С XIV века в состав инквизиционного суда, стали входить так называемые квалификаторы — эксперты по юридическим вопросам. Ими назначались обычно служители церкви. Задачей этих правоведов являлось приведение приговоров инквизиции в соответствие с действующим законодательством.
Квалификаторы не имели возможности подробно изучить материалы дела. Они получали бумаги, в которых суть дела была изложена в краткой форме, нередко без указания имен обвиняемого и свидетелей. Эксперты должны были определить, не зная всей подоплеки событий, насколько приписываемые обвиняемому деяния и высказывания являются еретическими, и отнести его к той или иной категории еретиков.
По сути, квалификаторы полностью зависели от инквизитора, они находились на жалованье священного трибунала, нередко входили в те же монашеские ордена, откуда назначались инквизиторы. Практически получалось так, что квалификатор давал то заключение, которое было угодно судье.
Всегда находились люди, осмеливавшиеся обвинять инквизиторов в фальсификации и злоупотреблениях. Чтобы пресечь нападки на священный трибунал, Римская курия ввела в суды новые штатные единицы: нотариусов и понятых. Однако, как и все другие меры, это нововведение создавало только видимость благопристойности и законности. Нотариус, как и квалификатор, состоял на жалованье у инквизитора, а понятые обычно назначались из доминиканцев. В задачи понятых и нотариуса входило заверение показаний свидетелей и обвиняемых.
Нотариусы и понятые, как и прочие сотрудники и помощники священного трибунала, под страхом суровых наказаний обязывались хранить в тайне все происходящее на судилищах. Таким образом, они вынуждены были подписывать любые предложенные им бумаги.
В состав инквизиционного суда входили также врач, палач и прокурор. Последний являлся обычно монахом одного из двух инквизиционных орденов. В его задачу входило состряпать обвинение из путаных показаний свидетелей и туманных подозрений доносчиков. Палач проводил пытки и казнил виновных, а врач следил, чтобы в ходе допроса обвиняемый не умер раньше времени от чрезмерного усердия палача.
Помимо непосредственных участников священного трибунала, в Штат инквизиции входили также многочисленные «родственники» — это была целая сеть тайных осведомителей, помощников, обслуживающего персонала и тюремщиков. Среди «родственников» были особые люди, чьим занятием было уговаривать упорствующих еретиков перед казнью отречься от своих взглядов, покаяться и примириться с церковью.
Подобно прочим служащим инквизиции, «родственники» стояли над законом, их нельзя было привлечь к ответственности за преступления. Любое противодействие или даже оскорбление инквизиторов или их многочисленных помощников трактовалось как попытка помешать священному делу борьбы с ересями и влекло за собой соответствующие наказания. И инквизиторы, и «родственники» могли позволить себе творить любые беззакония и охотно использовали эту возможность.
Священному трибуналу должны были подчиняться все светские и духовные власти, а всякий, кто осмеливался не подчиниться, рисковал быть обвиненным в противодействии работе инквизиции, за что его ждала смертная казнь.
В первой половине XIII века далеко не во всех городах существовал свой трибунал. В связи с этим в период первой инквизиции следователям и судьям приходилось самим ездить в селения для «устранения ереси» в народных массах. Прибыв на место назначения, стражи религиозного порядка вместе с комендантом города собирали местных жителей на одном из праздничных богослужений. Именно в храме горожанам объявлялось о необходимости раскрытия ереси.
Согласно требованиям инквизитора, все приверженцы ортодоксальной католической церкви должны были раскрыть имена известных им еретиков. Самим же «неверным» предоставлялась возможность в течение месяца явиться с повинной. В этом случае наказание могло быть несколько смягчено. Период времени, даваемый на размышления, объявлялся «отсрочкой милосердия».
С момента приезда в город инквизиции жители его полностью преображались. В души людей вселялся страх. Горожане переставали общаться друг с другом, а если и слышались редкие уличные разговоры, то темы их были исключительно праведные. В этот период каждый мог оказаться виновным и быть объявлен еретиком.