31 марта 1492 года по иудеям Испании был нанесен новый удар. Королевским указом им предписывалось в три месяца принять христианство или же покинуть пределы страны. Все имущество уезжающих подлежало конфискации.
Согласно некоторым подсчетам, в католичество перешло примерно 50 тысяч иудеев, а оставило страну от 100 до 800 тысяч человек.
Новые христиане ясно поняли, что преследования на этом не закончатся. Обладавшие состояниями готовы были заплатить любые деньги, чтобы получить от папы охранную грамоту, оградившую бы их от террора. Но даже получившие заветный документ не смогли себя обезопасить. Нередко случалось так, что папа по требованию испанской короны отменял решение, вынесенное судом Римской курии в пользу нового христианина. При этом заплаченные за грамоту деньги не возвращались, а несчастный вновь попадал в лапы инквизиции.
Если Сикст IV еще старался время от времени изобразить возмущение произволом испанской инквизиции, то его преемник Александр VI Борджиа, выходец из Испании, отказался принимать жалобы на инквизиторов.
Супрема стремилась не допустить ассимиляции мавров и иудеев, чтобы они не смогли скрыться от преследования, смешавшись с испанцами. Был введен особый документ — сертификат «чистоты крови», требовавшийся в любом деле, когда человек сталкивался с властями. Без этого удостоверения никто не мог получить какую-либо должность или звание, вступить в монашеский орден, поступить в университет, пересечь границу.
Орден иезуитов был единственным, куда принимали марранов, однако под давлением властей в 1608 году в его устав была внесена поправка, что в орден могут вступить только новые христиане в пятом поколении.
В XVII веке процедура выдачи сертификата «чистоты крови» была упрощена. В это время перестали использовать «Зеленую книгу Арагона» — перечень родов новых христиан, по которому ранее могли отказать в выдаче сертификата. Тем не менее такие удостоверения продолжали использовать вплоть до 1865 года.
В 1492 году испанцы отвоевали Гранаду у мавров. Изабелла и Фердинанд обещали полное уравнение в правах мавров с испанцами, обещали также, что местным жителям будет разрешено исповедовать ислам. Обещание не было выполнено.
Эрнандо де Талавера, первый архиепископ Гранады, попал в застенки святой инквизиции за то, что не слишком усердно обращал мавров в католическую веру. В 1499 году кардинал Сиснерос, занявший должность Торквемады после его смерти, принялся активно христианизировать захваченную территорию. Главная мечеть мусульман была переделана в католическую церковь. Все найденные книги на арабском были брошены в костер.
На острове вспыхнуло восстание, но оно было потоплено в крови. Кардинал поставил условие маврам: или они принимают христианство, или покидают территорию Испании, заплатив выкуп и бросив все свое имущество. Некоторые сделали первое, другие избрали второй вариант, но часть мавров продолжила борьбу. Волнения были полностью подавлены только в 1501 году. К этому времени все оставшиеся в Гранаде мавры были насильственно обращены в католичество.
Через год после этих событий король приказал всем оставшимся на территории Испании маврам-мусульманам (мудехарам) креститься или уезжать из страны. Однако желающим покинуть страну чинили всевозможные препятствия. Среди оставшихся в государстве мусульман уже практически не было богатых людей; в основном мавры занимались ремеслом и возделыванием земли. Гораздо выгоднее было лишить их всех гражданских прав, чем выдворять из страны. Указ короля Карла V, изданный в 1525 году, продолжил эту политическую линию. Согласно данному закону, ислам в Испании позволялось исповедовать только рабам.
Христианизированные мусульмане — мориски — оставались, по существу, бесправными и постоянно подвергались опасности попасть под суд инквизиции. Маврам запрещалось говорить по-арабски, носить традиционную арабскую одежду, зваться родными арабскими именами. Любое нарушение, настоящее или выдуманное, влекло обвинение в том, что они втайне продолжают исповедовать ислам.
В Гранаде в 1568 году вновь началось восстание мавров, продолжавшееся в течение двух лет.
В Арагоне среди грандов нашлись недовольные преследованиями морисков. Бывшие мусульмане обрабатывали их земли, и гранды не приветствовали террор над своими работниками. В 1571 году знатные сеньоры заключили с инквизицией конкордат (соглашение), договорившись, что работающие на них мориски должны платить ежегодный налог размером в 2500 дукатов. За это инквизиторы, в случае привлечения морисков к ответственности обязывались не применять наказания строже штрафа в 10 дукатов и отказаться от конфискации их собственности.