Стремясь полностью очистить страну от ереси, инквизиторы пошли на хитрость, издав «грамоту милосердия», согласно которой к тем марранам, кто добровольно сдастся судьям, будут применены самые незначительные меры наказания. Легковерных ожидали тюремные камеры и новые обещания — если они предадут в руки инквизиции всех известных им еретиков, то увидят свободу. Однако в большинстве случаев и тех, кто сдался добровольно, и пойманных по навету ожидал костер.
Испанская инквизиция быстро набирала обороты. В первые полгода работы севильского трибунала было сожжено 298 марранов, еще 79 человек осуждено на пожизненное заключение.
Для массовых сожжений был возведен специальный каменный эшафот — квемадеро. Ею верхнюю площадку украшали большие статуи четырех библейских пророков, но они служили не только для украшения. Внутри статуй была пустота, в которую помещали осужденных. По некоторым сведениям, сжигаемых также привязывали снаружи изваяний. После этого разводили костер. Человек, щедро пожертвовавший средства для украшения квемадеро, сам оказался марраном и был сожжен.
Жалобы на жестокость инквизиторов посыпались в папскую канцелярию. Сикст IV даже вынужден был рекомендовать Фердинанду и Изабелле сместить судей Морильо и Сан-Мартина. Недовольство Апостольского престола вызывало прежде всего то, что вторая инквизиция стала слишком независимой. Но поскольку испанская корона была единственной достаточно могущественной силой в Европе, оказывавшей в это время поддержку папству, а инквизиция поддерживала испанскую корону понтифик в свою очередь должен был закрыть глаза на бесчинства испанской инквизиции.
2 августа 1483 года Торквемада был назначен Великим инквизитором Кастилии с правом самому ставить и смещать судей. 17 октября власть Великого инквизитора была распространена и на Арагон, а также на Каталонию и Валенсию, то есть высший судья Супремы получил возможность карать и миловать на территории практически всей Испании.
В 1481 году в Севилье генеральная хунта инквизиторов под руководством Торквемады разработала инструкцию из 28 пунктов, ставшую законом испанской инквизиции. Впоследствии этот кодекс неоднократно дополнялся новыми статьями. Первые три пункта инструкции содержали положения об устройстве инквизиции, устанавливали «отсрочку милосердия» для тех, кто хочет сознаться. Следующие девятнадцать пунктов охватывали все этапы инквизиционного процесса, а последние шесть устанавливали иерархию инквизиторов.
Сознавшийся в течение указанного срока мог быть помилован, но только в том случае, если называл других еретиков. Обращенный еретик не имел права носить золото, серебро и драгоценности, а также одежду из шелковых тканей. Он не мог занимать никакую должность.
Если еретик упорствовал, иными словами, если он не хотел сознаваться в преступлениях, чаще всего вымышленных, и признавал вину после истечения положенного срока, то его следовало заточить в темницу на всю жизнь. Если инквизиторы считали, что еретик сознался не полностью, то его передавали в распоряжение светской власти, что означало костер.
Отрицавший свою вину, но вынужденный признаться под пытками, считался уличенным, что также означало для него костер. К той же категории относили тех, кто не являлся на суд по приглашению инквизиторов.
Данный кодекс не предусматривал никакого срока проведения следственных действий, то есть попавший в лапы инквизиции мог находиться в предварительном заключении многие годы, а то и десятилетия.
Дела, рассматриваемые инквизицией, не имели и срока давности. Двадцатый параграф инструкции предусматривал суд над умершими, если существовали какие-либо свидетельства их еретических воззрений. Их останки эксгумировали, судили и предавали огню. Имущество наследников осужденных после смерти подлежало конфискации. Хотя 22 пункт инструкции предусматривал выделение из конфискованного имущества пособия детям осужденных, этот параграф никто не исполнял.
Инквизиционный трибунал был последней инстанцией, решавшей судьбу еретиков, его приговоры обжалованию не подлежали. Инквизиторы подчинялись только Супреме, не отчитываясь в своих действиях больше ни перед кем.
Согласно кодексу Торквемады, было создано 17 местных, постоянно действующих трибуналов, в то же время предусматривалась возможность в случае необходимости создавать чрезвычайные трибуналы на местах на сколь угодно долгий срок.