В XIX в. был найден французский текст писем, ранее известных лишь в их шотландской или латинской версии. И тогда выявилось, что в некоторых из них существует обратное отношение — французские идиомы грубо переведены на шотландский язык. Д. Хозек в книге «Мария, королева Шотландии, и ее обвинители» (Лондон, 1870) считает, что отдельные французские письма были адресованы Дарнлею (но он не доказал, что Дарнлей вообще знал французский язык).
В конце XIX в. в дискуссию активно включились немецкие исследователи. Историк Г. Бреслау предлагал считать подлинными часть писем (Гердес Г. История Марии Стюарт. 1885); Г. Гердес (Спорные вопросы истории Марии Стюарт. 1886) выдвинул теорию, что часть одного из писем (№1) была написана Дарнлеем Марии, а часть другого письма (№2) — Марией Мерею. В 1882 году Б. Зепп в книге «Дневник несчастной шотландской королевы Марии Стюарт» высказал предположение, что большинство писем представляют собой перефразировку дневника, который вела Мария. Как подчеркнул в 1886 году немецкий историк О. Карлова (Карлова О. Мнимые письма Марии Стюарт графу Босвелу. Гейдельберг. 1886), по существу подлинность писем удостоверяется лишь свидетельством под присягой Мортона — ярого врага Марии, участника убийства Риччио и заговора против Дарнлея. Его никак нельзя считать незаинтересованным свидетелем. Будущий шотландский регент был человеком небрезгливым в средствах. Так, он предлагал после восстания в английских северных графствах выдать Елизавете за деньги его предводителя графа Нортумберленда, оказавшего Мортону немало услуг, когда тот находился изгнанником в Англии. Письма, представленные шотландскому парламенту, не имели подписи Марии, вопреки позднейшим утверждениям ее врагов. При разборе дела королевы в Англии оригиналы писем были показаны членам английского тайного совета, которые, сравнив их с другими, несомненно написанными королевой, признали их аутентичность. По мнению О. Карлова, подделку, вероятно, осуществили лорды Мортон, Мерей и Леннокс — отец Дарнлея, возможно, с участием секретаря Мерея Джона Вудса. Мейтленд был в курсе всей этой махинации. Основу «писем из ларца», возможно, составляли какие-то письма и заметки Марии Стюарт, захваченные у нее или другим путем попавшие в руки ее врагов, а также письма Дарнлея к королеве.
Приводились и самые различные доводы в пользу аутентичности писем — вплоть до ссылок Юма и Робертсона на то, что эти бумаги не вызвали сомнения у шотландского парламента или комиссии, назначенной Елизаветой. А. Петрик в книге «Письма королевы Марии Стюарт графу Босвелу» (вышедшей в 1873 году на немецком языке в Петербурге), защищая версию о подложности писем, тем не менее приводит и аргументы в пользу их подлинности: отказ посла Марии Стюарт Лесли, епископа Росского, сравнивать подписи королевы, содержание писем, в которых — будь они фальсификацией — находилось бы больше фактов, призванных свидетельствовать о ее виновности, стиль писем, с трудом поддающийся подделке, упоминание различных побочных обстоятельств и тайных переговоров, которые действительно имели место, и т.д. Одно из наиболее веских доказательств в пользу подлинности писем, полагал Т.Гендерсон в книге «Письма из ларца и Мария, королева Шотландии» (Лондон, 1889), — это молчание, которое хранили о них сама Мария Стюарт и ее сторонники. Во время следствия в Англии Мария в конце концов заняла позицию отрицания, но ведь она не признавала позднее подлинность и других написанных ею писем.
Возможно еще одно решение загадки. Допустим, что письма подлинные, но действительно ли это письма Марии Стюарт, а не какой-либо другой женщины, авторство которых лорды приписали королеве (все равно — зная или не зная, что совершают подлог)? Более того, может быть, письма, копии которых были представлены комиссии, назначенной Елизаветой, даже принадлежат нескольким лицам, в числе которых была и сама шотландская королева? А поскольку отношения между Марией Стюарт и Босвелом, ее роль в убийстве Дарнлея нам известны прежде всего на основании «писем из ларца», то, если они, хотя бы частично, написаны другими людьми или обращены к другим адресатам, вся эта история предстанет совсем в ином свете.
Подробный анализ содержания писем заставляет усомниться в том, что их мог написать один и тот же человек. Английский посол Рэндолф утверждал, что у Босвела была «другая жена» во Франции. Не исключено, что часть писем исходила от нее. Добавим, что возможным кандидатом на роль подлинного автора писем является и норвежка Анна Трондсен, с которой Босвел был обручен, если не обвенчан. Ее почерк не напоминал почерк королевы, но письма Трондсен могли быть переписаны. Женой Мейтленда была Мария Флеминг, фрейлина Марии Стюарт, воспитывавшаяся вместе с королевой во Франции. Подпись Марии Флеминг — сохранились ее образцы — почти не отличима от подписи королевы. При отсутствии оригиналов «писем из ларца» — судьба их осталась неизвестной — вряд ли вопрос о подлинности получит когда-либо однозначное решение…
Но вернемся к заседаниям комиссии, разбиравшей спор шотландской королевы с лордами. Даже после представления «писем из ларца» Мария Стюарт отнюдь не считала свою партию проигранной. Она могла вступить в новый брак, который, возможно, принес бы ее избраннику шотландскую корону. Перед этим соблазном не устоял один из членов комиссии, могущественный герцог Норфолк.
Томас Говард, герцог Норфолк, родился в 1538 году. Он был отпрыском знатного рода, к которому принадлежала и королева Анна Болейн (мать Елизаветы). Его отец Генри Говард, граф Серрей, между прочим, известный поэт, оказался замешанным в дворцовых интригах и погиб на эшафоте в 1547 году. В 16 лет Томас Говард унаследовал титул герцога. Английская королева именовала его своим кузеном. Он занимал первое место в списках английской знати. Норфолку с первых лет правления Елизаветы поручались важные государственные дела, особенно переговоры с шотландцами. В конце 60-х годов он проявил себя открытым противником антииспанской политики, которую начали проводить Уильям Сесил и фаворит Елизаветы Роберт Дадли, граф Лейстер.
Когда Сесил сообщил Елизавете, что Норфолк, участвующий в расследовании роли Марии Стюарт в убийстве мужа, перешел на сторону пленницы, гневу английской королевы не было предела. Намерения Норфолка жениться на Марии Стюарт сами по себе не могли считаться преступлением. Впоследствии, чтобы подвести их под понятие государственной измены, прокурору пришлось ссылаться на то, что Мария, выйдя замуж за французского дофина в 1557 году, так изменила свой герб, чтобы в нем были зафиксированы и права, которые она якобы имела на английскую корону (стоит напомнить, что сама Елизавета сохраняла традиционные для английских королей притязания на французский престол). Мария Стюарт никогда формально не отказывалась от своих претензий занять когда-нибудь английский трон, как она обычно уверяла, наследовать Елизавете. По утверждению же английского правительства, Мария Стюарт заявляла, что имеет преимущественное право на престол по сравнению с Елизаветой. Повторяя это истолкование позиции шотландской королевы, прокурор добавлял, что она была отлично известна герцогу Норфолку и поэтому его матримониальные планы равнозначны государственной измене.
10 января 1569 года Сесил в присутствии членов английского тайного совета и уполномоченных обеих сторон — Марии Стюарт и шотландского правительства — объявил о решении Елизаветы. Оно сводилось к тому, что отвергались обвинения лордов против Марии, так же как контробвинения шотландской королевы против ее врагов. Однако этот оправдательный, вернее, нейтральный вердикт в отношении обеих сторон скрывал реальную политику Лондона. Мерей получил заем в 5 тыс. фунтов, и его правительство фактически было признано Елизаветой, а Марию Стюарт, несмотря на протесты ее представителей, оставили в Англии. Более того, под предлогом сохранения при Марии ее советников задержали влиятельных лиц — Джона Лесли и лорда Герриса. Это было сделано по просьбе Мерея, опасавшегося их возвращения в Шотландию. В ответ Мария пыталась поднять против Мерея всех его врагов, особенно Гамильтонов, уверяя, что тот собирается выдать англичанам принца Якова и разместить британские гарнизоны в замках Эдинбурга, Стерлинга и Думбартона. Английское правительство даже сочло необходимым издать написанную Сесилом прокламацию, в которой отвергалась эта «клевета».