После вытеснения славян в 1307 году два поселения — Кёльн и Берлин — вступили в союз и в 1432 году они объединились. Благодаря рыбной ловле, охоте и речным сообщениям город процветал и по примеру других немецких городов, расположенных на берегу Балтийского моря, стал вольным городом и членом Ганзейского союза. Однако вольным городом он пробыл недолго. Во второй половине XV века представители древнейшего германского рода князей, графов, выходцы из Франконии, Швабии и Баварии — Гогенцоллерны, правители соседнего небольшого княжества Бранденбург, установили над городом свою власть. И отныне его судьба была связана с судьбой правящего дома Гогенцоллернов, о славянах уже давно никто больше не вспоминал. Население города, в основном, немецкое, спокойно приняло Реформацию, то есть отделение от власти римско-католической веры, провозглашенную Гогенцоллернами в 1539 году. Однако желание властей подчиниться жесткому и холодному учению Кальвина в 1613 году вызвало недовольство населения, и Берлин вступил в период смут. В последующие десятилетия эпидемия чумы и Тридцатилетняя война (1618–1648) сократили население города на треть. При курфюрсте Фридрихе Вильгельме (1640–1688) судьба Берлина изменилась в лучшую сторону. Великий курфюрст укрепил город и начал строительство аристократического квартала на западе вдоль улицы Унтер-ден-Линден («Под липами»). В 1701 году Пруссия и другие близлежащие территории Гогенцоллернов объединились в Прусское королевство со столицей в Берлине. Царствование первого короля Пруссии, Фридриха I (курфюрст Фридрих III в 1688–1701 гг., король в 1701–1713 гг.), было отмечено основанием Академии наук. Ее первым президентом стал великий философ и математик Готфрид Вильгельм фон Лейбниц. Кстати, именно Лейбниц собирал народный фольклор, он обратил внимание на лужицкий язык и культуру, подготовил свое исследование, в котором зафиксировал наречия лужицкого языка.