Ассизский епископ посоветовал Франциску прекратить самостоятельную деятельность и вступить в какой-нибудь из существующих монашеских орденов. Однако Франциск не собирался запираться в монастыре.
Своим поведением Франциск раздражал не только духовенство. В числе его последователей было много обеспеченных горожан, которые, вступив в братство, раздавали бедным свое имущество. Это очень не нравилось членам их семей, которые теряли надежду получить со временем наследство.
Только беднейшая часть населения неизменно поддерживала миноритов. Тем не менее Франциск видел, что вокруг много недовольных и осознавал, что для продолжения деятельности братства следует заручиться одобрением церкви.
Число последователей Франциска постоянно увеличивалось, однако братство пока не имело устава и представляло собой свободное объединение. Минориты странствовали уже почти по всей Италии. Нередко они встречали враждебный прием, но их смирение, доброта и бескорыстие в конце концов стали завоевывать доверие людей.
Францисканцы бродили по городам и селам, зарабатывая себе на жизнь тем, что помогали крестьянам или возили воду. Когда работы не было, они просили подаяние. Братья постоянно постились, носили вериги и часто уединялись, чтобы предаться созерцанию. В своих проповедях они призывали к покаянию и смирению.
Франциск понимал, что братство миноритов, отказываясь от всякой собственности, невольно становится в оппозицию католической церкви. Основатель братства вовсе не хотел, чтобы его учение запретили как ересь. Францисканцы никогда не осуждали устройство церкви и недостойное поведение ее служителей; напротив, они желали уберечь церковь от влияния ересей. Минориты считали себя вправе воздействовать на духовенство только смиренными проповедями и собственным примером и не требовали, чтобы монахи и священники обязательно поступали так, как учил Франциск.
Чтобы избежать преследований со стороны церкви, Франциск вместе с несколькими учениками в 1210 году посетил Рим и добился аудиенции у Римского Папы Иннокентия III. Франциск отдавал себе отчет в том, что будет трудно убедить папу в чистоте своих намерений, и очень беспокоился за исход встречи.
Иннокентий III далеко не сразу поверил в искренность Франциска и его учеников, которые не желали ничего, кроме позволения продолжать свою деятельность на избранном поприще — то есть жить в нищете, просить милостыню и проповедовать Слово Божие простому народу. Францисканцы вручили папе для утверждения устав братства, в основу которого легла Нагорная проповедь Христа; они хотели только следовать Евангелию «по букве и без перетолкований», как сказал Франциск. Кардиналов и папу очень удивили столь скромные просьбы просителей.
Один из кардиналов долго уговаривал Франциска отказаться от намерения создать собственную религиозную общину. Чтобы проверить искренность необычного проповедника, за ним даже установили слежку, но не смогли обнаружить никакого подвоха.
Франциск был не слишком силен в богословских вопросах, но все-таки ему удалось заставить кардинала поверить в то, что он преследует только благие цели. Возможно, прелат осознал, что францисканцы смогут принести пользу католической церкви, укрепив ее престиж, и постарался убедить в этом папу.
В конце концов Иннокентий III, на которого произвели впечатление обаяние и внутренняя сила Франциска, ответил согласием на его просьбу, но при этом заставил выбрить на голове тонзуру по примеру других монахов и принести клятву верности папе. Каждый из членов братства должен был почитать священников, причащаться и исповедоваться. Минориты, ставшие теперь служителями церкви, уехали из Рима счастливыми.
Францисканцы проповедовали во всех селениях, которые встречались им по дороге домой. Они с таким воодушевлением говорили о простых вещах — покаянии, сострадании и любви к ближнему, что слушающие их люди не могли оставаться равнодушными. Нищие и оборванные проповедники мгновенно начали пользоваться популярностью у простого народа.
Вернувшись на родину, францисканцы избрали местом проживания небольшой заброшенный дом, называемый Риво Торто, который находился в окрестностях Ассизи. Благословение Папы Римского очень возвысило миноритов в глазах горожан, которые уже не вспоминали о том времени, когда издевались над Франциском. Ему даже предложили читать свои проповеди в соборе.