Все последователи учения Иоахима жестоко преследовались инквизицией. Спиритуалы становились жертвами священного трибунала. Гонения на них достигли апогея, когда на престоле Святого Петра восседал Папа Иоанн XXII (1316–1334). Политику этого понтифика отражали слова его буллы, направленной против спиритуалов: «Бедность — вещь великая, но выше ее невинность, а выше всего — полное послушание». Папа предавал спиритуалов анафеме. Многие из них даже под пытками не согласились признать себя еретиками и были отправлены на костер.
Инквизиторам не приходилось проявлять изощренность ума на допросах, чтобы изобличить спиритуала. Подозреваемого в ереси спрашивали, готов ли он по приказу Папы Римского нарушить свои обеты нищеты и целомудрия — займет ли он доходную должность и женится ли, если на то будет воля апостольского престола. Каждый, кто не отвечал, что не может так поступить, отлучался от церкви и «отпускался на волю», то есть отдавался в руки светской власти для вынесения и исполнения смертного приговора.
Францисканец Бернар Делисье, один из значительных деятелей движения спиритуалов, осмелился совершенно открыто требовать упразднения инквизиции. Иоанн XXII в 1318 году вызвал Делисье и еще 65 представителей спиритуалов в Авиньон. Угрожая и запугивая всяческими карами непокорных монахов, понтифик заставил сорок человек из них отречься от своих воззрений. Однако сам Делисье и некоторые другие спиритуалы проявили твердость. Дело было передано инквизиции. Четверо нищенствующих братьев были отправлены на костер, другие были осуждены на пожизненное заключение.
Наибольшее усердие инквизиторы проявили в охоте за спиритуалами-фратичелли. Но недовольные существующими в церкви порядками продолжали организовывать общества, подобные братству нищенствующих монахов. Так, в XIII–XIV веках серьезную угрозу католицизму представляли гиллельмиты и дольчинисты (апостольские братья), развившие бурную деятельность на территории Италии.
Инквизиция серьезно взялась за истребление апостольских братьев. Поначалу основатель секты Герардо Сегарелли был осужден священным трибуналом на тюремное заключение, но после того, как инквизиторы поняли, что созданная им ересь очень живуча и трудно поддается искоренению, дело Сегарелли было пересмотрено. Еретика приговорили к сожжению на костре.
Инквизиторы окутали мифами казнь ересиарха, с тем чтобы представить проповедника апостольского образа жизни слугой дьявола. Согласно хронике церковного автора, осужденный, когда палачи разводили огонь, воззвал к демону Асмодею, после чего костер погас. Усилия инквизиторов долго были тщетными, поскольку демон защищал еретика. Некий находчивый инквизитор спас положение, принеся к месту казни гостию. Перед «телом Христа» Асмодей оказался бессилен, и палачам наконец удалось привести приговор в исполнение.
На самом деле казни Сегарелли сопутствовали народные волнения. Возмущенные горожане разгромили дворец инквизиции в Парме. Сожжением основателя еретического учения инквизиторы ничего не добились— апостольское братство возглавил Дольчино, ученик Сегарелли. Северные провинции Италии охватило крестьянское восстание. Папа Климент V в течение семи лет, с 1300 по 1307 год, организовал против дольчинистов три Крестовых похода.
23 марта 1307 года апостольские братья были разгромлены. Захваченные в плен, в том числе и руководитель движения Дольчино, были переданы в руки инквизиции. После долгих и изощренных пыток он и его ближайшие сподвижники Маргарита и Лонджино Каттанео были казнены. Маргариту сожгли на костре, Дольчино и Лонджино целый день возили по городу, по кусочку вырывая раскаленными клещами мясо из их тел.
Апостольские братья были уничтожены, но апостольские идеалы продолжали волновать души людей. Через несколько десятилетий после расправы над дольчинистами в Ассизе появилась секта Духа свободы. Особенно много ее последователей было среди францисканцев. Один из наиболее деятельных сектантов, Доменико Сава из Асколи, написал целый ряд богословских трактатов, излагавших и обосновывавших новое учение.
Доменико Сава был схвачен и брошен в застенки инквизиции. Пытками инквизиторы добились от него отречения от своих взглядов. Тем не менее Доменико не смог спастись; видя, что секта становится все сильнее инквизиторы в 1344 году обвинили его повторно и отправили на костер как еретика-рецидивиста. Все его сочинения также были преданы огню.
Особенно острая борьба официальной церкви с фратичелли происходила в годы «авиньонского пленения пап» (1309–1377), когда французский король Филипп IV добился того, что папская резиденция была перенесена во Францию, в Авиньон. В это время папская власть практически не распространялась за пределы Франции.