКП(б) в феврале 1934 года был избран новый состав ЦК. Его полноправными членами, сравнявшись своим партийным статусом с Ягодой, были избраны председатель ГПУ УССР (с июля 1934 года — нарком внутренних дел УССР) В. А. Балицкий и бывшие видные чекисты — секретарь Северо-Кавказского крайкома Е. Г. Евдокимов и секретарь Закавказского крайкома Л. П. Берия.
Не менее, чем Балицкий, был опасен для Ягоды и бывший крупный чекист Е. Г. Евдокимов. Вплоть до своего ухода на партийную работу (январь 1934 года) Евдокимов был неформальным главой мощного клана северокавказских чекистов, сложившегося вокруг него в Ростове-на-Дону в бытность полпредом ОГПУ по Северному Кавказу (1923–1929 и 1932–1933 годы). Шагом, направленным на «нейтрализацию» Евдокимова как своего возможного преемника или заместителя, стало назначение Ягодой в августе 1936 года Г. С. Люшкова в Ростов-на-Дону, начальником УНКВД по Азово-Черноморскому краю. Этим Ягода пытался достичь двух целей: получить от Люшкова, никак не связанного с интересами местного партийного и чекистского руководства, компрометирующие их и Евдокимова материалы, а заодно избавиться в Москве от Люшкова как от чекиста, сотрудничавшего с Ежовым. В связи с этим представляется спорным утверждение Р. Конквеста (речь идет о 1938 годе) о Люшкове как об «одном из немногих оставшихся в НКВД людей Ягоды». Как чекист из «свиты» Балицкого Люшков не числился в любимцах Ягоды. Μ. П. Шрейдер, знавший Люшкова по работе в Москве, дает ему весьма бледную характеристику, вспоминая о нем лишь как о «скромном человеке и неплохом работнике».