В установленное время отряд рыцарей выехал из Ассизи и по пути остановился на ночлег в Сполетто. Согласно легенде, ночью юноша услышал голос Всевышнего, который велел ему вернуться домой и ждать Божественного откровения. Возможно, это была злая шутка товарищей Франциска, но молодой человек, не задумываясь, возвратился в Ассизи, вызвав немалое огорчение родителей.
Вернувшись, Франциск стал печальным и тихим. Он возобновил встречи с друзьями, но среди общего веселья оставался грустным и задумчивым. С каждым днем он все больше тяготился обществом разгульных друзей и часто совершал прогулки в одиночестве, размышляя над своим предназначением. При этом у Франциска не возникло и мысли найти утешение в религии, так как в этот исторический период церковь полностью утратила первоначальную чистоту, а веру в Бога заменили многочисленные суеверия и механическое выполнение обрядов.
Некоторое время спустя в одиноких прогулках Франциска стал сопровождать его друг, которому не по душе были шумные застолья. По некоторым версиям, этим другом был Илья, возглавивший после смерти основателя францисканский орден. С каждым днем юноше все больше отдалялся от старых друзей, которые, впрочем, предприняли ряд тщетных попыток вернуть отшельника в свою компанию.
Вскоре Франциск совсем перестал общаться с друзьями; начался новый этап его жизни. Теперь молодого человека притягивало общество оборванных и голодных нищих; он стремился постичь глубину их страданий, приобщиться к жизни этих несчастных людей. Раньше он просто был щедрым и добрым ко всем обездоленным, но никогда не ставил себя на их место.
Преображенный Франциск решил отправился в Рим, чтобы приблизиться к христианским святыням. Здесь ему представилась возможность узнать ответ на давно мучивший его вопрос — какие чувства испытывают люди, просящие подаяния. Он раздал все свои деньги нищим, которых было множество у базилики Святого Петра, затем, обменявшись с одним из них одеждой, весь день провел с протянутой рукой. Это доставило Франциску искреннюю радость и придало сил — он понял, что дух сильнее плоти и увидел путь служения Богу, который так долго искал.
Из Рима Франциск вернулся обновленным человеком. Несмотря на то что он перестал преклоняться перед рыцарскими идеалами, стремление совершать подвиги у него не исчезло. Молодой человек чувствовал в себе огромные силы и страстно желал употребить их на пользу всем несчастным.
Франциск старался относиться с уважением и любовью ко всем людям без исключения. Однажды, встретив прокаженного, он не бросил ему милостыню, как раньше, а обнял и поцеловал. Несколько дней спустя юноша отправился в поселок прокаженных и также поцеловал каждого из них. Этот поступок говорит о великой силе духа, которой обладал Франциск: в те времена прокаженных изгоняли из общества и старались держаться от них в отдалении.
Франциск сильно изменился, в результате чего жизнь в родительском доме становилась для него невыносимой. Отец так и не простил сыну неудачной попытки стать рыцарем и все время напоминал ему об этом. Скоро у Пьетро Бернардоне нашлись и другие причины для недовольства — он начал сердиться на сына за то, что тот раздавал все деньги нищим. В конце концов отец, отчаявшись воздействовать на сына уговорами, прекратил материально поддерживать его. Франциск, встречая непонимание в родной семье, старался как можно меньше времени проводить дома, блуждая по окрестностям Ассизи.
Во время одной из прогулок он набрел на маленькую часовню Святого Дамиана, старую и полуразрушенную. Старик священник, который присматривал за часовней, не имел средств на ее восстановление. Франциск стал часто приходить туда молиться, и однажды во время молитвы ему показалось, что распятый Христос, изображенный над алтарем, обратился к нему, призывая отремонтировать разваливающуюся часовню.
Денег на восстановление храма у Франциска не было. Чтобы раздобыть их, он продал своего коня, оружие и несколько кусков сукна, принадлежавших его отцу. Полученные деньги он хотел вручить пожилому священнику, живущему при часовне Святого Дамиана, но тот отказался, опасаясь гнева Пьетро Бернардоне. Молодой человек упросил священника позволить поселиться вместе с ним, потому что не желал возвращаться в отцовский дом.
Тем временем Пьетро Бернардоне, обеспокоенный долгим отсутствием, сына, начал его разыскивать. Узнав Об этом, Франциск решил укрыться в пещере, находящейся неподалеку от Ассизи. Там он прятался в течение месяца, пока не понял, что не подобает последователю Христа скрываться, как преступнику. Франциск покинул Пещеру и отправился к отцу.