Фратичелли в это время представляли собой значительную силу. Им покровительствовал император Людовик Баварский, силой присвоивший себе корону. Император вел борьбу с Папой Иоанном XXII и опирался в этом на еретиков, остро критиковавших апостольский престол.
В противовес ересям, проповедовавшим апостольскую бедность, папа издал буллу, в которой утверждал, будто Христос и апостолы обладали имуществом. Император не остался в долгу и издал свой теологический опус, называемый Саксенгаузенским протестом. В этой прокламации Людовик отрицал утверждение, что апостолы владели собственностью, и обвинял понтифика в ереси.
По заказу императора искушенные теологи подробно и со ссылками на мнения крупнейших авторитетов церкви отстаивали позиции Людовика. Богослов Марсилио Падуанский доказывал, что судить или прощать властен лишь Бог, а папа не имеет такого права. Уильям Оккам нашел в словах и действиях понтифика 70 ошибок, которые можно было отнести к ереси.
На территориях, где папа сохранил свою власть — во Франции и Испании — фратичелли становились жертвами инквизиционных процессов. Николай Эймерик выдвинул специальную формулу, которую еретиков заставляли произносить при отречении: «Клянусь, что я верую в своей душе и совести и исповедую, что Иисус Христос и апостолы во время их земной жизни владели имуществом, которое приписывает им Священное Писание, и что они имели право это имущество отдавать, продавать и отчуждать». Тех, у кого язык не поворачивался сказать такое, ждал костер.
Иоанн XXII захватил антипапу Николая V, ставленника Людовика Баварского. Николай вынужден был принародно покаяться и отречься от своих еретических воззрений. Однако церковь еще долго искореняла движение фратичелли — борьба с ним продолжалась до конца XV века. Тем, кто остался верен апостольскому идеалу, в итоге было разрешено примкнуть к специально созданным орденам, в которых с соизволения папы можно было жить, соблюдая строгую аскезу. Условием существования нищенствующих орденов папский престол поставил полное подчинение их Римской курии. Дух свободы, изначально присутствовавший в движении бродячих нищенствующих монахов, усилиями инквизиции был уничтожен.
Инквизиция в действии
Инквизиторы занимали особое положение в системе Римско-католической церкви. Только Папа Римский имел право накладывать анафему на судей священного трибунала. Ни один церковный иерарх без разрешения понтифика не мог отстранить инквизитора от должности.
Папа Иннокентий IV постановил в 1245 году, что инквизиторы могут отпускать друг другу любые грехи, совершенные при исполнении служебных обязанностей. Таким образом, судьи оказались даже духовно освобождены от всякой власти.
Кроме этого, инквизиторы, в большинстве своем состоявшие в доминиканском или францисканском ордене, не должны были подчиняться своему непосредственному орденскому руководству. Любой из них мог при желании лично явиться в Рим с докладом самому понтифику.
По своей власти и влиянию инквизиторы стояли даже выше епископов. Тем не менее, епископская должность считалась более почетной. Папа обращался к епископу «брат мой», а к представителю священного трибунала — «сын мой». Работа инквизитора была достаточно опасной, особенно в период становления священных трибуналов, когда случалось, что друзья и родственники жертв судилищ учиняли расправы над судьями-палачами. Более того, епископский пост был пожизненной синекурой, тогда как инквизиторы занимали свои посты временно и обычно сменялись вместе со сменой понтифика. Это положение усугублялось тем, что папы восходили на апостольский престол, как правило, уже в солидном возрасте, а потому менялись достаточно часто. Все перечисленное вело к тому что инквизиторы, несмотря на огромную власть и возможности быстрого обогащения, считали свой пост всего лишь ступенькой карьерной лестницы, и большинство из них стремилось получить в итоге епископский сан.
Епископы тесно взаимодействовали с инквизицией. Необходимой формальностью инквизиционных процессов была санкция епископа на проведение следственных действий, а также его присутствие на допросах, пытках и при вынесении приговора.
Руководство монашеского ордена в случае необходимости назначало помощников инквизиторов. Заведовавший определенным округом инквизитор мог направлять уполномоченных в города и селения, находившиеся на его территории. Эти уполномоченные — викарии или комиссарии — наблюдали за подозрительными элементами, также они имели право производить аресты, допросы с применением пыток, могли и выносить приговоры.