Во время поездки Шептицкий представлялся в аристократических салонах Варшавы, Петербурга, Киева как частное лицо, как сын известного польского магната. Особенно его интересовали настроения украинских буржуазных националистов. Через некоторое время он докладывал о своих наблюдениях и выводах, потешив сердца как «шефов» в Ватикане, так и в Вене. Согласно шпионской информации будущего митрополита, Киев бурлил, выказывая резкое недовольство секретным указом министра внутренних дел царского правительства Валуева о запрете украинского печатного слова. Ссылаясь на пример украинского историка, археолога и этнографа Владимира Антоновича (тот в свое время сменил католическую веру на православную, но начал проявлять колебания в сторону Униатской церкви после известного царского указа), Роман — пока еще Роман — Шептицкий весьма оптимистически смотрит на сотрудничество с украинской интеллигенцией. По его мнению, последняя способна признать унию «как единственно правильный путь сближения украинского народа с культурой Запада».
Работа на разведку способствовала и быстрой церковной карьере. Вот ее этапы: 1888 год — монах, магистр ордена базилиан; 1890 год — игумен базилианского монастыря; 1893 год — священник; 1899 год — епископ; 1900 год — митрополит, глава Униатской церкви. Но этою Шептицкому мало. Он не менее амбициозен, чем его наставники из Ватикана. Он постоянно твердил своей пастве: «Я есть митрополит русский».
Но конечно же не только, а точнее, не столько эти амбиции вынудили униатского митрополита снова пробраться в Россию с новым шпионским заданием. Так хотели его ватиканские и генштабовские хозяева. Ведь в австрийском и немецком штабах шла усиленная подготовка к войне с Россией и крайне нужна была новая информация. Получив разрешение австрийского императора Франца-Иосифа и высочайшее папское благословение, Шептицкий, отрастив бороду и приобретя изготовленный австрийской разведкой подложный паспорт на имя юриста Евгения Олесницкого, пробрался на территорию Российской империи. Свой шпионский вояж он начал с Вильнюса, где встретился со старыми агентами, а также обзавелся новыми. С этой же целью посетил Минск, Слуцк, Витебск и другие города. Из Белоруссии он намеревался выехать на Украину, но вдруг обнаружил пропажу своего подложного паспорта. Пришлось в спешном порядке с помощью агентов тайно пробираться во Львов.
Русская контрразведка, изучая фальшивый паспорт Евгения Олесницкого и наведя о нем справки, долго не могла поверить, что за этим именем скрывался «святой отец». Но с тех пор взяла на заметку униатского митрополита Шептицкого как опасного шпиона. Впрочем, по утверждению биографа последнего Лонгина Цегельско-го, издавшего в 1937 году в Филадельфии книгу с кратким жизнеописанием магистра базилиан, Шептицкий несколько раз побывал в России, поставляя в Вену, Берлин и Ватикан ценную информацию.
Есть много свидетельств разведывательной деятельности Ватикана в годы, предшествовавшие первой мировой войне. Особенно разветвленной была агентурная сеть в России. Епископы католических церквей Польши, Литвы, Белоруссии, Украины собирали и поставляли в резиденцию папы ценные сведения. Агенты Ватикана имелись даже в Петербурге. Со многими из них держал связь Шептицкий. Обрабатывать же инфор. ма-цию ему помогал родной брат — офицер австрийского генштаба Станислав. Впрочем, последний и сам занимался активной разведывательной работой, особенно в то время, когда являлся военным атташе Австро-Венгрии при русской армии в Маньчжурии.
Пронырливый и хитроумный характер «святого шпиона», его вышколенные с детства светские манеры помогали ему находить доверенных лиц среди русской аристократии. К примеру, немало интересной информации для Ватикана и немецкого генштаба он извлек из частых бесед с князьями Оболенскими. Ну а княгиня Наталья Ушакова являлась его тайным агентом. Об этом свидетельствует письмо-инструкция митрополита Андрея княгине Наталье, в котором за духовными наставлениями нетрудно уловить указания шпионского характера. «Это мое письмо до Вас прошу держать в полной тайне, взяв во внимание то, что моя юрисдикция является секретной… — предупреждал Шептицкий Ушакову в ответ на ее вопрос о полномочиях митрополита, поручившего ей вербовку сочувствующих Униатской церкви. — Она определена наисвятейшим отцом устно и неофициально… Наталия Сергеевна! Речь идет об очень важном. Если Россия сохранит свой яркий обряд и постепенно станет поворачиваться к единству… Россия будет влиять через Рим на весь мир и обновит весь Восток, поскольку от России зависит все на Востоке. Итак, действуйте энергично, осторожно, но про письмо мое не вспоминайте».