Большие разногласия на Тридентском соборе вызывал вопрос о епископах, которые требовали признать епископский сан Божественным. Это было неприемлемо для папы, но ему пришлось пойти на некоторые уступки, приняв постановление о законности епископской власти.
На Тридентском соборе были приняты не только решения, сохраняющие неизменными католические догматы, но и постановления о проведении некоторых реформ: в частности, монашеские ордена требовалось реорганизовать, для того чтобы они имели возможность наилучшим образом противостоять Реформации.
Чтобы поведение католических священников не вызывало недовольства прихожан, Тридентский собор издал постановление, регулирующее обязанности духовенства: для согласованного сопротивления реформам следовало проводить съезды духовенства в епархии один раз в год, а в провинции — один раз в три года; в каждом церковном округе надлежало организовать семинарии, чтобы готовить новые кадры священнослужителей; строго запрещалось продавать церковные должности, брать взятки и совмещать несколько должностей.
Решения Тридентского собора стали идеологической основой Контрреформации. В 1563 году собор принял несколько постановлений: о папском авторитете, согласно которому Папа Римский по-прежнему имел преимущество перед церковными соборами; постановление о канонических книгах, которое объявляло произведения пап равнозначными книгам Ветхого и Нового Заветов. Протестантское учение было признано еретическим, а для его искоренения введена цензура.
Одним из итогов деятельности Тридентского собора стало появление первого «Индекса запрещенных книг». Общее одобрение вызвала долгожданная отмена индульгенций, утвержденная собором.
В 1564 году по решению Папы Пия IV все постановления собора вступили в законную силу при условии, что папа будет иметь право интерпретировать их по собственному усмотрению.
Вопреки ожиданиям протестантов католики не пошли на сближение с ними. На Тридентском соборе окончательно оформились основные направления Контрреформации. Постановления собора стали программой противников реформ.
Италия к XVI веку находилась в состоянии феодальной раздробленности. Мелкие итальянские княжества вели постоянные войны между собой. Небольшая часть Италии, которая являлась владением католической церкви, в VIII веке стала своеобразным церковным государством, называемым Папской областью. Папа здесь выполнял роль не только церковного руководителя, но и светского монарха. Жители Папской области находились в самом тяжелом положении по сравнению с населением других княжеств. Папы для своих бесконечных войн все время нуждались в деньгах, поэтому налоги постоянно росли; простой народ вынужден был участвовать в вооруженных конфликтах. Во время Реформации европейские государства уменьшили или полностью прекратили выплаты в папскую казну, из-за чего населению Папской области пришлось нести еще больше повинностей.
Контрреформация в первую очередь коснулась итальянских княжеств. Инквизиция развернула свою деятельность по всей Италии, исключая Венецию. Каждый, кого коснулось подозрение в причастности к «лютеровской ереси», должен был предстать перед судом инквизиции. Сторонники Кальвина и Лютера в панике бежали из итальянских государств в Швейцарию, Нидерланды и даже в Польшу.
В Италии было основано огромное количество школ, где преподавали иезуиты; в Риме даже организовали коллегию, в которой готовили молодых людей для вступления в «Общество Иисуса».
Все издаваемые книги предварительно проходили строжайший контроль цензуры. Произведения ученых и гуманистов сжигали на кострах; авторов этих произведений часто постигала та же участь. Из-за того что лучшие представители итальянской интеллигенции были казнены, культура Италии пришла в упадок, широко распространились всевозможные суеверия, огромное число людей стало увлекаться псевдонауками — алхимией, магией и астрологией.