Чтобы найти остатки Иерихона, было потрачено много сил и энергии. Трудность поисков заключалась в необходимости науки согласовать Библию с историей: большинство ученых-археологов прошлого (особенно англичане и американцы) были ортодоксальными христианами. Они искали подтверждения Ветхому Завету в Египте и Сирии Вавилоне и Палестине. Из поисков фараона, при котором произошел исход из Египта, возникла целая проблема, которую пытались решить самым простым способом: раз мумии фараона нигде нет, значит, он действительно утонул, когда гонялся за израильтянами по дну Красного моря. Но мумию в конце концов отыскали в Долине царей, а вот следов, что фараон утонул, — не нашли. И тогда особое значение приобрел Иерихон — уж он-то, если существовал, должен был стоять на прежнем месте, на Иордане… Правда, не представляли — какой же именно: ханаанейский или тот, что восстал из пепла во времена израильского царя Ахава? На поверхности не проглядывался никакой.
В середине XIX века Тоблер и Робинсон определили примерное место, где он должен был находиться, этот проклятый Навином Иерихон. Выбрав холм среди равнины, неподалеку от Иордана, они начали на нем раскопки и ничего не нашли. Позже Уоррен тоже копал на холме, и тоже ничего не было найдено. В 1894 году Блайз обратил внимание ученых на тот же холм, полагая, что под ним все же скрывается Иерихон. А немец-археолог Зеллин в 1899-м изучил поверхность холма и собрал черепки ханаанейской посуды. Он пришел к выводу, что его предшественники были все же правы: вероятнее всего, под многометровыми наслоениями скрывается древний город, просто через них не хватило терпения пробиться. Тем более рядом сохранилась деревня Эриха, и Иордан под носом.
В 1904 году немцы еще раз побывали здесь и собрали новые данные, указывавшие на правильность выводов всех, кто пытался обнаружить Иерихон именно в окрестностях Эрихи, Но честь первооткрывателя все же досталась Эрнсту Зеллину. В 1907 году во время раскопок он добыл материалы, подтвердившие все, о чем мечтали история и археология: дома и часть городской стены с башней (пять рядов каменной кладки и сырцовая кладка высотой 3 метра). Наконец, в 1908 году были организованы серьезные и долговременные раскопки Восточным обществом Германии.
Холм, скрывающий руины Иерихона и в плане напоминающий эллипс, протянулся с северо-северо-востока на юго-юго-запад, город занимал площадь 2,5 гектара. Археологи раскопали полностью (на севере) ширину городской стены, равную 3 метрам, открыли вторую городскую стену шириной 1,5 метра. Был открыт еще кусок стены на том же северном склоне холма с каменным цоколем и сырцовой кладкой высотой 7 метров. Исследовав площадь 1350 квадратных метров между городскими стенами и пробными северными раскопами, ученые обнаружили в верхних слоях позднее мусульманское кладбище, а в нижних — остатки городских построек.
Раскопки на западной стороне холма обнажили каменные лестницы, сооруженные после разрушения городских стен, под лестницами также находились остатки значительно более ранних домов. В северной части холма открыты стены хеттского здания (дом "Хилани"). Ближе к восточной стене, которая не сохранилась, раскопаны остатки домов. Неподалеку от внутренней городской стены открыты кварталы, занимаемые домами, а также улица под стеной. На площади 200 квадратных метров к западу обнаружена городская стена и остатки зданий, а под стеной найден византийский некрополь. Возле юго-западной стены раскопаны остатки дома иудейской эпохи.
Специфика археологии заключается в том, что ученые всегда идут как бы задом наперед: сначала они выясняют то, что было вчера, потом, уничтожив вчерашнее, то, что было позавчера, и так далее. В Иерихоне первые археологи насчитали восемь наслоений, последовательно сменявших один другой: мусульманский, самый поздний, представленный могилами; слой византийский; позднеиудейский, с обломками аттической посуды классической эпохи; древнеиудейский (дом над древней стеной); Израильский, к которому относятся дом «Хилани», дома в центре (ближе к отсутствующей восточной стене), могилы, лестницы и внешняя городская стена; позднеханаанейский(находки между внешней и внутренней городскими стенами и керамика); древнеханаанейский — остатки города с домами и внешней и внутренней городской стеной; наконец, первоначальный слой, тоже разделяющийся на несколько периодов, к которому относятся «дома под внутренней городской стеной…
Несмотря на значительные недостатки, с которыми были произведены раскопки, даже на то обстоятельство, что ученые непременно желали "подогнать под Библию" многие открытия, главный вклад Зеллина и его коллег в науку тот, что история Иерихона перестала быть исчисляемой с Иисуса На-вина, и ученый мир получил самый древний из известных на земле город (в 20-х годах XIX века считали, что он возник в IV тысячелетии до н. э.).
Город назывался Лунным из-за культа Луны. По другой версии его название переводится как "Город пальм". Наконец, по третьей — как "Город, лежащий в низу долины". Начальный и ханаанейский периоды Иерихона, из которых последний обозначается разрушением массивных кирпичных стен на северо-западе и возведением двух городских стен — наружной и внутренней, скрывавших город наподобие двух колец. Особенно неприступен он был с востока, откуда донимали кочевники. Население города и в начальный период, и в ханаанейский — по составу было одно и то же. В древнейшем слое найдены кремневые орудия, орудия из других камней, так называемые «чашечные» камни, и "чертовы пальцы" — каменные наконечники стрел.
После разрушения города начального периода Иерихон несколько сдвинулся к югу холма. Ханаанейские стены возведены в III–II тысячелетии до н. э. Факт разрушения Зеллин соотнес с нашествием "четырех царей Востока" (Кн. Бытия, гл. 14). Двойная защитная стена Иерихона — исключение для Палестины, но у хеттов и греков это обычный способ защиты: взяв первую стену (она называлась протейхизма), враг попадал в "каменный мешок". Правда, ни хеттов, ни греков в то время на исторической арене не наблюдалось.
В Ханаанейском Иерихоне просматриваются эгейские и вавилонские мотивы, хотя в основном он самобытен. Погребений этого периода в городе не обнаружено. Разрушен был Иерихон с востока (где уничтожена вся городская стена) и подожжен (всюду следы пожара), после чего некоторое время оставался почти необитаемым. Зеллин посчитал, что на этот раз Иерихон был разрушен израильтянами. Впрочем, часть населения продолжала жить в Иерихоне, и это археология связывает с позднеханаанейским периодом. Период характеризуется так называемой наколотой керамикой. В израильскую эпоху в городе еще долго оставались ханаанейцы, пока целиком не ассимилировались с завоевателями. Собственно израильский слой в Иерихоне сам Зеллин датировал XI–IX веками до н. э.
Израильский период характеризуется необычайным оживлением всей жизни города. Сказывалось влияние связей с арамейскими областями. Поверх разрушенных стен сооружены лестницы, возведена новая импозантная стена… Построен дворец «Хилани» в хеттском стиле. Город заполнила разноцветная разнообразная керамика, даже стилизованная под металл. Дворец и стену израильского Иерихона строил Хиль из Бет-Эля, вероятно, наместник царя Ахава. Ахав, как известно, отрекся от Яхве и предался язычеству. Хиль ему ни в чем не уступал: в стены новых построек он замуровал живыми двух своих сыновей — самого старшего и самого младшего — в качестве жертвы. Иерихон сделался центром значительной области, а крепость защищала от моавитян.