Инквизиция в Испании стала прекрасным орудием расправы с политическими противниками короны. Этот вид ее деятельности не имел никакого отношения к изначальной функции священного трибунала — искоренению ересей. Но инквизиционное судопроизводство было устроено так, что обвинение в преступлении против веры было легко состряпать, поскольку уже стало обычной практикой то, что подозрение или навет являются доказательствами вины.
Ярким примером использования инквизиции в политических целях был инцидент в столице Арагона Сарагосе в 1591 году. Антонио Перес, бывший министром и секретарем короля Фридриха II, но попавший в опалу, бежал в Сарагосу. По приказу короля инквизиция начала преследовать беглого министра.
Для Переса было сочинено обвинение в ереси. Инквизиторы заявили, что он впал в ересь, считая, что Бог обладает телом. Основанием для такого обвинения послужило то, что преследуемый будто бы упоминал в разговоре о «божьем носе».
Арагонцы не соглашались выдать укрывшегося у них Переса, но все же он был схвачен агентами инквизиции. Тогда местные жители подняли восстание, в ходе которого был убит правитель Сарагосы маркиз де Альменора. Бунтовщики требовали перевода бывшего министра из инквизиционной тюрьмы в обычную городскую.
Против восставших были брошены кастильские войска. Инквизиция получила приказ уничтожить Переса, а также Хуана де Луна, верховного судью Арагона и других лиц, оказавших покровительство личному врагу короля. Пересу удалось бежать за границу, но остальные были казнены. Беглеца же казнили заочно, бросив в огонь его портрет.
Испанская корона видела в инквизиции прочный оплот королевской власти, именно поэтому Филипп II заявлял: «Двадцать служащих инквизиции держат мое королевство в покое».
Инквизиция послужила также замечательным орудием борьбы с освободительным движением на захваченных территориях. Так, в Нидерландах все боровшиеся за независимость почему то считались еретиками и на этом основании подпадали под безжалостную юрисдикцию священного трибунала. 25 сентября 1550 года Торквемада издал «кровавый указ» о преследовании еретиков в Нидерландах. Этот документ предписывал наказывать провинившихся на данной территории с максимальной строгостью.
Согласно вышеназванному указу, к еретику-мужчине применялась казнь мечом, женщину живьем закапывали в землю. Такая участь ждала тех, кто не упорствовал в своей ереси, для непреклонных наказание было одно — костер.
Указ строго запрещал судьям каким бы то ни было способом смягчать наказание, запрещены были также всякие просьбы о помиловании. В итоге в Нидерландах были казнены десятки тысяч борцов за независимость.
В XVIII веке испанская инквизиция была значительно ослаблена, но все еще продолжала представлять собой грозную силу. В это время в Испании был запрещен орден иезуитов, но инквизиция продолжала существовать. Главной функцией священного трибунала стало подавление всяких новых веяний, проникавших в страну из других государств. Хотя костры зажигали не так часто, как прежде, обвиненные в ереси все еще могли, пройдя все круги ада в застенках, превратиться затем в груду пепла.
Когда французские войска вторглись в Испанию, Супрема с целью самосохранения выступила в поддержку завоевателей. Антифранцузское восстание 1808 года было осуждено инквизицией, но оказалось, что захватчики предпочитали обходиться своими силами, не прибегая к местному аппарату террора. Взяв Мадрид, Наполеон I упразднил инквизицию и конфисковал ее имущество.
После восстановления монархии испанский король Фердинанд VII восстановил в 1814 году также и инквизицию. В последние десятилетия своего существования священный трибунал продолжал вершить «правосудие» в Испании и казнить «виновных». Трибуналы только сменили вывеску, в это время они назывались хунтами по делам веры. Однако от изменения названия методы этих судилищ не стали более гуманными.
Хунты провели два последних аутодафе в истории испанской инквизиции. Первая расправа произошла 7 марта 1826 года. Жертвой палачей был масон Антонио Каро, отлученный от католической церкви. Его повесили, после чего тело четвертовали.
Второе и последнее аутодафе было проведено над школьным учителем Каэтано Риполем 26 июля того же года. Он был участником освободительной войны испанцев против французов. В ходе военных действий он попал в плен, где и находился вплоть до свержения Наполеона. По возвращении в Испанию Риполь открыл свою школу.