Однако вряд ли можно говорить о других причинах еще одного хода Марии — восстановлении прав католического архиепископа Сен-Эндрюсского Джона Гамильтона, которых его лишили в предшествующие годы. Это было сделано явно с той целью, чтобы он имел возможность развести Марию с Дарнлеем, а вероятно, также и Босвела с его женой. Эти поступки, по-видимому, свидетельствуют в пользу того, что Мария знала о заговоре против Дарнлея. Следует добавить, что сведения о нараставшей угрозе для жизни Дарнлея достигли и ушей иностранных дипломатов и разведчиков. О ней, в частности, был осведомлен французский посол Дюкрок, покинувший Шотландию за три недели до убийства. Сам же Дарнлей, как уже отмечалось, поспешил укрыться в относительно безопасном Глазго.
Таким образом, кое-что о заговоре было известно многим, и нет ничего удивительного в том, что к их числу принадлежала и Мария. Это, однако, ещё не означает участия самой королевы в заговоре или даже знания каких-либо конкретных деталей подготовки покушения.
Большой знаток шотландской истории XVI в. и автор специальной монографии о первом суде над Марией Стюарт Г. Доналдсон, взвешивая изложенные выше аргументы, склоняется к выводу, что Мария не принимала участия в заговоре или по крайней мере ее поведение легче объясняется, если исходить из этого предположения.
20 января 1567 года в письме своему стороннику архиепископу Бетону в Париж королева упоминает о слухах, что Дарнлей в сообществе с несколькими лордами собирается короновать ее малолетнего сына и править от его имени. И в этот же самый день королева отправляется из Эдинбурга в Глазго, чтобы привезти оттуда больного мужа в столицу. Не очень правдоподобно, чтобы королева согласилась взять на себя роль приманки, с помощью которой заговорщики стремились заманить Дарнлея в Эдинбург. «Искренен ли был этот неожиданный переход от отвращения к трогательному участию, от ненависти к доброму согласию? — задавал вопрос французский историк М. Минье и отвечал: — Невозможно верить этому, если принять в расчет, что смерть Дарнлея, последовавшая чрезвычайно трагически через несколько дней, не причинила ей никакой печали, не оставила в ней ни малейшего сожаления, не внушила ей чувства мести, не заставила принять никаких судебных мер; если обратить внимание на то, что в то самое время, как она, по-видимому, примирилась с мужем, ее преступная связь с Босвелом продолжалась и что вскоре после того она сделалась женой этого отважного убийцы ее мужа». «Если Мария намеревалась убить Дарнлея, почему она не попыталась это сделать в Глазго руками своего доктора, а положилась на такой неверный способ, как взрыв здания в столице?» — возражал Л. Меневаль (Меневаль Л., Правда О Марии Стюарт. Париж. 1877). С другой стороны, утверждение защитников Марии, что ею двигала жалость к больному мужу, тоже вряд ли способно кого-либо убедить, если вспомнить предшествовавшие этому отношения между супругами. Вероятно, объяснение можно найти в упорно ходившем слухе, что Мария снова должна была стать матерью и необходимо было узаконить ожидавшегося ребенка.
Мемуары расходятся в определении причин болезни Дарнлея. Одни считали ее результатом далеко зашедшего венерического заболевания, другие — следствием отравления. К последнему предположению присоединялись уже в XVIII в. видные шотландские ученые. Джилберт Стюарт (Стюарт Дж., История Шотландии от утверждения Реформации до смерти королевы Марии. Лондон. 1782) считал, что королева знала о попытке отравления Дарнлея лордами и в ней проснулось сочувствие к мужу, ставшему жертвой ее врагов. Это и привело Марию к больному Дарнлею в Глазго. Его выздоровление и примирение с королевой естественно вызвали сильную тревогу лордов. Их безопасность оказалась несовместимой с дальнейшим существованием Дарнлея. В заговоре участвовал наряду с Мереем, Мортоном, Мейтлендом также и Босвел. Однако Мерей и Босвел строили при этом совершенно противоположные планы. Босвел после смерти Дарнлея стремился получить руку Марии и трон, Мерей надеялся захватить власть в свои руки.
Косвенные данные, возможно, говорят о том, что Марии не было известно о плане взрыва Кирк о'Филда. Она была настолько потрясена известием, что несколько дней не принимала участия в делах. В течение значительного периода после гибели Дарнлея корреспонденция, подписанная королевой (за одним исключением — письма от 16 февраля), велась на английском, точнее, на шотландском, а не, как обычно, на французском языке. Даже через месяц, 8 марта, когда английский посол получил аудиенцию, его приняли в полутемной комнате: вероятно, больная Мария поручила одной из своих фрейлин сыграть роль королевы. Можно, правда, лишь гадать, была ли вызвана эта болезнь нервным перенапряжением, раскаянием в содеянном или в том, что Мария не пресекла известные ей планы лордов, либо, наконец, опасением за будущее.
В официальном обвинении, предъявленном позднее Марии, говорилось, что она сама выбрала Кирк о' Филд как резиденцию для Дарнлея. Это, судя по всем данным, не соответствует действительности. Показания людей, принадлежащих к различным партиям, свидетельствуют, что Мария первоначально собиралась перевезти больного Дарнлея не в Кирк о'Филд, а в Крейгмиллер. Кирк о'Филд был избран самим Дарнлеем (на это обращали внимание многие исследователи, писавшие в XIX в., — француз Ж. Готье, немцы Б. Зепп, О. Карлова и др.). Г. Кардаунс высказывает предположение, что именно Балфур предложил Дарнлею остановить свой выбор на Кирк о' Филде. Во всяком случае выбор был сделан Дарнлеем вполне добровольно и вопреки желанию Марии. Другие историки, например французы Ж. Пти (Пти Ж. История Марии Стюарт. Т. 2. Париж. 1875) и Л. Меневаль, соглашаются с мнением некоторых современников, что Кирк о'Филд был выбран Дарнлеем по совету Мерея. Надо учесть, что Кирк о'Филд был расположен на высоком месте, а не в низине, как замок Холируд, и поэтому мог больше подходить для больного.
В обвинении указывалось, что порох был сложен в спальне королевы. Это помещение было расположено непосредственно под комнатой Дарнлея, и Мария провела в своей спальне две ночи. А в покрытых мраком событиях 9 февраля по крайнем мере очевидно одно — Кирк о'Филд, по единодушному свидетельству очевидцев, взрывом был буквально поднят на воздух, весь, включая стены, вплоть до камней фундамента. Поэтому в первые дни после взрыва господствовало мнение, что под дом была подведена мина. Об этом говорилось в письме, отправленном от имени Марии в Париж. Об этом же доносили английские дипломаты и агенты в Лондон. Мерей также сообщал, что дом «целиком подорван». По-видимому, брату королевы, вскоре снова возглавившему группировку, враждебную его сестре, ещё не пришло в голову, насколько это заявление не согласуется с утверждением, что порох находился не в подвале, а в опочивальне Марии Стюарт. Непонятно также, почему заговорщики так долго медлили со взрывом, ставя под угрозу все предприятие: ведь порох в комнате королевы мог быть обнаружен в любую минуту. Размеры взрыва невольно заставляют задать вопрос, действительно ли заговорщики метили только в Дарнлея? Не проще ли было избавиться от него с помощью яда — ведь доказать преступление при тогдашнем состоянии медицины было бы фактически невозможно и подозрения (которые часто сопровождали в те времена даже естественную смерть влиятельных политических деятелей) так и остались бы подозрениями.
Значительно легче объяснить известные факты, предположив, что целью заговорщиков был не только Дарнлей, но и сама королева. Были ли у лордов в начале 1567 года основания стремиться к ее устранению? Ответ может быть только положительным. Да, основания были, и большие, чем во время убийства Риччио, когда по крайней мере часть заговорщиков предполагала избавиться также и от Марии. Рождение сына в известном смысле ослабило позиции королевы, теперь ее смерть не вызвала бы споров о наследовании престола. Более того, она обеспечивала интересы протестантской партии — Якова воспитали бы сторонником реформированной церкви, а не католиком, как это предполагала, конечно, сделать его мать. Малолетство Якова позволяло честолюбцам вроде Мерея долгие годы управлять страной. Убийцы Риччио рассчитывали, устранив королеву, править, прикрываясь именем недалекого Дарнлея. Теперь же, вернувшись из изгнания, не решили ли они осуществить старый план с тем только изменением, что, убрав с пути королеву и Дарнлея, воспользоваться куда более удобной марионеткой — Яковом? Мысль, что мишенью заговорщиков был не только Дарнлей, но и королева, казалась очень правдоподобной современникам. Ее высказывали не только сторонники Марии Стюарт, вроде упомянутого архиепископа Бетона, но и английская агентура в донесениях Уильяму Сесилу.