Дочь короля Митанни, страны, находившейся на северо-западе Месопотамии, она в пятнадцатилетием возрасте была отдана в жены стареющему монарху Египта — Аменхотепу III. Спустя два года старый фараон умер, а Нефертити стала женой его 12-летнего сына Аменхотепа IV. Его мать Тия пользовалась большим влиянием при дворе, поскольку тоже происходила из царского рода Митанни, где было принято, чтобы королевы принимали участие в управлении государством.
На одном из барельефов археологи обнаружили изображение Эхнатона, Тии и ее дочери, принцессы Бекататон, отцом которой никак не мог быть царственный супруг Тии — Аменхотеп III, поскольку он умер года за четыре до рождения девочки. Вероятнее всего, отцом Бекататон был Эхнатон, сын Тии. Именно эта кровосмесительная связь, предполагает американский психолог Иммануил Великовский, могла послужить историческим источником для греческого мифа о царе Эдипе и его «эдиповом комплексе». В защиту такой гипотезы говорит и письмо царя Вавилона к Эхнатону, где Тия именуется «Властительницей Дома». Это значит, что об интимной связи матери с сыном было известно не только в Египте.
По мнению Ванденберга, такой необычный «любовный треугольник» не мешал Нефертити осуществлять политическое и религиозное правление государством, и именно Нефертити сыграла ведущую роль в установлении религиозного культа бога Атона. А победа в борьбе со всесильными жрецами прежних египетских богов говорит о ее большой политической власти.
Молодая чета, как видно из многочисленных настенных изображений, вела роскошную и счастливую семейную жизнь. Три их дочери, родившиеся в течение первых трех лет супружества, постоянно изображаются в окружении родителей. Две из них — старшая, Меритатон, и самая младшая, Анхесенпаатон («Она живет для Атона»), — стали впоследствии царицами. При этом последнюю еще девочкой выдали замуж за юного фараона Тутанхатона, изменившего впоследствии в связи с религиозной реформацией не только свое имя на Тутанхамон, но также имя своей супруги, соответственно, на Анхесенпаамон («Она живет для Амона»).
Новую столицу Аменхотеп IV начинает строить в 330 км к северу от Фив на четвертом году их совместной жизни. Три года 100 тысяч работников возводят великолепные святилища, резиденции и гробницы, мостят каменными плитами аллеи, сажают деревья. Кода в 1357 году до н. э. строительство завершилось, Ахетатон стал самой грандиозной постройкой античного мира того времени.
На тринадцатом году правления Эхнатон неожиданно разделил власть со своим якобы единокровным братом Семенкхаром, и звезда Нефертити померкла. Вероятно, Семенкхар не только боролся с ней за власть, но и оспаривал у нее любовь Эхнатона. А когда Эхнатону исполнилось 25 лет, в его организме стали происходить странные изменения: тело стало деформироваться, на бедрах и на ягодицах появились толстые жировые отложения. Половые органы начали усыхать. Через четыре года, в возрасте 29 лет, Эхнатон умер.
Похоже, что в последний период супружеской жизни царицу окружал рой поклонников. В эти годы, живя в своем дворце, она родила еще трех дочерей — всех от разных отцов. Но далеко не ко всем добивавшимся близости с ней она была благосклонна. В 1971 году были найдены три глиняные таблички, представляющие собой как бы три картинки из рисованного комикса. На них изображено, как распорядитель церемоний Уми-ханко подходит к Нефертити с намерением обнять ее и как по приказу разгневанной царицы его впрягают в повозку, нагруженную камнями, и выдворяют в безводную пустыню, где он через 10 дней умирает.
Наверное, этот горе-ухажер не был единственным отвергнутым ею обожателем. Найденный в Тель-эль Амарне, современном поселении на месте руин Ахета-тона, знаменитый бюст Нефертити работы Тутмеса — выдающегося придворного скульптора Эхнатона — изображает царицу только с одним глазом. Но в целом бюст не производит впечатления незаконченного. Ван-денберг полагает, что отсутствие левого глаза означает выражение бессильной мести художника, воспылавшего страстью к капризной красавице, которая не ответила ему взаимностью.
Несмотря на успех у мужчин сама Нефертити больше не вышла замуж. Но одну из своих дочерей, Анхе-сенпаатон, она выдала за фараона Тутанхатона, которому было в ту пору 11 лет. Поцарствовав всего девять лет, этот юный фараон не оставил сколь-нибудь заметного следа в истории Египта, он успел лишь вернуть старых богов, переселиться со своим двором из Ахетатона обратно в Фивы и принять новое имя — Тутанхамон. А спустя почти 3300 лет археолог Говард Картер находит гробницу этого юного фараона, в которой, кроме его мумии, лежат бесценные произведения искусства, известные теперь во всем мире как «сокровища гробницы Тутанхамона».