На следующий день в суд явился командор Понсар де Жизи, решительно выступивший в защиту ордена. Он заявил, что все обвинения против тамплиеров являются ложными, а признания вызваны пытками, а также тем обстоятельством, что только в Париже от истязаний скончалось тридцать шесть братьев, многие другие умерли в иных городах. Командор подробно описал примененные к нему пытки и объявил, что готов выступать защитником ордена, если ему оплатят из конфискованных средств связанные с этим расходы, а также предоставят свидание с братьями-священниками Пьером Булонским и Рено Орлеанским. Вскоре после этого смелого заявления Понсар де Жизи скончался.
Магистр после трех дней размышлений вновь явился в суд, но говорил еще более нерешительно, чем в первый раз, не предпринимая никаких попыток защитить орден. Возможно, Моле удручало присутствие на заседании его главного врага — Гийома де Ногаре. Магистр говорил, что он всего лишь неграмотный рыцарь, не знающий латыни, а также что скажет всю правду в присутствии понтифика.
Заседание было продолжено только 6 февраля. В зал суда допускались лишь те обвиняемые, кто полностью смирился со своей участью и не смел протестовать. Оказавшись перед лицом судей, многие из них все же отрицали обвинения. В то время как руководство ордена молчало и бездействовало, рядовые братья смело вставали на его защиту.
14 марта 1310 года был составлен обвинительный акт, включавший 127 статей. В этот же день были созваны все братья, изъявившие желание выступить в защиту ордена. Всего таких защитников набралось 595 человек, среди которых было 22 рыцаря, 544 сержанта и 29 священников. Обвинение было прочитано на латыни, а когда судьи предложили перевести его на французский, братья в один голос закричали, что довольно того, что они один раз услышали эти гнусности.
Защитникам тамплиеров учинялись всевозможные препятствия, которые только позволяло состряпать каноническое право. 5 июня 1311 года расследование было завершено и материалы переданы в курию. В прочих странах дела тамплиеров были не так плохи, как во Франции. Братья мужественно отстаивали свою правоту, и там, где орден еще пользовался немалым авторитетом, например в Испании, храмовники были оправданы.
В октябре 1311 года собрался Вьеннский собор, на котором должна была окончательно решиться участь ордена. Собравшиеся долго колебались и только 22 марта следующего года, после того как во Вьенн явился Филипп IV, было вынесено решение упразднить орден. Филипп выторговал себе епископский город Лион, согласившись не претендовать на имущество ордена. Он и так конфисковал достаточно денежных средств, что позволило наполнить королевскую казну. 6 мая Вьеннский собор закрылся, к этому времени каждому из тамплиеров был вынесен приговор по заслугам.
Великий магистр и великие бальи были приговорены к пожизненному заключению. Приговор был зачитан им при большом стечении народа 18 марта 1314 года. Магистр, поняв, что папа все время обманывал его пустыми обещаниями, напрасно вселяя надежду, и что ждать более нечего, во всеуслышание отрекся от всех своих показаний. Его поддержал командор Нормандии Годфруа де Шарне. Французский король принял решение казнить отрекшихся как нераскаявшихся еретиков. Решение противоречило каноническим законам, поскольку никто из духовных лиц не передал грешников в руки светской власти для вынесения смертного приговора, тем не менее приговор был приведен в исполнение.
Костер развели на Камышовом острове, чтобы король мог наблюдать за казнью из сада при дворце. Великий магистр и командор встретили смерть мужественно и спокойно. Согласно некоторым источникам, последними словами Жака де Моле была просьба привязать его к столбу так, чтобы лицо его было обращено к собору Парижской Богоматери; другие говорят, что перед смертью он посылал проклятья королю и папе. Так или иначе, оба умерли в том же году.
Впоследствии история ордена Храма обросла легендами и мифами. Рассказывали, что в многочисленных командорствах ночами можно видеть привидения рыцарей, грозно и скорбно вопрошающих: «Кто теперь защитит Храм?»
Высказывались предположения, что все беды французского королевского дома, завершившиеся в итоге казнью последнего отпрыска рода на гильотине, вызваны проклятием Великого магистра. Существует легенда, что, когда отсеченная голова последнего Капетинга упала в подставленную корзину, некто взбежал на эшафот, окропил свою руку кровью казненного короля и закричал: «Жак де Моле, ты отомщен!»
Обвинения, выдвинутые против. тамплиеров, также породили множество легенд. Многие искренне верили, что храмовники поклонялись сатане или же некоему идолу Бафомету. Описание этого идола в процессе следствия обрастало все новыми и новыми ужасающими подробностями, противоречащими друг другу. Его представляли то в виде козла, то в виде кота, то с двумя головами, то с четырьмя. Некоторые исследователи считают, что источником таких рассказов послужили показания одного запуганного следователями сержанта, сообщившего, что братья поклонялись Бафометову обличью.