— А что означает орденская ленточка у вас на груди?
— Вот какая мне оказана честь — дело поручено человеку, награжденному орденом Ленина. Значит, мое дело очень важное!
В июле 1951 года Ильин был переведен в «Матросскую тишину» и помещен в специальный блок тюрьмы ЦК партии. Находившимися там подследственными занимался Комитет партийного контроля, который расследовал дела членов ЦК и офицеров госбезопасности. Начальник тюрьмы предупредил его о серьезных последствиях, если он не признает свою вину перед партией. Новый следователь, появившийся на очередном допросе в форме генерал-майора юстиции, был заместитель военного прокурора Советского Союза Китаев. К безмерному удивлению Ильина, Китаев потребовал от него показаний о предательской деятельности Абакумова, в ответ Ильин попросил представить доказательства, что это не провокация. Охранник вывел его в коридор и подтолкнул к глазку камеры, где сидел заклятый враг Ильина Абакумов.
Тем не менее Ильин отказался свидетельствовать против Абакумова, дальновидно рассудив, что Абакумов в свое время обо всем докладывал Сталину и если он, Ильин, сейчас расскажет о сфабрикованных Абакумовым делах, то его могут обвинить в содействии этим преступлениям. Ильин дал показания, что в своей работе после 1933 года не имел с Абакумовым никаких контактов, лишь изредка встречал его на Лубянке, а также во время инспекционной поездки в Ростов в 1938 году. Китаев был неудовлетворен его заявлением и перевел Ильина обратно на Лубянку, где допросы тут же возобновились. Однако их тон сделался совершенно иным. Теперь его обоняли в том, что он неправильно понимал свой служебный долг, поддерживая контакты и дружеские отношения с подозрительными людьми. Через полгода начальник комендатуры Министерства госбезопасности (МГБ) генерал-майор Блохин объявил ему: за служебные упущения Особое совещание приговаривает Ильина к девяти годам тюремного заключения.
Срок заключения истек — Ильин отсидел девять лет. Перед освобождением ему предложили пройти в кабинет для оформления необходимых документов. Ильин рассказывал позже, что Блохин являлся не только начальником комендатуры, но отвечал и за приведение смертных приговоров в исполнение (в ряде случаев он сам приводил их в исполнение), поэтому, когда его вызвали к Блохину, перед ним за одну-две секунды мысленно прокрутилась вся его жизнь. Он был уверен, что сейчас, сию минуту, его поведут в комендатуру на расстрел. Однако его привели в обычный кабинет, где он дал подписку о неразглашении обстоятельств дела и условий содержания под стражей. Он получил справку об освобождении, временный паспорт и свою старую форму комиссара госбезопасности, теперь генерал-майора, без погон, которая за эти годы порядком обветшала.
Выпущенный на волю поздним вечером, без денег, Ильин решил найти убежище в приемной МГБ на Кузнецком мосту. Он знал, что война кончилась, но не знал, как она изменила жизнь людей: ему было неизвестно, что в стране произошла денежная реформа и в обращении совсем другие деньги. Он также не знал, где его семья и что с ней. Утром выяснилось, что его жена развелась с ним, так как не имела сведений о нем и считала, что он погиб. Она снова вышла замуж, и их дочь жила с ней.
Ильин попробовал связаться с Меркуловым, который стал министром Госконтроля. Он пришел в министерство, секретарь доложил Меркулову, а потом сказал, что фамилия Ильина министру ни о чем не говорит. Ему некуда было идти. Он снова вернулся в приемную МГБ и сделал попытку позвонить Шубнякову, бывшему своему заместителю.
Он не знал номер его телефона, и у него не было монеты, чтобы позвонить из автомата, поэтому он набрал свой старый номер, воспользовавшись внутренним телефоном в приемной МГБ. Ответил дежурный офицер, который узнал его и разговаривал с ним с явной симпатией: репутация Ильина все еще оставалась высокой среди ветеранов НКВД. Оказалось, что Шубняков арестован в 1951 году, вслед за Абакумовым. Офицер из приемной МГБ одолжил Ильину пятьсот рублей (тогда это была довольно большая сумма) и посоветовал немедленно уехать из Москвы.
Ильин поехал в Рязань, где жил его двоюродный брат. Там он устроился на работу грузчиком на железнодорожной станции. О своем прибытии в город он сообщил в местное отделение госбезопасности на железной дороге, и через два месяца они помогли ему получить должность бригадира грузчиков. От него, правда, потребовали, чтобы он сказал своим товарищам по работе, что был осужден не по политической статье, а за растрату и другие должностные преступления, и обещали сделать соответствующую запись в трудовой книжке. Но Ильин отказался, опасаясь, что его могут обвинить в сокрытии своего прошлого. Так в возрасте сорока восьми лет он начал новую жизнь.
После смерти Сталина он подал на реабилитацию. Первое прошение было отклонено, но ему разрешили вернуться в Москву. Ильин устроился в транспортный отдел Моссовета. Реабилитировали его в 1954 году после расстрела Берия. В течение года ему отказывали в полной пенсии, положенной сотрудникам госбезопасности. Этому противился Серов, заявляя, что Ильин скомпрометирован связью с Теплинским, все еще отбывавшим срок как «враг народа».
Отец вспоминал, как буквально через три дня после его освобождения из тюрьмы в 1968 году Ильин навестил его:
«Я узнал, что судьба вновь улыбнулась ему. В 1956 году его бывший куратор в ЦК стал заместителем заведующего Отделом культуры ЦК партии. Ему нужен был честный и опытный администратор на пост оргсекретаря Московского отделения Союза писателей. Предшествующий опыт работы Ильина, в прошлом комиссара госбезопасности по вопросам культуры, делал его кандидатуру на этот пост вполне подходящей. К тому же его поддержали такие писатели, как Федин и Симонов. Партийному руководству нужен был в Союзе писателей человек, который бы знал всех, включая и осведомителей Ильин идеально соответствовал своей новой должности и работал в Союзе писателей до 1977 года. Умер он в 1990 году».
В 1944 году операция «Монастырь» начала развиваться в новом направлении. Накануне летнего наступления Красной Армии в Белоруссии Сталин вызвал начальника Разведупра Кузнецова, начальника военной контрразведки СМЕРШ Абакумова, наркома госбезопасности Меркулова и отца.
Отец писал об этом:
«Настроение у меня было приподнятым: наша работа шла успешно, и месяц назад нас с Эйтингоном наградили орденами Суворова за боевые операции в немецком тылу. Как правило, эта высокая награда давалась только командирам фронтовых частей за выигранные сражения, и тот факт, что на сей раз ее вручили офицерам госбезопасности, говорил о многом. Вот почему на встречу я шел с чувством уверенности, да и Меркулов был в отличном расположении духа, как один из кураторов операции «Монастырь».
Однако Сталин принял нас весьма холодно. Он упрекнул за непонимание реальностей войны и спросил, как, на наш взгляд, можно использовать «Монастырь» и другие радиоигры для оказания помощи нашей армии в наступательных операциях, и предложил расширить рамки радиоигр, отметив, что старые приемы не подходят к новой обстановке. Кузнецов предложил подбросить новую информацию через Гейне-Макса о якобы планировавшемся наступлении на Украине. Я не был готов к такому повороту разговора и абсолютно ничего не знал о планах советского Верховного Главнокомандования. К тому же я помнил совет маршала Шапошникова никогда не встревать в дела, находящиеся за пределами твоей компетенции. Вот почему я молчал, когда Абакумов возобновил попытки подчинить операцию «Монастырь» СМЕРШу, заявляя, что его аппарат имеет с Генштабом более тесные связи, чем НКВД.