Помимо банд большую опасность на Украине представляло петлюровское подполье. Как свидетельствуют документы, созданный лишь в марте 1920 года Цупчрезком вел эффективную борьбу с подпольем. Одним из первых был ликвидирован так называемый Комитет освобождения Украины, возникший в мае 1920 года в Полтаве. В его состав входили, наряду с представителями полтавской интеллигенции во главе с профессором Прий-мой, деятели партий украинских эсеров (Чубуков, Дорошенко) и «незалежников» (Денисенко и Левченко). Комитету освобождения Украины подчинялись его периферийная организация — Полтавский губернский повстанческий комитет и партизанский отряд атамана Вовка (200 человек). Рассчитывая на скорое крушение совет-ской власти на Украине, главари комитета решили считать себя правительством Украины, а Прийме поручили выехать в Польшу и согласовать с Петлюрой (который, кстати сказать, родился в Полтаве) план работы «правительства». Тут, однако, в дело вмешались чекисты и арестовали весь состав комитета вместе с его периферией.
В своей борьбе против советской власти петлюровцы нередко входили в контакт со своими недавними врагами — русскими белогвардейцами. Так, в июле 1920 года в Одессе была раскрыта подпольная группа во главе с петлюровцем Климовичем, атаманом Усиевичем, секретарем «Просвиты» Крачецом и несколькими врангелевскими офицерами. Группа располагала большими запасами оружия. В августе была ликвидирована подпольная организация в Елисаветграде, руководившая партизанским движением в районе. Во главе ее стояли прибывший из Крыма врангелевский полковник Александр Беличенко и петлюровец Мусий.
Большое значение для борьбы с националистами имел судебный процесс по делу группы членов ЦК партии украинских эсеров. Именно эта партия имела большинство в Центральной раде, а затем входила в правительство Директории. И хотя после военного поражения петлюровцев украинские эсеры вышли из состава правительства УНР и 7 февраля 1920 года официально заявили об отказе продолжать борьбу против советской власти, оружия они не сложили. В августе 1920 года выяснилось, что они продолжают поддерживать связь с петлюровским подпольем. В частности, у члена ЦК Голубовича В. А., бывшего в 1917–1918 годах председателем правительства Центральной рады, нашли во время обыска записки, уличавшие его в сношениях с петлюровским атаманом Юрием Мордалевичем. Стало известно и об участии украинских эсеров в Комитете освобождения Украины.
Особый отдел Цупчрезкома произвел аресты членов ЦК партии украинских эсеров Н. Петренко (Стодоля), И. Лизановского, И. Часныка, Ю. Ярослава, активиста партии Ю. Скугар-Скварского, неоднократно переходившего в 1919 году линию фронта для передачи шпионских сведений «правительству УНР», члена партии профессора С. Остапенко, бывшего министром, а затем председателем совета министров УНР в 1919 году. Заодно был арестован и член партии «незалежников» бывший военный министр «правительства УНР» Г. Сиротенко, нелегально вернувшийся на Украину и проживавший по подложному паспорту.
Дело вызвало огромный интерес на Украине. Оно рассматривалось специальным присутствием Всеукраинского чрезвычайного революционного трибунала с участием государственного обвинителя Дмитрия Мануильского, впоследствии известного советского деятеля, одного из руководителей Коминтерна. Главные обвиняемые были приговорены к пяти годам заключения.
В июне 1920 года в Харьковскую ЧК явился с повинной бывший начальник контрразведки при Директории Юлиан Чайковский. Его дело было тщательно расследовано и рассмотрено в публичном заседании Всеукраинского верховного революционного трибунала. На процессе выступали многочисленные свидетели, приводившие жуткие факты преступного разгула петлюровских вояк в Киеве во время правления Директории. Сенсационными стали показания бывшего председателя Директории Владимира Винниченко, прибывшего весной 1920 года на Украину из эмиграции. В них бывший «глава» «украинского государства», по сути, признал, что он и его ближайшее окружение фактически не контролировали ситуацию на Украине: «Два лица, голова Директории и председатель совета министров, я и Чеховский, которые по иронии судьбы представляли из себя высшую власть, фактически никакой власти не имели и прямой политики не делали. Несмотря на то что все резолюции, декларации и постановления выносились в духе этих представителей, власть фактически принадлежала националистическому и шовинистическому мещанству». Эти последние слова Винниченко поневоле часто приходят мне на ум, когда я наблюдаю по телевизору некоторых современных украинских политиков.