В 1523 году Мюнцер был назначен священником в Альштедт. С каждым днем его проповеди завоевывали все большую популярность у местных крестьян и ремесленников. Проповедник призывал их к вооруженной борьбе, обличая изъяны церкви. Вскоре от слов священник перешел к делу и начал собирать вокруг себя сторонников. Он организовал «Союз избранных», в который первоначально вошли всего несколько десятков человек, но через 2–3 месяца количество членов созданной организации достигло пятисот. В Альштедте Мюнцер начал работу над трактатом «Разоблачение ложной веры», в котором излагались его основные взгляды на религию.
Томас Мюнцер.
В 1524 году, вдохновленные горячими призывами нового проповедника, несколько крестьян снесли часовню, находившуюся недалеко от города. Это показало властям, что сторонники Мюнцера готовы отстаивать его идеи с оружием в руках.
Мюнцер не ограничивал свою деятельность пределами Альштедта. По всей Германии у него находились последователи, все более частыми становились выступления крестьян против церкви и князей. В конце концов власти Альштедта вынуждены были изгнать проповедника. Лютер, который прежде поддерживал его, теперь стал на сторону князей и всеми силами препятствовал деятельности Мюнцера.
Изгнанный из Альштедта, Мюнцер отправился в Мюльхаузен, где продолжал призывать местных жителей к вооруженной борьбе. Из-за препятствий, чинимых властями, он был вынужден покинуть и этот город. Затем проповедник направился в Шварцвальд, где происходили постоянные выступления крестьян. Идеи Мюнцера оказали большое влияние на восставших крестьян Шварцвальда.
Мюнцер обращался с воззваниями не только к крестьянам. Он пытался привлечь на свою сторону и князей, обещая сохранить часть их имущества, которое будет конфисковано во время восстания. Но аристократии подобные речи были чужды, так как никто из князей не собирался становиться на сторону крестьян. Понимая, что можно надеяться только на беднейшие слои населения, Мюнцер приложил значительные усилия к расширению «Союза избранных». Отделения «Союза» распространились по всей Германии.
Поводом к началу Крестьянской войны стали новые налоги и подати, введенные на юге Германии, в Штюлингене, где положение крестьян было и без того тяжелым из-за неурожаев. В ответ на введение новых поборов в Штюлингене начались беспорядки. Поначалу требования восставших были исключительно экономическими, но вскоре они дополнились призывами к разгрому монастырей и свержению князей. Крестьянское движение с каждым днем расширялось и набирало силу. Попытки властей договориться с восставшими окончились неудачей. Вскоре к восстанию стали присоединяться и соседние области. Осенью 1524 года Томас Мюнцер приехал в район, охваченный восстанием, и стал активно проповедовать среди крестьян, убеждая их не верить обещаниям властей и не прекращать борьбы.
Проповедник при участии ближайших сторонников разработал программу борьбы, называвшуюся «Статейным письмом», которой должны были придерживаться все восставшие области. Требования крестьян вошли в состав программы «12 статей».
В начале 1525 года восстанием была охвачена почти вся Южная Германия. Томас Мюнцер во время крестьянской войны активно действовал, призывая крестьян не останавливаться на достигнутом. Во многом благодаря деятельности Мюнцера крестьяне Средней Германии тоже присоединились к восставшим. Мартин Лютер действовал совершенно противоположно. Он заключил союз с германской аристократией и пытался повлиять на восставших. В 1525 году Мюнцер обосновался в Мюльхаузене и взял на себя руководство крестьянским движением. В Мюльхаузене по инициативе Мюнцера вместо городского магистрата стал править Вечный совет, которому горожане поклялись в верности. Мюнцер стремился закрепить успехи, которых крестьяне добились в Тюрингии, и двинул крестьянскую армию к Франкенхаузену, надеясь вступить в сражение с войсками князей и добиться успеха.
Однако битва закончилась полным поражением крестьянского войска. Мюльхаузен, оплот восстания, сдался победителям, а Мюнцер был казнен.
После смерти Мюнцера и разгрома крестьянской армии при Франкенхаузене народные выступления еще продолжались, но князья сумели организовать им достойное сопротивление. Война завершилась победой германской аристократии.
Хотя к 1526 году крестьянское движение было разгромлено, Реформация продолжалась под руководством князей, сторонников учения Лютера. Они не стремились к радикальному переустройству церкви, и поэтому не все требования богослова выполнялись точно. Однако секуляризацию церковных земель князья-лютеране стали производить в первую очередь, чем вызвали возмущение императора Карла V, ревностного католика. В 1529 году Карл V потребовал прекратить секуляризацию. В ответ на это князья заявили протест, из-за чего их стали называть протестантами. Впоследствии название «протестанты» приобрело более широкое значение — так стали называть всех, кто не желал подчиняться Папе Римскому и католической церкви.