В структуру инквизиции, согласно кодексу Торквемады, включались фискалы и так называемые родственники (familiares). Это были миряне, сотрудничавшие с инквизицией в качестве доносчиков, осведомителей и помощников на аутодафе. Это были люди, чьи показания приводили других людей на костер, они же помогали этот костер разводить. Часто они сами являлись бывшими жертвами священного трибунала. По подсчетам исследователей, общее число фискалов в Испании составляло около 15 тысяч человек.
Доносительство угодно Богу — эта мысль активно пропагандировалась проповедниками. Занятию этим богоугодным делом нередко способствовал страх. Те, кто чувствовал, что попали под подозрение, спешили донести на кого-либо другого, чтобы самим не оказаться в темнице. Основанием для доноса, а затем для ареста и пыток могло быть самое незначительное деяние: неосторожно брошенное слово, жест, взгляд. Так, некто однажды донес, что одна женщина загадочно улыбнулась, когда при ней была упомянута дева Мария, что дает основание подозревать ее в сомнениях в непорочности Богородицы.
Власти редко выступали против инквизиционных законов, поскольку третья часть конфискованного имущества и штрафов поступала в королевскую казну (еще треть шла в казну инквизиции, и треть — в церковную казну). Кодекс Торквемады предусматривал также преследование любого облеченного властью лица, оказывавшего покровительство еретикам, а всякое противодействие инквизиции могло быть представлено именно так.
Все же противодействие инквизиции имело место. Так, арагонские кортесы не желали принимать инквизиционные законы, поскольку по местным обычаям, конфискация имущества была недопустима. Но, несмотря на все жалобы, инквизиторы продолжали действовать по своему усмотрению.
В среде марранов созрел заговор против инквизиции. Им руководил дворянин Жан Делабадия. Все новые христиане должны были вносить деньги на дело заговорщиков.
Своей первой целью убийцы выбрали инквизитора Педро Арбуэса. Шесть заговорщиков долго искали случая уничтожить его, но информация о заговоре стала известна инквизиции, и Арбуэс был осторожен. Он не выходил из дома без стального панциря под одеждой и шлема под шапкой.
13 октября 1485 года инквизитор все же попался заговорщикам. Он молился поздним вечером в церкви, когда на него напали убийцы. Один из них, Жан Десперендео, ударил Арбуэса саблей, но панцирь спас инквизитора. Следующий удар нанес Делабадия, пронзив врагу шею ножом. Через два дня доминиканец умер от раны.
Инквизиция сумела воспользоваться покушением на Педро Арбуэса с максимальной выгодой для себя. Кроме виновных в убийстве, в застенки были заточены все так или иначе причастные к оппозиции, все неугодные священному трибуналу.
Убийц повесили, предварительно отрубив им руки.
После этого мертвые тела протащили по улицам Сарагосы, затем расчленили и разложили на площадях. Жан Делабадия покончил с собой, не дожидаясь казни, но это не избавило его от общей участи, те же кары постигли его мертвое тело.
Не только в Сарагосе, но и в других городах происходили судебные процессы и казни. Несмотря на все репрессии, потребовалось не менее двух лет, чтобы унять народные волнения.
Инквизитор Арбуэс был похоронен с большой помпой, а в 1664 году причислен к лику святых. Испанские инквизиторы считали его своим покровителем, а также, непонятно на каких основаниях, приписывали ему целительную силу, способную спасти от чумы.
Жертвами испанской инквизиции становились прежде всего марраны. Истинным мотивом их преследования являлось стремление завладеть их имуществом. Важным фактором происшедшего послужила и ненависть к иудеям, разжигаемая церковью за то, что они не признали Христа и обрекли его на муки на Кресте. В каждом марране видели нераскаявшегося иудея, продолжавшего втайне от окружающих исповедовать религию предков.
Другой категорией населения, сильно пострадавшей от Супремы, были мориски — христианизированные мавры, ранее исповедовавшие мусульманство. Мотивы корысти здесь играли не такую важную роль, так как мориски были в основном бедными ремесленниками и крестьянами, и взять с них было нечего. Но, истребляя мавров, инквизиция подрывала могущество испанских грандов, на полях которых эти мавры трудились, способствуя тем самым укреплению абсолютизма. Кроме этого, испанцы, пережившие длительную кровавую войну с маврами, продолжали питать ненависть к бывшим врагам.