Фукье-Тенвиль попытался использовать в своих интересах обнаружившиеся столкновения между правыми и левыми термидорианцами. 21 термидора (8 августа) председательствующий Марлен де Дуэ зачитал письмо Фукье с просьбой выслушать его, поскольку он может сообщить сведения, важные с точки зрения общественных интересов и могущие вместе с тем служить для его, Фукье, оправдания. Дантонист Лекуантр немедля поддержал эту просьбу — следует узнать из уст самого Фукье, кто побуждал его к действиям на посту общественного обвинителя. Раздавались голоса протеста — Фукье должен предстать только перед революционным судом, не следует давать ему возможности сеять вражду между членами Конвента. Однако большинство высказывалось за то, чтобы выслушать Фукье. Вскоре его доставили из тюрьмы в зал заседания и дали слово. Его показания внесли мало нового.
Главной его целью было возложить всю ответственность на Робеспьера. Именно он заставил его, Фукье, лично представлять ежедневно отчеты о деятельности Трибунала, хотя формально общественный обвинитель был подчинен не Комитету общественного спасения, а Комитету общественной безопасности. Робеспьер не раз пытался сместить и арестовать Фукье. Он отнюдь не доставлял Робеспьеру списки лиц, которых следовало предать суду Трибунала. Но у Робеспьера были свои шпионы в Трибунале, прежде всего председатель Дюма. В ходе процесса Дантона Фукье считал необходимым заслушать свидетелей, которых требовали вызвать обвиняемые, но взамен получил приказ сверху, который замкнул ему уста, и он подчинился закону. Дюма предлагал ежедневно судить по 160 человек, уверял, что таков приказ Комитета, а он, Фукье, добился, чтобы этих подсудимых разделили на три группы. И так далее. Показания Фукье не произвели впечатления. Делались попытки лишить его слова. Тальен в крайне враждебном тоне подчеркнул, что Фукье, посвященный в разные чудовищные тайны, не сообщил ничего заслуживающего внимания. «Не стоит его обвинять, его уже давно обвиняет вся Франция». Но его все-таки дослушали до конца — и возвратили в Консьержери.
12 и 13 фрюктидора (29 и 30 августа) Лекуантр, основываясь на документе, написанном Фукье-Тенвилем, обвинил семерых бывших членов комитетов — Бийо-Варенна, Колло д’Эрбуа, Барера, Вадье, Амара, Вулана и Давида — в том, что они виновны в преступлениях, вызванных политикой террора. Однако Лекуантр не представил никаких доказательств, помимо записки Фукье. В ответ Бийо-Варенн заявил:
— Кому не видна здесь адская интрига Фукье с целью запятнать нас всех гнусностью своих действий?
Э. Лакост потребовал даже декрета об аресте Лекуантра. В заключение Камбон предложил принять резолюцию, объявляющую обвинения против названных членов Конвента клеветой. Предложение было принято единогласно.
Фукье адресовал свои «мемуары» Лекуантру, но они попали к тому через других членов Конвента (Мерлена де Дуэ, М. Бейля или Луи из департамента Нижний Рейн). Назавтра после обсуждения его обвинений в Конвенте Фукье «из глубины тюрьмы, куда его не следовало заключать», поспешил объяснить, что он никогда не обвинял Амара, Вадье, Вулана в том, что они пытались через председателя Трибунала Германа заставить колебавшихся присяжных проголосовать за смертный приговор Дантону и угрожали им местью комитетов в случае ослушания.
26 фримера (16 декабря 1794 г.), в день, когда Каррье и еще двое обвиняемых были приговорены к смертной казни, общественный обвинитель Леблуа приступил к составлению обвинительного заключения против своего предшественника. Оно включало прежде всего «амальгамы», массовые поспешные осуждения. В этих процессах «обвиняемые по внешности, осужденные в действительности, были казнимы без того, чтобы быть судимыми и осужденными». Фукье обвиняли в подмене одного обвиняемого другим; в приказах еще до суда собирать гильотину и готовить фургоны для приговоренных к казни; подписывать обвинительные заключения, в которых лишь потом вписывались фамилии обвиняемых; в лишении обвиняемых слова, права иметь защитника и вызывать свидетелей. Ему инкриминировали подтасовку списков присяжных, секретное посещение совешательной комнаты, чтобы повлиять на решение присяжных, а также инструктирование свидетелей. Фукье, по словам Леблуа, осуществлял деспотическую власть над всеми служащими Трибунала и принуждал их к незаконным действиям. Фукье ложно утверждал, что некоторые обвиняемые (речь шла о процессе дантонистов) находятся в состоянии мятежа против Трибунала. Он лживо пытался уверить, что существовали заговоры в тюрьмах; добивался принятия «ужасающего» закона 22 прериаля; подбирал из низких, опустившихся лиц доносчиков и с их помощью составлял проскрипционные списки. Он почти всегда противился исполнению отдельных оправдательных приговоров и всячески добивался гибели лиц, признанных судом невиновными.