Следующий после Иннокентия Папа Гонорий III поначалу не имел разногласий с Фридрихом, но впоследствии их отношения обострились. Император отказался отправиться в пропагандировавшийся церковью Крестовый поход.
В 1227 году папой стал Григорий IX, считавший Крестовые походы делом первостепенной важности. Фридрих продолжал уклоняться от участия в крестоносном движении, его больше интересовала европейская политика. За это он был отлучен от церкви. Еще больше папу разгневало то, что император, будучи преданным анафеме, возглавил войско крестоносцев. Более того, отлученный император совершил вообще немыслимое: он не стал воевать с неверными, а занял Иерусалим в результате мирных переговоров. Хотя папа был крайне недоволен, успех Фридриха был очевиден и император получил корону Иерусалимского королевства.
Ожесточенная борьба императора с папством продолжалась и после смерти Григория IX. Иннокентий IV даже объявил Крестовый поход против Фридриха. Император написал заметки, предостерегающие против чрезмерного усиления церковной власти, но в то время такие идеи не нашли должного отклика.
Фридрих потерпел поражение в своей борьбе с папством потому, что оттолкнул от себя возможных союзников. Император преследовал еретиков, которые в противном случае могли бы оказать ему поддержку, пытался установить свою власть над свободными городами, в результате чего они оказывались вынужденными действовать заодно с папой.
Недовольство духовенством и папством возрастало, что приводило к появлению различных еретических сект. Огромное влияние приобрели катары или альбигойцы, завоевавшие наиболее прочные позиции на юге Франции. Учение катаров зародилось в Азии и проникло в Европу через Балканы.
Распространению альбигойской ереси способствовало разочарование в крестоносном движении, но еще больше — возмущение безнравственностью и алчностью служителей церкви. Сама церковь была раздираема распрями между нищенствующими монашескими орденами и орденами старого типа (подробнее об этом будет рассказано в третьей главе), причем и те и другие успели к тому времени лишиться ореола святости.
Все книги катаров сгорели в кострах инквизиции, поэтому невозможно точно восстановить проповедовавшееся ими учение. По косвенным данным можно заключить, что альбигойцы, как и гностики, считали ветхозаветного Иегову отрицательным Богом, единственная заслуга которого была в сотворении мира. Истинным Богом, по мнению катаров, был Бог Нового Завета. Материя в их учении считалась порождением зла. Кроме того, они отрицали догмат о воскрешении тел в Судный день.
Движение альбигойцев было потоплено в крови, но кризис католицизма остановить было уже невозможно. Папы, также ценой пролитой крови, доказали превосходство своей власти над императорской, но у них появились новые сильные противники в лице монархов Англии и Франции. В XIV веке понтифик часто оказывался марионеткой французского короля.
Против папства выступали также города, бывшие цитаделями свободомыслия. В сильных и богатых итальянских городах появились первые зачатки Возрождения. Торговый люд богател, в среде мирян появлялось все больше образованных людей, сведущих в праве, медицине и прочих науках, что раньше являлось монополией монашества и духовенства.
Политика папства, направленная на увеличение доходов Римской курии всеми возможными способами, не могла удовлетворять торговые города и монархов, научившихся видеть собственную выгоду. К тому же официальная церковь вызывала нарекания со стороны истинно религиозных и благочестивых людей. Лишенная морального авторитета, католическая церковь представлялась многим фискальным органом, на не слишком законных основаниях запускающим руку в казну европейских государств.
В XIV веке папство оказалось фактически зависимым от французских монархов. Франция свободно диктовала церкви свои условия. Ярким примером этому может служить дело тамплиеров, когда по требованию короля Филиппа Красивого инквизиция сфабриковала обвинения против храмовников. Папа полностью поддержал расправу над орденом, до этого служившим апостольскому престолу верой и правдой.
Неудачи в Столетней войне между Англией и Францией пошатнули французскую монархию. После этого стало очевидным, что церковная власть не может больше подчиняться французскому диктату. Папа Григорий XI приложил немало усилий для утверждения верховенства папства. После его смерти противостояние между французскими и итальянскими кардиналами, поддерживавшими разные кандидатуры в борьбе за престол святого Петра, предельно обострилось. Начался Великий раскол в католической церкви.