Возможно, что в его понимание долга входило запугивание подчиненных, недостаточно усердно выполнявших его приказы, угрозы, что им придется разделить участь контрреволюционеров, «снисходительных» и т. п. Негодование по поводу отдельных оправдательных приговоров нередко приправлялось частыми высказываниями, что намечаемые на ближайшую неделю сто, двести, триста казней, мол, упрочат Республику и революцию. Обвиняемые превратились для него в единицы, составляющие сумму лиц, которых надо ежедневно отправлять на эшафот. Поэтому он с такой легкостью приговаривал к смерти людей, оказывавшихся просто однофамильцами внесенных в список. Все это сопровождалось выглядевшими как чудовищное лицемерие проявлениями «гуманности», также предписанными законами. Как уже указывалось, Фукье заказывал помощнику палача еще утром, до начала судебного заседания и тем более до вынесения приговора, нужное количество фургонов для отправки осужденных на гильотину. Однако на каждой телеге везли не более семи человек, иначе приговоренные к смерти будут испытывать излишние страдания от тесноты. Фукье в соответствии с законом настаивал на том, чтобы гильотинирование производилось в день вынесения приговора, на приведение его в исполнение в течение одного-двух часов, дабы (опять-таки из соображений гуманности) сократить осужденным время предсмертного томления и агонии.
Быть может, это демонстративное изображение себя слепым орудием закона было для Фукье следствием не столько внутреннего убеждения, сколько своеобразной игры с самим собой, самоубеждения в полезности своих действий. А может быть, не столько самооправдания, сколько попытки обелить себя в глазах окружавших на случай, если придется нести ответ за содеянное.
— Ужасно гнусное ремесло! — повторял Фукье после принятия закона 22 прериаля о своих занятиях. — Жестокое время, оно не может долго длиться.
Уже известный нам секретарь Комитета общественной безопасности Сенар показал, что слышал, как Фукье, идя вместе с ним и другим полицейским, Гороном, и рассуждая о «победах, одержанных гильотиной», заметил, что доволен ее успехами. Однако на нее взошли известные патриоты, а другим еще предстоит взойти.
— Я опасаюсь, — добавил Фукье, — как бы со мной не сыграли подобную шутку. Я видел тени некоторых патриотов. С недавнего времени мне кажется, что эти тени преследуют меня. Чем все это кончится? Я ничего не знаю об этом.
На основании показаний свидетелей общественный обвинитель нового Трибунала Жюдиси составил 4 жерминаля новый обвинительный акт против Фукье и 29 его сообщников. Он в целом повторял уже выдвинутые ранее обвинения. 8 жерминаля в том же зале, где Фукье выступал столько раз обвинителем, начался его процесс совместно с еще 23 бывшими судьями и присяжными Трибунала (шестеро обвиняемых скрывались от термидорианской юстиции). Судья и присяжные, прибывшие из провинции, были настроены явно против революционного правительства и террора в период якобинской диктатуры. Суд демонстративно, для контраста с действиями прежнего Революционного трибунала, тщательно проверил все пункты обвинительного заключения. Подсудимым было разрешено иметь адвокатов, были вызваны 419 свидетелей. Суд длился долго — целый месяц и девять дней (от 8 жерминаля до 17 флореаля).
Процесс был заполнен острыми стычками между представителями обвинения и Фукье, который не раз разражался гневными выкриками и взрывами ярости, попытками, как в былые дни, подавить волю свидетелей. Однако в целом линия зашиты Фукье была заранее обречена на неудачу, и не только из-за заведомой враждебности судей и присяжных. Общественный обвинитель не рискнул сказать ни слова, которое звучало бы как оправдание террора, столь усердно проводившегося им на его посту. Поэтому зашита Фукье сводилась к утверждению, что он был лишь исполнителем приказов правительства — Комитетов, назначенных Конвентом, что это являлось его «служебным долгом», а также к попыткам оспорить факты, доказывающие, что он нередко выходил за пределы этого «долга». Фукье старался отрицать свою роль в казни отдельных, пользовавшихся известностью и симпатиями людей, против которых вообще не было выдвинуто никаких конкретных обвинений. Однако документы уличали его в том, что он не только не пытался спасти этих лиц, а, напротив, всячески способствовал их гибели. Часто он отрицал совершенно очевидное — даже собственную подпись на незаполненных бланках со смертным приговором, твердил, что заказывал телеги для осужденных еще до начала заседания только потому, что в Париже испытывается недостаток в фургонах. В заключительном слове Фукье снова возложил всю вину на прежних членов комитетов — уже отправленных в ссылку Барера, Бийо-Варенна, Колло д’Эрбуа и других, находившихся в тюрьмах. В их отсутствие он, Фукье, был представлен «главой заговора, о котором никогда ничего не знал». Его сделали-де козлом отпущения.