В своей язвительной речи Ногаре вменял в вину Сессе ересь, симонию, богохульство и гнусности, суть которых не уточнялась. Вышестоящему священнослужителю удалось отстоять Сессе, но церковь долго не могла прийти в себя, пережив столь чувствительный удар по своей репутации.
В 1302 году герцоги Бургундский и Бретонский сделали все для того, чтобы примирить Филиппа Красивого со Святым престолом, но их попытка оказалась бесплодной. Летом того же года во Фландрии погиб в бою канцлер Пьер Флотт. Место главного советника короля занял Гийом де Ногаре, что окончательно свело на нет все надежды на компромисс.
С этого времени Ногаре был всецело захвачен мыслями о предстоящем реванше. Для того, чтобы пошатнуть позиции Бонифация VIII, требовалось собрать церковный собор, однако никто, кроме Папы Римского, не мог сделать это.
Большинство людей в подобной ситуации признали бы свое поражение и отступились, но не таков был советник Гийом де Ногаре. Будучи блестящим юристом, он попытался уничтожить Бонифация его же собственным оружием. Дело заключалось в том, что написанные папой Декреталии приводили следующее высказывание Бонифация VIII: «Тот, кто публично обвинен в ереси, будет считаться виновным, если он не оправдается перед компетентным авторитетом». Опираясь на данное высказывание, Ногаре задумал явиться в курию и публично обвинить в ереси автора приведенных выше строк, поставив условие, чтобы тот оправдывался перед собором.
12 марта 1303 года состоялось публичное выступление королевского советника в Лувре, где была произнесена обвинительная речь в адрес Бонифация VIII. Ногаре говорил о папе, что «…его уста полны проклятий, его когти и клыки готовы проливать кровь; он терзает церкви, которые должен питать, и крадет имущество бедняков; он разжигает войну, он ненавидит мир, он — гнусность, предсказанная пророком Даниилом». Заключительная часть речи содержала в себе изъявление готовности повторить изложенные обвинения на соборе.
В начале весны Ногаре предпринял путешествие в Рим. Перед отъездом он поручил легисту Гийому де Плезиану произнести обвинительную речь в Лувре на собрании клириков, которое должно было состояться в середине июня. Поручение королевского советника было исполнено. 14 июня с кафедры Лувра прозвучала наполненная ядом речь, обвинявшая Бонифация VIII в ереси и содомии.
Присутствовавшие на собрании высокопоставленный тамплиер Гуго де Перо и приор ордена Св. Иоанна Иерусалимского, имя которого история не сохранила, полностью согласились с предложением прелатов относительно созыва собора, «дабы на нем выяснилась невиновность сеньора Бонифация, и чтобы обвинения, выдвинутые против него, были обсуждены, согласно каноническому праву». Это согласие являлось дипломатическим шагом: поддерживая политическую линию французской короны, представители рыцарских орденов не выказали отрицательного отношения к папе. Но Ногаре дополнительно обезопасил участников собрания. Каждый из них получил королевскую охранную грамоту, защищавшую от любого наказания, которое мог бы наложить понтифик.
Плезиан отправился по провинциям страны в поисках единомышленников «в деле короля против папы». Тем временем в Риме Ногаре утратил решительность и пошел на попятную. Но 2 сентября, получив сведения о готовящейся понтификом булле об отлучении Филиппа Красивого, легист понял, что промедление смерти подобно. Гийом собрал врагов Бонифация, в том числе Пьетро Колонну — одного из злейших, и напал на папу в его летней резиденции в Ананьи. Наместник Петра был избит и подвергнут оскорблениям, Колонна, как полагают, влепил папе пощечину, причем не потрудился снять предварительно железную перчатку от рыцарских доспехов. Вскоре Бонифаций умер, не выдержав позора, а может быть, от побоев.
На папский престол ненадолго взошел Бенедикт XI. Новый понтифик собирался подвергнуть анафеме Гийома де Ногаре, но умер, не успев этого сделать. Кардиналы собрались на конклав в Перудже и в течение одиннадцати месяцев выбирали нового папу. После долгих прений они остановили выбор на архиепископе Бордоском Бертране де Го, ставшим Папой Римским Климентом V.
На примере конфликта с папским престолом можно представить характер Ногаре, в скором времени сыгравшего главную роль в судилище над тамплиерами. Он осмелился выступить против главы всей католической церкви, обвинив его в тягчайших преступлениях, не имея весомых доказательств. По свидетельству одного юриста, отлично разбиравшегося в каноническом праве, обвинение папы в ереси было совершенно беспочвенным. Но Ногаре не желал отступать и активно принуждал к продолжению борьбы Филиппа Красивого.