Началось активное изучение всевозможных наук. Большое внимание общества было приковано к Толедской школе, которая стала проводником арабской, греческой и еврейской науки. Сочинения Аристотеля, Птолемея, Авиценны, Аль-Фараби, переведенные на латинский язык, пользовались бешеной популярностью везде, где было распространено христианство.
Еще одним затруднительным обстоятельством для положения церкви стало возрождение римского гражданского права, которое увлеченно изучалось во всех европейских научных центрах. То, что есть судопроизводство, а не запутанные канонические законы и жестокое феодальное право, доводилось до сведения всех интересующихся этим вопросом. Контроль разума стал довлеющим началом в силу распространения просвещения и интеллектуального прогресса.
Все это не могло не привести к бурному развитию еретических учений, которые стали рычагом, сдвинувшим камень инквизиции. Нужно отметить, что ереси (от греч. hairesis — «особое вероучение»), поколебавшие церковные догматы в XII веке, выдвигались не учеными богословами, как раньше, а сначала распространялись среди массы простого народа. Характерно, что господствующие классы практически не принимали участия в зарождении инакомыслия. Это свидетельствует о новой эпохе, которая пришла на смену схоластическому мышлению. Удар, направленный на католическую церковь и ее нравы, наносился чаще всего людьми, проповедовавшими среди оскорбленных и униженных, понимающих, что в святое учение вкралось слишком много заблуждений.
Причиной расцвета ересей стало нравственное падение духовенства, поэтому нет ничего удивительного в том, что основным направлением, в котором развивались еретические учения XII века, явилась ветвь сектантов, сохранявшая основные положения христианства, но отвергавшая священство как таковое. Конечно, нельзя забывать и о манихеях, чье дуалистическое учение о равноправии в мире Света и Тьмы, Добра и Зла очень сильно влияло на ересь катаров.
Ереси, отвергавшие священство, опирались на основополагающий принцип учения Доната (основатель учения, направленного против официальной христианской церкви и римского господства) о том, что от прикосновения порочных рук все таинства тут же оскверняются. Отсюда следовало: священники, погрязшие в пороке, живущие в грехе, не могут совершать никаких таинств. На это даже опирался Папский престол в борьбе, развернутой против женатого духовенства в XI веке.
Самыми значительными еретическими учениями в Средние века стали вальденсианство (от имени основателя — Пьера Вальдо), катарианство (от греч. katharos — «чистый»). Вероучение последних легло в основу учения альбигойцев.
Проследим сначала предпосылки возникновения ереси Вальдо. Все началось с появления в 1108 году проповедника Танхельма с острова Зеланд, отрицающего всю церковную иерархию, от Папы Римского, до самого последнего священника. Танхельм также отрицал таинство евхаристии, оскверненной прикосновением нечистых рук, и призывал народ к неплатежу десятины, налога, предназначенного для церкви. Простой народ почитал его как святого, проповедям зеландского монаха-вероотступника внимали с радостью и благоговением. Танхельм, собрав небольшое войско, захватил власть в Антверпене, где ни герцог, ни епископ не смогли ему помешать, напуганные сильными народными волнениями. Он проповедовал здесь до 1115 года, даже тогда, когда его верные ученики и последователи были схвачены и казнены, пока один сумасшедший монах, исступленный в своей приверженности Римско-католической церкви, не убил его.
В Бретани на суд общественного мнения, чуть позже Танхельма, с проповедью аналогичной ереси выступил слегка повредившийся в уме на почве религиозно-мистических исканий Эон де Этуаль. Он и его последователи отбирали у церквей богатства и раздавали все нищим и беднякам. Размах «эонийцев» был настолько широк, что против них были высланы войска. Ученики Этуаля были публично сожжены живыми на костре, а их предводителя отправили в тихое аббатство как умалишенного, где он и закончил свои дни.
На юге Франции, особенно в Лангедоке, где вольнодумство получило особенно полное свое воплощение в силу и географического, и экономического, и социального положения, первым с порицанием священства и полным отречением от таинств выступил Петр Брюйсенский из Эмбрена, который и преследуемый церковью успешно проповедовал в течение двадцати лет. В конце концов его постигла участь всех еретиков: Петра сожгли живым на костре.