В начале XIII века магистром ордена тамплиеров стал Филипп Плессье. С 1204 года все, кто изъявлял желание быть погребенным на кладбищах тамплиеров, должен был принять обет и предсмертное причастие. Захоронение производилось теперь под крестом. Исповедь проводили капелланы. В этот же период был издан новый указ, согласно которому при вызове членов ордена на судебное разбирательство Курии должно было вручаться именное извещение.
Спустя три года тамплиеры настолько осмелели и возгордились, что даже провели несколько месс, чем сильно рассердили покровительствовавшего им Иннокентия III. На протяжении длительного периода орден поддерживал отношения с Генрихом Шампаньским, а впоследствии и с Амальриком II Лузиньяном.
В 1198 году между тамплиерами и госпитальерами возникла тяжба, переросшая в открытую войну. Предметом разногласий стала земельная территория, располагавшаяся между Маргатом и Валанией. Для начала переговоров с тамплиерами в Рим приехали Пьер де Вильплан и Тьерри. Вопрос был решен миром.
После смерти Жильбера Эраля в Сирии наступило время междоусобиц, дисциплина внутри ордена стала ослабевать. Целостность и единство организации в данный период значительно пошатнулись. Одним из ярких примеров этого может служить следующий конфликт. Филипп де Плессье не дал разрешения покинуть орден некоторым из входящих в него королевских чиновников. Не желавшие исполнять его приказы люди отказались от членства в ордене Храма. Бальи изъявили желание вступить в ряды цистерцианцев. Филипп мотивировал свой отказ неверием в истинность их. желания. Магистр посчитал их мятежниками.
В период правления Жильбера Эраля тамплиеры потеряли многие из своих владений. Они были лишены Палестины, Газы и Аскалона. В это время особенно возросла значимость крепости Дарбезак. Основными портами стали Бонель, находящийся в Армении, и Гастена, располагавшаяся на Оронте.
В 1191 году тамплиеры лишились замка Гастена. Его новым владельцем стал армянский король. В этот же период между Львом Армянским и графом Боэмундом Триполитанским возникли разногласия, связанные с вопросом о правлении в Антиохийском княжестве. Первый был не согласен с претензиями, которые Боэмунд предъявлял новому наследнику престола — Раймунду Рулену. Молодой человек был племянником Триполитанского графа.
Тамплиеры заручились поддержкой патриарха Антиохийского и графа Триполитанского, благодаря которой они получили некоторую уверенность в своих силах и стали снова требовать возвращения замка Гастена. На этот запрос они получили решительный отказ. Лев Армянский мотивировал такое решение тем, что крепость является возмещением за утрату Антиохии.
Спустя небольшой период времени Льву потребовалась поддержка, которой он надеялся заручиться у тамплиеров. Помощь требовалась в борьбе за Антиохию с султаном Алеппо. Для обсуждения условий соглашения между Львом Армянским и орденом отправился сам Жильбер Эраль. Магистр снова поставил вопрос о возвращении Гастена. На этот раз он достиг своей цели. Тамплиеры получили обещание, согласно которому Лев обязался вернуть крепость в их владение.
Жильбер Эраль не был настроен превращать членов ордена в наемных убийц и вернулся на родину. Пораженный подобным поступком, Лев был вне себя от ярости. В порыве гнева он отправил письменное послание папе. В нем он в довольно примитивной форме изложил основные моменты сложившейся ситуации. На помощь к Льву Армянскому пришли госпитальеры. Требованиями этого ордена стал возврат замков и земель.
1201 год ознаменовался смертью магистра Жильбера Эраля. В 1203 году на Антиохию было произведено нападение, возглавляемое армянским, королем. Охваченный паникой патриарх Антиохийский попытался прибегнуть к мирному решению. Тамплиеры же нанесли удар. В результате войны за Антиохию тамплиеры потеряли все свои владения, кроме замков Скала Рюссоль и Скала. Гийома.
После смерти Жильбера Эраля титул магистра был присвоен Филиппу де Плессье, преемником которого стал Гийом Шартский. Последний был принят в члены ордена тамплиеров в 1193 году. В 1208 году произошло убийство патриарха Антиохийского, виновниками которого стали сторонники Боэмунда. Храмовники смогли доказать свою непричастность к этому инциденту, благодаря чему члены ордена избежали отлучения от церкви.
В 1211 году тамплиеры заручились поддержкой иерусалимского короля Иоанна. Союзники открыли военные действия против армянского короля Льва. Борьба между враждующими сторонами продолжалась до 1213 года. Победу в битве одержали тамплиеры. В результате этого они смогли вернуть себе все свои земли и замки.