Некоторые исследователи считают, что Климент пошел на уступки и принес в жертву орден Храма, потому «что Филипп повелел выкопать и сжечь кости усопшего папы». В окружении понтифика было достаточно много людей, не желавших допустить посмертного судилища над Бонифацием VIII, поэтому Климент вынужден был спасти добрую память своего предшественника ценой доброго имени, жизней и имущества храмовников.
5 июля 1308 года папа восстановил все полномочия верховного инквизитора, поставив со своей стороны условие, что Великий магистр, генеральный смотритель и командоры ордена должны быть Предоставлены суду курии. Рядовые братья отдавались на суд епархиальных комиссий в составе двух доминиканцев, двух францисканцев и двух кафедральных каноников. Инквизиторы могли входить в любую из этих комиссий по собственному усмотрению. Так закончился длившийся с февраля счастливый для подследственных период, когда их не касалась рука инквизиторов.
Климент начинал опасаться за свою жизнь, так как его окружали враги Бонифация и враги тамплиеров, требуя и крови рыцарей Храма, и костей усопшего понтифика. Даже кардиналы не были опорой папы. Климент сделал последнюю попытку облегчить участь храмовников, настояв на личной встрече с магистром и великими бальи ордена.
Легисты сделали вид, что подчинились требованию папы, но конвой, доставлявший узников к Святому престолу, неожиданно остановился в Шиноне. Предлогом промедления послужила усталость и недомогание некоторых арестантов. Климент, понимая уже, что дело проиграно, направил в Шинон троих кардиналов, переложив на них обязанность провести расследование. Кардиналы ничем не помогли тамплиерам; видимо, они и не собирались этого делать. Некоторые из подследственных вновь подтвердили самооговоры, отказавшись от дальнейшей борьбы, иные согласились подтвердить только отдельные пункты обвинения, третьи продолжали стоять на своем.
Тем временем уже обсуждалась судьба имущества тамплиеров. Предполагалось использовать средства для спасения Святой земли. Французский король помышлял об иерусалимской короне, чтобы обеспечить в будущем своего младшего сына достойным владением. Разрабатывался также проект создания нового духовно-рыцарского ордена, Великим магистром которого всегда бы был кто-либо из членов королевской семьи. Все имущество храмовников должно было перейти в собственность этого ордена.
Пока продолжались различные прения и переговоры, дело тамплиеров приостановилось. Узники томились в застенках, многие умерли в заточении. Судебные заседания епархиальных комиссий начались только в 1309 году. Фактически тамплиеры были уже приговорены, так как папская булла от 30 декабря 1308 года грозила отлучением всем, кто оказывал помощь храмовникам, «не исключая епископского преосвященства». Это означало, что никакой епископ не решился бы оправдать обвиняемых.
Вопреки намерениям папы, желавшего, чтобы судебные процессы велись комиссиями в разных городах, король постановил, что суд над тамплиерами будет вестись в Париже. Климент согласился и на это. 8 августа
1309 года судебные заседатели начали свою работу во французской столице. Был составлен список тех, кто должен будет предстать перед судом. 12 ноября уполномоченные Апостольским престолом собрались на заседание и ждали подсудимых в течение трех дней, но никто из обвиняемых в судебном зале не появился.
Архиепископ Парижский был направлен в тюрьму на разведку. Повидав заключенных, он сообщил, что Жак де Моле и еще несколько рыцарей готовы выступить в суде в защиту ордена. Доставленный на следующий день Гуго де Перо высказал судьям просьбу позаботиться об имуществе ордена, чтобы оно не было растрачено. Больше он ничего не сказал.
26 ноября перед судьями предстал Великий магистр. Как и Перо, он был замкнут и не отвечал на вопросы. Судьи зачитали Жаку де Моле запись его же собственной исповеди в Шиноне, отчего магистр пришел в шок. Вероятно, он был поражен тем, насколько искажено сказанное им, а возможно, магистра потрясло нарушение тайны исповеди. Так или иначе, Великий магистр совершенно смутился и не сказал ничего толкового в защиту ордена. После заседания состоялся разговор тет-а-тет между Жаком де Моле. и Гийомом де Плезианом. Затем магистр попросил отсрочку на восемь дней для размышлений.