Главные события в жизни Маргариты Валуа были самым непосредственным образом связаны с вековым конфликтом. Намерение выдать ее замуж за еретика Генриха Наваррского могло вызвать только негодование у такого фанатика, как Пий V, а без разрешения папы нельзя было заключить этот брак, противоречивший церковным канонам. Пий V в конце 1571 года писал Карлу IX: «Наш долг повелевает никогда не соглашаться на этот союз, который мы рассматриваем как оскорбление для Господа». Генералу иезуитского ордена было особо поручено убедить Маргариту, что она жертвует спасением души, соглашаясь на такой брак. Взамен римский престол предлагал выдать принцессу замуж за короля Португалии.
Этот план, еще недавно обсуждавшийся в Париже, был отброшен после события, казалось, прямо не затрагивавшего Францию, — после битвы при Лепанто. Крупное поражение оттоманского флота, воздействие которого на ход войны в первое время даже преувеличивалось, побуждало Екатерину Медичи искать примирения с гугенотами для противодействия Филиппу II. Ведь теперь начала казаться близкой возможностью побеги испанского короля над восставшими Нидерландами.
Накануне Варфоломеевской ночи Карл особенно торопился со свадьбой своей сестры, считая, что она, укрепив внутренний мир, развяжет руки для войны против Испании. Между тем неожиданная смерть Пия V в мае 1572 года не внесла изменений в позицию Рима — новый папа Григорий XIII тоже отказывал в разрешении на брак Маргариты Валуа и Генриха Наваррского. Тогда было решено действовать без Рима, благо один из лидеров гугенотов — принц Конде — подал пример, женившись 10 августа на католичке Марии Киевской без всякой санкции римского престола. Екатерина Медичи тоже сочла, что не стоит останавливать дело из-за такой детали, и приказала сфабриковать письмо французского посла в Риме, в котором извещалось о предстоящей скорой присылке папой нужной бумаги. Такая уловка позволила покончить с колебаниями кардинала Бурбона, который и сам был горячим сторонником женитьбы своего племянника на сестре французского короля. После этого уже без особого труда отыскали священника, готового совершить обряд венчания. Свадьбу назначили на 18 августа. Екатерина Медичи 14 августа спешно направила губернатору Лиона де Мандело приказ задерживать до 18 августа всех курьеров, следующих из Италии и в Италию. Королева хотела таким образом воспрепятствовать получению письма Григория XIII, запрещавшего брак, а также помешать папскому нунцию в Париже сообщить папе о предстоящем бракосочетании.
У читателя романа Дюма создается впечатление, что Екатерина искала смерти Генриха Наваррского, на деле все обстояло как раз наоборот. Это проявилось уже в Варфоломеевскую ночь. Когда сквозь ад этого кровавого кошмара вождей гугенотской партии — Генриха Наваррского и принца Генриха де Конде — доставили к Карлу IX, за королем маячила фигура его матери. Размахивая кинжалом, Карл угрожающе прорычал: «Обедня, смерть или Бастилия!» Генрих Наваррский уже в молодые годы показал себя тем ловким политиком, который через 21 год решил, что «Париж стоит обедни». Он согласился перейти в католичество. Конде отказался, король в неистовом бешенстве замахнулся кинжалом. Его руку удержала Екатерина. Чуть ли не со стенаниями она умоляла сына остановить свою карающую десницу. Слезы, которые проливала вдохновительница массовых убийств, вовсе не были крокодиловыми слезами. Генрих Наваррский и Генрих Конде были ей нужны как противовес герцогу Генриху Гизу, который, будучи главой католической партии, после уничтожения гугенотов становился некоронованным владыкой Парижа. Карл, как всегда, уступил воле матери и приказал держать обоих Генрихов в строгом заключении в их апартаментах.
Английская исследовательница Н. М. Сазерленд в книге «Убийства во время Варфоломеевской ночи и европейский конфликт 1559–1579 годов» сделала своими главными героями одновременно и королеву-мать, и Колиньи. Известный английский историк А. Роуз писал, что Екатерина действительно непрерывно пыталась добиться мира, и выражал даже чуть окрашенную иронией симпатию к «этой столь сильно оклеветанной женщине. Было несчастьем, что ей никто не верил. Политик-макиавеллист в хорошем смысле этого слова, она не могла понять, почему люди настаивали на том, чтобы сжигать других или быть сожженными из-за бессмысленных утверждений».