Инквизиция, как обычно, нарушила данные обязательства. После заключения конкордата продолжались расправы над морисками. Их заключали в тюрьмы, пороли розгами, определяли гребцами на галеры.
Со временем испанские власти все же решили изгнать мавров из страны, отняв у них всю собственность. За 1609–1614 годы из 300 тысяч живших в Испании морисков 275 тысяч были изгнаны с территории государства.
Испанцы боялись, что мориски в случае войны будут поддерживать своих единоверцев — турок и марокканцев, и поэтому не доверяли этой категории населения. Все же их изгнание из страны принесло больше убытков, чем выгоды. Именно на маврах держалось сельское хозяйство Испании. Пострадали и ремесла. Архиепископ Ривера, неожиданно осознав значение происшедшего, вопрошал: «Кто же теперь будет шить нам башмаки?» Инквизиторы, хоть и не остались без работы, оказались серьезно озадачены поисками новых жертв, чтобы и дальше пополнять свою и королевскую казну.
Новые жертвы не заставили себя ждать. Инквизиторы огляделись вокруг и увидели, что влиянию дьявола подвержены не только бывшие «неверные», насильственно обращенные в христианство, и не только представители простого народа могут впадать в заблуждение. Среда богословов, мыслителей, писателей и прочих творческих личностей при ближайшем рассмотрении могла оказаться рассадником всяческих ересей.
Инквизиторы смело обратили свои взоры на самый верх, выискивая опасные элементы даже в королевском дворе. Вкусив всевластия и безнаказанности, они не останавливались ни перед чем, и сильные мира сего уже не могли чувствовать себя в безопасности. Даже истинные и глубоко верующие католики могли быть обвинены в ереси. Представители духовенства также оказывались вдруг пособниками дьявола и еретиками.
Так, в 1558 году толедский архиепископ Бартоломе де Карранса издал свой труд «Комментарий на христианский катехизис». Папа Римский на Тридентском соборе подтвердил ортодоксальность этого трактата, но инквизиция и здесь нашла ересь. Архиепископ был арестован.
Римская курия долгие годы требовала выдачи Каррансы, так как считала, что суд над епископами не может вершить никто, кроме высшей церковной власти. Из донесения папского легата, посланного в Испанию в 1565 году, следует, что «никто не решается выступить в защиту Каррансы из-за боязни инквизиции. Ни один испанец не отважился бы оправдать архиепископа, даже если бы верил в его невиновность… Самые страстные защитники справедливости здесь считают, что лучше осудить невинного человека, чем страдала бы инквизиция».
Архиепископ провел семь лет в инквизиционной тюрьме, и был выдан, только когда Пий IV согласился признать его виновным. Следующие девять лет Карранса провел в заточении в крепости Святого Ангела. Рим признал книгу архиепископа еретической, после чего архиепископ вынужден был отречься от своих взглядов. В возрасте 73 лет неудачливый богослов был сослан в монастырь, где вскоре скончался.
С начала XVI века инквизиция в Испании считала своим долгом уничтожать любое проявление свободной мысли, по всей Европе подтачивавшей ветхое здание католицизма. В это время испанский мыслитель Хуан Луис Вивес писал Эразму Роттердамскому: «Мы живем в столь тяжелые времена, когда опасно и говорить, и молчать».
Преследование инакомыслия не могло эффективно осуществляться без уничтожения содержащих запрещенные мысли книг. С 1526 года была введена цензура, а с 1546 года испанской инквизицией стал издаваться Индекс запрещенных книг. Он был более подробным, чем соответствующее издание Римской курии.
Под запрет автоматически попадали все труды признанных ересиархов (создателей и крупнейших проповедников еретических учений), переводы библейских текстов на национальные языки, молитвенники на всех языках, кроме латыни, магические книги, любые сочинения, защищавшие мавров и евреев, все трактаты гуманистов.
После каждого нового издания Индекса агенты инквизиции тщательно проверяли все библиотеки, как публичные, так и частные, причем исключение не составляли даже книжные собрания, принадлежавшие людям, стоявшим у самых вершин власти. В поисках запрещенных книг просматривали даже королевскую библиотеку.
Инквизиторы тщательно проверяли все книги, привозимые из-за границы, а внутри страны книгопечатание строго контролировалось. Лица, виновные в издании книг в обход цензуры, карались смертной казнью с конфискацией имущества.