Распри между христианами на Ближнем Востоке не прекращались и вскоре привели к тому, что королевство не могло оказать достойного сопротивления нашествию врагов. В 1265 году султан Бейбарс напал на Сирию и начал завоевывать крепости и города, принадлежащие христианам.
Быстрое наступление сарацин на Святую землю очень тревожило тамплиеров. Они потеряли Антиохию, Бофор, Цезарею, Арзуф и многие другие замки. Рыцари ордена были не в состоянии отражать мощные атаки сарацин и находились в полной растерянности. Помощи от европейских монархов ожидать не приходилось, а собственными силами справиться с сарацинами было невозможно.
В 1273 году умер магистр Тома Берар. Его место занял Гийом де Боже, ставший последним великим магистром ордена Храма в Святой земле. В это время положение христиан в Палестине стало совершенно безнадежным. Королевства там больше не существовало, остались только несколько городов и четыре замка, два из которых принадлежали тамплиерам. Остальная территория была захвачена сарацинами.
Но и в такой ситуации в Святой земле не прекращались междоусобицы. Местные рыцари и князья ссорились из-за титулов и поместий, не понимая, что скоро им станет не за что бороться. Праздники при дворах местных сеньоров становились все более пышными, как бы в противовес отчаянному положению. Генуэзцы и венецианцы, жившие в Палестине и Сирии, постоянно конфликтовали между собой. Магистр тамплиеров Гийом де Боже старался предотвратить стычки между ними, но мало что мог сделать.
В 1287 году жители Триполи, заселенного христианами, решили управлять им самостоятельно, перестав подчиняться епископу Тортозы, и призвали на помощь генуэзцев, чтобы те помогли горожанам Триполи удержать власть в своих руках. Узнавший об этом сарацинский султан решил до прибытия генуэзцев захватить Триполи, чтобы контролировать путь в Александрию.
Магистр ордена Храма послал в город одного из братьев-тамплиеров, чтобы предупредить жителей Триполи об опасности. Однако триполитанцы не поверили магистру и не подготовились к защите города. Только в последний момент они решили организовать оборону, но было уже поздно. Несмотря на то что триполитанцам активно помогали венецианцы, генуэзцы и рыцари-тамплиеры, Триполи был захвачен войсками султана.
Поражение христиан при Триполи заставило Папу Римского прислать на Святую землю небольшой отряд крестоносцев. Прибывшие рыцари не знали о том, что между султаном и христианами уже заключено перемирие, и напали на мирных жителей. Султан пришел в ярость и потребовал наказать виновных, но это не было выполнено, так как христиане не решались казнить своих же соотечественников; султану было послано только извинение.
Султан, не удовлетворенный ответом христиан, начал готовить наступление на Акру, главный христианский город на Ближнем Востоке. Магистр тамплиеров, которого уважал даже сарацинский султан, получил от него послание, в котором султан сообщил, что собирается отомстить за обиды, завоевав Акру. Напуганные жители Акры отправили к султану послов с просьбой о милости, но было уже поздно.
5 апреля 1291 года сарацины начали осаду Акры. Тамплиеры во главе с магистром встали на защиту города, но Акра продержалась всего полтора месяца. Гийом де Боже, наравне с остальными рыцарями, сражался и погиб в бою, когда турки захватили Акру.
После падения Акры христианам уже не на что было надеяться. У них оставалось всего несколько крепостей на Ближнем Востоке, да и те не было сил удержать.
Христиане стали спешно покидать Ближний Восток.
Тамплиеры не имели возможности сопротивляться и один за другим сдавали сарацинам крепости. Христиане окончательно потеряли Святую землю.
Вскоре после неудачного завершения Крестового похода Людовика VII и Конрада III некий Иоанн из Вюрцбурга совершил паломничество в Святую землю. По его путевым заметкам можно составить впечатление о жизни храмовников на Востоке в указанное время.
Паломник, прибывший к берегу Яффы, поднимался к Иерусалиму через абсолютно безжизненную пустыню, выжженную беспощадным солнцем. Миновав Рамлу и перевалив через крутую гору, путешественник оказывался на расстоянии дневного перехода от Святого Града. Перебравшись через последнее препятствие на пути — глубокий узкий каньон — путник видел купола Иерусалима. На востоке возвышалась колоссальная ротонда церкви Гроба Господня, на западе — купол Храма Господня (Templum Domini). Возле легендарной Голгофы пронзала небо дозорная башня иоаннитов. От этих сооружений взор плавно переходил на другие башенки и колокольни. Над воротами четырех кварталов города возвышались четыре сторожевые башни.