12 июля «честный человек» доставил письмо Бабингтона Марии Стюарт. Ее секретарь сообщил, что письмо получено и ответ будет послан через три дня. Во время одной из своих верховых прогулок, которые ей специально разрешили, шотландская королева встретила рыжего малого с потупленным взором, внешность которого привлекла ее внимание, о чем она и сообщила в письме Моргану. Это был Фелиппес. 17 июля Мария Стюарт ответила Бабинггону. Если верить тексту письма, представленному на процессе, она одобряла все планы заговорщиков — и способствование иностранной интервенции, и католическое восстание, и убийство Елизаветы. Последнее вызывает сомнение. По крайней мере в письмах, направленных Марией в тот же день Пейджету, Моргану и дону Мендосе, говорилось об интервенции и восстании, но совершенно умалчивалось о предстоящем покушении на английскую королеву. На другой день Фелиппес отослал Уолсингему дешифрованную копию. Мышеловка захлопнулась…
31 июля 1586 года Джифорд в очередной раз отбыл в Париж. Он оставил у французского посла половину листа бумаги и просил Шатнефа передавать письма шотландской королевы своим сторонникам за границей только в руки человека, который сможет предъявить другую половину того же листа. Эту другую половину Джифорд передал Уолсингему и мог после этого покинуть английские берега. Никому из заговорщиков уже не было суждено увидеть опять этого решительного и услужливого джентльмена, столь бескорыстно преданного делу святой католической веры.
Уолсингем имел возможность наблюдать за всеми действиями Бабингтона с помощью своего шпиона Бернарда Мауди, который выполнял и роль провокатора, подстрекая заговорщиков к активности. В июне 1586 года Мауди даже совершил по поручению Уолсингема вместе с Баллардом поездку в различные районы Англии с целью определить, на какие силы могут рассчитывать заговорщики в каждом графстве, и представить об этом отчет испанскому послу в Париже дону Мендосе. Разумеется, не меньший интерес представляли эти сведения для английского правительства. Правда, в августе Бабингтон разузнал, что Мауди — шпион Уолсингема, но было уже поздно…
Временами заговорщиков осеняло смутное предчувствие беды, неясное сознание того, что какая-то невидимая рука все больше запутывает незримую сеть, которая должна погубить их. Бабингтон решил съездить в Париж для переговоров с доном Мендосой. Роберт Пули, секретарь Уолсингема, представил заговорщика министру. Бабингтон обещал шпионить за эмигрантами. Уолсингем, выразив свое удовольствие по поводу такого предложения услуг, несколько раз принимал Бабингтона, все оттягивая выдачу паспорта. А Бабингтон имел неосторожность вдобавок показать Пули письмо Марии Стюарт и сообщить, что скоро последуют вторжение, убийство Елизаветы и воцарение пленной шотландской королевы.
В августе заговорщики получили известие, что слуга Балларда, знавший все их секреты, был правительственным шпионом. Бабингтон, пытаясь спастись, отправляет письмо Пули с просьбой известить от его имени Уолсингема, что существует заговор и он готов сообщить все подробности. С этим письмом Пули направляется к Уолсингему — на этот раз арестовывают самого посредника! Нет, Уолсингем в общем-то не сомневался в верности Пули и все же считал, что на того слишком большое впечатление производили богатство и щедрость Бабингтона. Такие превентивные аресты Уолсингем не раз практиковал в отношении своих людей, так что Пули ненадолго был отправлен в Тауэр, а слежку за Бабингтоном продолжали другие агенты.
…Бабингтон ждал — проходили часы, а его письмо оставалось без ответа. Арестовывают Балларда и ещё нескольких заговорщиков. Бабингтон пишет еще одно письмо Уолсингему. Ему сообщают, что ответ последует через день-другой. Вечером, ужиная с одним из сотрудников Уолсингема, Бабингтон заметил, что тому передали записку. Заглянув краем глаза в бумагу, глава заговора увидел, что в ней содержался приказ не выпускать его из поля зрения. Медлить больше было нельзя. Он незаметно вышел из комнаты, оставив свой плащ и меч, и помчался к друзьям; переодевшись в одежду бедняков, они попытались скрыться. За ними следовала погоня, и через несколько дней их арестовали. Одновременно был произведен обыск у Марии Стюарт, захвачены секретные бумаги, взяты под стражу ее секретари. Мария была переведена в другую тюрьму, где находилась в строжайшем заключении.
Разумеется, показания заговорщиков, что их подтолкнул к государственной измене Джилберт Джифорд, были тщательно скрыты английской полицией. Между прочим, он, находясь во Франции, получил от Фелиппеса полудружеское, полуиздевательское предупреждение, что его, Джифорда, самого подозревают в участии в заговоре. Джифорда охватила паника — люди Уолсингема могли донести на него французским властям, после чего ему было бы несдобровать, а возвратясь в Англию, Джифорд вполне мог попасть в лапы юстиции, которая, как это случалось порой, возможно, закрыла бы глаза на то, чье поручение он выполнял, провоцируя покушение на Елизавету. Опасения разведчика оказались, впрочем, необоснованными…
13 сентября Бабингтон и шесть его помощников предстали перед специально назначенной судебной комиссией. Через два дня за ними последовали остальные заговорщики. Все подсудимые признали себя виновными, поэтому не было нужды представлять доказательства относительно организации заговора. Елизавета не удовлетворилась присуждением заговорщиков к «квалифицированной» казни и спросила, нет ли чего-нибудь пострашнее. Лорд Берли должен был разъяснить своей повелительнице, что намеченная кара более чем достаточна для любого преступника.
Многочасовая казнь первых шестерых заговорщиков приобрела настолько чудовищный характер, что сдали нервы даже у много повидавшей в те годы лондонской толпы. Поэтому остальных семерых на другой день повесили и лишь потом четвертовали и проделали все остальные процедуры, уготованные государственным изменникам. Настала очередь Марии Стюарт.
Хотя «заговор Бабингтона» создал предлог для юридического убийства Марии Стюарт, Елизавета только после долгих колебаний, под сильнейшим нажимом своих главных советников, особенно У. Сесила, за свои заслуги получившего титул лорда Берли, и Уолсингема, решила предать пленницу суду. Берли и Уолсингем уверяли, что процесс и осуждение Марии Стюарт совершенно необходимы для безопасности самой Елизаветы, для утверждения протестантизма, для того, чтобы Англия могла выдержать предстоящую ей схватку с могущественной Испанией. Однако причин для нерешительности у Елизаветы было немало. Юридическая сторона предстоящего процесса была очень деликатной, а королеве особенно хотелось соблюсти форму законности. Прежде всего приходилось судить супругу покойного французского короля, законную королеву шотландскую. Создавать такой прецедент — тяжелое решение для Елизаветы, ревниво отстаивавшей священность власти монарха и прерогативы короны. Недаром английская королева отрицала даже правомерность лишения Марии Стюарт шотландского престола. К тому же узница не являлась английской подданной. Она ведь сама добровольно явилась в Англию просить зашиты и покровительства у Елизаветы.
Более того, свидетелей обвинения спешно казнили как участников «заговора Бабингтона». Суду были переданы лишь исторгнутые у них под пыткой показания, а письма самой Марии Стюарт — единственное документальное доказательство — были представлены только в копиях (для этого тоже были серьезные причины). Не было закона, на основании которого можно было судить Марию, поэтому срочно приняли соответствующий парламентский акт. Создается специальный трибунал для разбора намерения и попыток покушения «вышеупомянутой Марии» против английской королевы и для вынесения приговора. 11 октября 1586 года члены суда прибыли в замок Фотерингей, где содержалась Мария Стюарт, и передали ей письмо английской королевы. В нем указывалось, что Мария, отдавшись под покровительство Елизаветы, тем самым стала подвластной законам английского государства и должна на суде дать ответ на предъявленные обвинения.